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1241年，当窝阔台身患重病的消息传到了依旧长期不和的西部战线的蒙古宗王们之中时，贵由立即离开了前线赶回他父亲的身边，可能是想解决他们之间的不和，并藉此提出他个人对汗位的要求。合罕在他儿子到达前死去了，但脱列哥那已经代表她儿子展开了积极的行动。用一种也许是很不体面的方式仓促宣布了她丈夫的死讯后，脱列哥那在1241年秋天匆忙召集了忽邻勒台，希望能够确保贵由迅速即位。
拔都自己虽然并没有掌握帝国的野心，但他决定要阻止他所痛恨的对手贵由登基。因此他声称一次严重的痛风正在困扰着他，以此为借口拒绝前去参加忽邻勒台。术赤系所用的这种策略使贵由的即位问题拖延了几年之久。②在此期间，脱列哥那继续坚持她的做法，以她的地位和影响为她的儿子寻求支持。在许多阴谋诡计和政治上的明争暗斗之后，摄政在皇室内部得到了她所必需的一致支持。1246年夏天，一次新的忽邻勒台在克鲁伦河边召开，正式推举贵由为大汗。对此强烈不满的拔都直到最后依旧抵制，他再次称病，拒绝出席贵由的即位典礼。他派长兄斡儿答代替他作为术赤家族的代表去参加正式仪式。
拔都和贵由间的公开冲突虽然避免了，但是术赤系对新大汗的接受却是非常勉强和不情愿的。当时反对贵由即位的激烈程度被一位与这些事件生活在同一时代的作者在其著作《鞑靼关系》中揭示出来，他说，新的皇帝“以一票的多数”当选。①当然这并不完全准确，但真实地反映了蒙古宗王间不断滋长的紧张政治气氛。进一步反映皇室内部发生分裂的事情，是另一个有资格获取汗位的人，成吉思汗的幼弟铁木哥斡赤斤，希望在意见广泛分歧的局势下获利，试图在不正式召开忽邻勒台的情况下为自己夺得汗位。正如方济各会修士迦儿宾所说的那样，因为“他想不经推举而获得汗位”，所以王公们集会同意将其处以死刑。②这是在内部权力斗争中第一个被杀的皇室成员。
于是贵由在一片怀有敌意和猜疑的舆论中即位。此后的继承危机将证明会有更多的人为此丧命，并终将损害大蒙古国的团结和力量。
贵由管理下的王国
贵由在登基的时候年届40。像多数蒙古王子一样，他的青春都消耗在各项战事上。他曾经攻打过金朝，参加过1239—1240年间征服北高加索的战斗。根据可以找到的所有材料来看，他在即位以前几乎甚至完全没有朝政管理经验。
贵由刚开始他的统治，就对他的支持者——上至皇室宗亲，下到低级书记——给予大量价值昂贵的赏赐：珠宝、华丽的服饰，以及大量金钱。波斯史料对此的记载给我们留下的明显印象是，他在即位的时候所表现的异乎寻常的大方，并不仅仅为了展示皇家的慷慨，而是偿还为了夺取汗位所欠人情的大规模政治性的报酬。①实际上，在他短暂而且无所建树的统治期间，贵由继续着无节制地对皇室成员和军队进行赏赐的习惯，这大大削弱了帝国的库藏。
作为一个善意的表示，新的大汗恢复了许多在脱列哥那摄政期间被解职的行政管理官员的职位。中书令镇海与他以前的同事们一起官复原职。对突厥斯坦的管理权再一次被交给了马思忽惕伯。他的父亲马合木·牙老瓦赤以大断事官（也可札鲁忽赤）②的名义被派去主管中国北部的行省。脱列哥那在中原的代理人奥都剌合蛮在被免职后处死。尽管以前的统治制度在很多方面都被重新恢复，贵由仍有可能让他的几个亲信出掌重要位置。其中主要是他的阿塔毕（atabeg），或者说是他的老师聂思脱里派教徒乃蛮人合答。按照迦儿宾的说法，合答掌握了“整个帝国的监察机构”③帝国统治方式中共同管理原则的恢复，似乎无论在名义上还是在实质上都得到新大汗的认可，它在很大程度上是其他宗王派系作为他们支持贵由登基的代价而对窝阔台系索取的让步。例如贵由在位的第一年，在对大名路（今河北）皇家领地的管理中发生的不法之事被报告上来以后，这一关系重大的事件由两人共同进行调查。一个是宫廷的代表，党项人昔里钤部，另一个是拖雷家族的长期随从不只儿。应该注意到，有趣的是，这一事件中决定性的资料，大名路的审查文件，被拖雷系的代理人所控制，而非大汗的代表。①贵由的皇室同胞对帝国的事务很感兴趣。
令人遗憾的是，关于这一时期帝国管理中国北部的安排和措施的资料是非常缺乏的。就连大断事官马合木·牙老瓦赤的活动也不为人所知。从仅存的记载可知，贵由的主要管理工作是尽力收集帝国人口的最新数字。一道在中原地区进行人口调查的命令于1247年底发布。大约在同时，伊朗和斡罗斯公国在一定的范围内也进行了类似的工作。在中原获得的所有数据的记录在任何地方都没有保留下来。如果这项工作确实曾经开展，可能从未完成②。
一般说来，在贵由管理下的帝国政府缺乏活力，而且表现出了一种分散的倾向——如果不是分裂的话。其结果是，地方官员享有充分的机会去役使下属的人民，而这又导致了在中国北部的乡村和城市中，“盗匪”和叛乱到处蔓延。③中央权力的被侵蚀，部分是由于术赤系的不妥协。但形势由于贵由自己的领导无方面恶化。像他父亲一样，他早年是个酒鬼，长期疾病缠身也令他付出许多代价。在他登上汗位的时候已变得如此衰弱，以至于在管理帝国事务的方面既没有活力，也没有兴趣。他对发挥他的臣民的力量没有任何的全面计划，而且由他提出的寥寥无几的政策从未得到过有力的贯彻实施。例如，最初，他宣布要取消一切在窝阔台和脱列哥那时期颁布的未经正式认可的皇家诏令（札儿里黑，jarligh）和象征权力的符牌，但是很快他自己在这一点上也变得同样的不严格，以致他的继任者蒙哥被迫再次设法去控制这些弊端。看来贵由所有精力都用于宴会、狩猎和时刻提防拔都上了。
仿佛是为了给帝国增加灾难，贵由的放荡走向了极端。他不停地将数目很大的金钱和珍宝赏赐给他的支持者们，这很快就使他那些忠诚的大臣们提出了警告。不过，宫中在这方面提出的批评，对大汗没有什么明显的影响，他自己宣称他首先希望能够在赏赐的数目和慷慨的程度上超过他的父亲。①在这方面，他确实有希望达到领先地位：波斯的编年史记载了贵由在临死的时候签署一份字据，以国库储存来抵付他赏给支持者们的总价达50万锭银的各项奢华品。②这个数字可能被夸大了，但它清楚地表现出贵由沉溺于此并向斡脱商人借贷了大量财物。贵由与斡脱商人们的大量交易，以及商人们因此给宫廷带来的影响，这些表明在窝阔台的时代滥用这些斡脱商人的情况——承包税收、高利贷、侵吞款项、以及勒索——再次成为风气。
贵由之死和斡兀立海迷失摄政
贵由短暂的在位期间，军事行动很少进行，并旦被限制在一定范围内。1246至1247年，对湖北和安徽的宋防线发动了有限的攻击。大概在同一时间，西亚的新统帅宴只吉带在伊朗进行了一些较小规模的战役。蒙古在这一时期失去了其特有的侵略性与皇室成员间持续的紧张气氛大有关系。拔都对于贵由接掌汗位的妒忌，是造成他们之间分裂的核心问题。这两个人之间的公开冲突看来一触即发，所以宗王们不愿意将自己的大量军队投入新一轮的对外扩张中去。帝国正处在内战边缘，即将成为敌人的王公们为了不可避免的军事冲突而节约使用自己的力量。
虽然史料叙述比较模糊，但某些证据似乎暗示，贵由以罕见的坚定与果敢先发制人，迫使拔都摊牌。1247年秋天，大汗离开了漠北，前往他在叶密立河流域的分地，诡称是一次巡视。实际上，他以后的行动表明，所谓“巡视”的真实意图是他想不引人注意地进入准噶尔地区的适当位置，以便向他的敌人在西部的领地出其不意发动袭击。究竟是什么事情——如果曾经发生过的话——促使他决定在这一特定时间前去攻击术赤系已无从可考。无论如何，贵由一抵达准噶尔，就着手整编和扩充他的军队，为即将开始的攻击做准备。大汗发布诏旨，命令“蒙古人户每百以一名充拔都鲁（蒙语：badur）”。①因为后者是皇家卫军中的重要组成部分，通常用做大汗的前锋部队或者精锐突击部队。②很明显，贵由对不久即将开始的进攻行动做了反复考虑。
大汗的准备工作完成以后，便于1248年春天离开了准噶尔的营地，率领大批军从，向西前进。此时拔都驻军于阿剌豁马黑，此地位于巴尔喀什湖以南，正处于贵由大军的行军方向上。在这个关头，拖雷的寡妇，表面上看似与窝阔台系关系很好的唆鲁和帖尼别吉秘密遣人前去警告拔都，要他注意大汗的动向以及敌对意图。这个行动明显地是要为她精心安排的将其子蒙哥推上帝国宝座的计划争取术赤系的支持。
拔都及时得到了警告，整军待战。贵由虚弱的身体终于支持不住了，他死于横相移儿，该地离畏兀儿人的夏都、位于天山北坡的别失八里有一周路程。一场酝酿已久的对抗终于被避免了，战争随着贵由的死亡而烟消云散。贵由的遗体按照他的遗孀斡兀立海迷失的意愿，被运回他在准噶尔地区的分地加以埋葬。
尽管拔都对窝阔台系的敌意是公开的，但他仍然承认斡兀立海迷失在忽邻勒台推选出新大汗之前作为帝国摄政者的权利。不过，她的权力受到了限制，因为拔都规定她必须保留死去的大汗的大臣和官员们的职位，而且在脱列哥那时代曾经发生的对管理人员的大清洗将不会再被宽恕。①不同于迅速集结在拖雷长子蒙哥周�