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然而，尽管林彪遭受了挫折，他的东北野战军仍然获得了主动权，并且把主动权一直保持到第二年的最终胜利。政府军已被迫放弃了松花江北岸与长春吉林战区之间的前哨基地，其前线从六个月前的位置南移了大约150英里。政府所据守的长春、吉林和沈阳这几座城市，也因为联结它们的铁路线遭到破坏而被孤立，其中的几条铁路直到战争结束后才恢复。政府军在武器、物资、人员和士气方面遭受的损失，一直未能恢复过来。①随着共产党人在东北和其他地区不停地展开进攻，政府军陷入一种固守防御的战略。典型的情况是，他们要么从已经失去任何战略价值的过于分散的据点撤退过晚，要么留在城墙和战壕后的据点里，把主动权留给对手，任随他包围与否。据当时的美国军事分析家指出，政府造成东北迅速溃败的原因，是兵力最初过于分散和军队领导无能，最明显的是保安司令杜聿明将军的指挥失当。但是，司令的更换也未能挽救政府在东北摇摇欲坠的命运。1947年年中，即共产党的第五次进攻之后，东北的指挥官换成陈诚将军；而在1948年初的共产党第三次进攻之后，他也被免职。政府军在装备和训练方面仍然占有优势。然而，共产党在战略战术运用上和士气、战斗意志以及共同的目的意识上所占的优越性日益明显可见。
士气因素当然有多方面的根源。除了国民党方面的腐败、无能以及决策失误产生的消极影响以外，尤其在东北，还存在地方主义的问题。第二次世界大战后，政府接收东北的一个主要目的，就是阻止张作霖大帅家族所支配的半自治性的权力基础重新在那里出现。政府把东北三省划分成了九个行省，并在实际上任命外来人担任所有最高职务。而政府在当地的帮手，则多是些地主以及其他与日本人有过勾结的人，因为只有这些人既不忠于共产党，也不忠于少帅张学良，他是张作霖的儿子和明显的继承人。少帅因他在西安事变扣留蒋介石时所起的作用，继续遭到拘押，也许因为他仍享有众望，尽管人们普遍预料他会被释放，但他还是被流放到了难以逃身的台湾。
根据当时的记述，日本投降后，东北对国民党的最初支持看来是真心诚意的。但是不久“南方人”就让人觉得讨厌了。他们不公平的接收政策和官员贪污受贿所造成的怨恨导致地方主义迅速复兴。如果政府在东北的行为不那么容易受到批评，那么，地方性忠诚的影响就不会如此强烈了。东北，像台湾那样，是一个被日本人统治很久的地区，经常听到那里的人民评论说，日本给了他们一个比国民党更好的政府。尤其是政府在这一地区反对共产党的努力，如果没有当地领袖人物的参与，几乎是不能成功的。然而国民党对这些人及其所代表的力量，却有着如此强烈的戒心，甚至对他们愿意提供的帮助都一脚踢开。李宗仁在其回忆录中，把这一错误追溯到蒋介石本人，蒋依然“对当地的满洲人抱有成见”。例如一个当地成立的“东北动员委员会”主动请求组织一支防御部队与共产党人作战。但是这个提议遭到拒绝，尽管政府的司令官们根本没有能力组织一支有效的地方游击队。一个曾在大帅和少帅麾下效力的骑兵军官马占山将军，同意为政府工作，被任命为东北副总司令，①但他从没有获准做任何事，也没有获准指挥任何部队。同时，政府在东北的司令官们不得不依靠一些“外来人”作为他们部队补充兵员的主要来源。政府军由于在东北的征兵运动失败，因此只能从关内各地获得丧失和受损的师的补充兵员，而关内各地几乎经受不起失去这些兵员。②共产党人从这些措施所激起的民众怨恨中得到了充分的好处。他们避免采取中央政府对待东北人民的那种倔傲态度，处处都尽可能使用当地人才。大多数从张作霖和张学良的旧东北军中幸存下来的部队，就像张学良的弟弟张学思那样，转向了共产党。共产党将他们当作联军欢迎他们，并允许他们保留原貌，作为林彪全面指挥之下的一支非共产党部队。随着共产党掌管的地区的扩展，东北野战军已能靠当地征兵扩充正规部队；它还组织了一支有战斗力的第二线非正规部队，并动员了一百多万支前民工，在后勤部的指挥下执行任务。
当时的一位作者概述了共产党的成就：
须知共产党挖起铁轨埋地雷、丢炸弹，并不是共产党人在这么做，而是老百姓替他们这么做的。中国共产党过去在东北没有兵，现在他们有的是中央不要的兵。共产党过去没有枪；现在有的是中央政府保管不善送给他的，甚至还有偷卖给他的枪。中国共产党没有人才；现在他们任用的是中央不要的弃材。①国民党政府由于不顾民众要求与感情的惯常做法而受到很坏的对待，几乎不可能有比这更合适的例子了。
山东。共产党人在江苏安徽山东这一重要战区内的退却，与满洲相比更难扭转。在这一地区，政府军兵力并非过于分散，而共产党人也缺乏林彪在松花江以北所享有的退却的安全庇护地。不过，华东共产党军队的司令员陈毅却采用了同样有利的战略战术。在山东，许世友指挥的共产党军队在一次争夺胶济铁路控制权的较大规模的军事行动中，于1946年10月初在高密被击败。这条铁路在政府的控制下重新开通，据报道，共产党方面在北撤前伤亡了约30000人。接着在1947年1月初，从苏北撤下来的共产党部队与从鲁中来的其他部队合在一起，在鲁南的枣庄向追赶他们的敌人发动反攻。政府军被打败，损失了约40000人和26辆坦克，共产党用这些坦克开始组建一支他们自己的装甲纵队。陈毅未能守住他新占领的阵地，但却及时撤走了他在临沂的指挥部，成功地伏击了一部分被派来包围他的敌军。政府军2月在莱芜附近再次遭到失败，又付出了30000人的代价，并失去对胶济铁路的控制，这条铁路的交通再次被封闭。
政府的报复是在1947年4至5月期间向陈毅的沂蒙山根据地发动的一次重大战役。政府动用了约20个师近40万人，去对付估计为25万人的共产党军队。但是，在5月14—16日鲁中南孟良崮那次史诗般的战役中，政府方面又一次损失惨重，据称伤亡了15000人。政府的整编第74师，这支前一年在这一地区与共产党军队打过多次遭遇战的能征善战的部队，被彻底歼灭。该师师长张灵甫，随着他的官兵大半死于战场，同参谋人员一起自杀。①不过，陈毅的部队在数量上仍居劣势，他终于在7月份被迫撤离战场，任由政府军宣称其在鲁中南麻战役中取得了胜利。但是，陈毅部队的主力却在重新部署，并准备重新投入战斗。
国民党军事史家后来对1947年山东诸次战役中共产党的实力和政府的错误，提出了坦率的评价：政府的指挥官错误地判断了陈毅的意图，因而也没能在他的部队撤离苏北时牵制住他们。后来，在枣庄附近，政府军沿路停下来休息，拥塞道路，行动极为缓慢。他们最终为自己的点线防御战略所陷，而共产党的主力却基本上保持完整无损。政府军的前线扩展得太宽，机动能力不强，因此无法防止个别部队遭到孤立、包围和被各个击破。他们缺少夜战经验。步兵、空军和炮兵的协同作战也很差。坦克部队由于雨天和泥泞而无法调动。
相比之下，对手则轻装就道，能敏捷地进入战区和在战区移动。共产党在枣庄“转移”兵力的好处是有代表性的。他们通过部队从一点到另一点的迅速运动，切断政府的交通线，攻击其增援部队，机动地制胜对手。陈毅的主力撤出临沂时，在夜间沿着大路一侧的山间小道秘密行动。空中侦察没有发现目标，政府军因而遭到沿路所掘壕沟中的伏兵的袭击。孟良崮的失败也被指责为情报有误和空中侦察不力。74师认为陈毅的主力部队已经北去很远，因此遭到出其不意的袭击，被包围在一个不可能坚守的地区。此外，鲁中长期以来就是共产党的地区，那里的人力、物力已充分动员起来。中共在那里有一个准确可靠的情报系统和组织良好的供应系统。相反，政府的信息一点也不可靠，其部队的补充兵员总是迟到，供应也不充足。军事史家的这类记述还指出，“与共产党相比，我们在情报、宣传、反情报和安全保卫所有这些方面都相形见绌”。①第二年，1947—1948年：反攻
1947年夏末，毛泽东评估了战争第一年的战果，详细说明了第二年的作战计划。蒋介石动用了他总共248个正规旅中的218个，损失了其中97个旅以上，或者说被毛的部队歼灭了近78万人。毛公布中共的损失是30万人，大片土地被进攻的政府军占领。第二年的首要任务将是放弃撤退战略，并立即反攻。第二项任务是收复第一年的失地，歼灭内线之敌。①华中和华北。1947年夏季，共产党人以开展全国性的反攻发起了战争的第二阶段战役。晋冀鲁豫野战军司令员、“独目将军”刘伯承，于6月30日引人注目地率领50000大军在鲁西南渡过黄河，把正在东面同陈毅作战的政府军吸引过来。当陈毅退入山东之际，刘的部队越过陇海铁路，向南猛插300英里，在鄂豫皖边界的大别山区开辟出一块新的根据地，那里是20年代建立的鄂豫皖苏维埃的所在地。
在8月底的一次与此相关的行动中，一支由陈赓率领的原属刘伯承的20000人的较小部队，在晋南越过黄河，南进到豫陕鄂边区，与刘的各纵队取得呼应。一个月之后，陈毅率领部分华东野战军回师穿过鲁西南，进入豫皖苏边区，填补了刘部移出的地区。共产党因此将战争向南推进到华中的国民党统治区，在黄河与长江间开辟了新的战场。这些初步行动把陈毅、刘伯承和陈赓的部队联结在一起，使他们得以在适当的位置上协调某些战略上最重要的作战行动�