回到日本的优香，听说有人和他们一样“神隐”过，接近并探访高中生高里要，得知高里十岁时失踪，一年后在外婆的葬礼上额头流着血再现。回到日本的高里对一年内发生的事情完全忘记，只是不断重复地画着十二国的地图和饕餮的脸。高里身边总会发生神秘的事故，欺负高里的人总会受伤甚而死亡，拜访高里的优香也被汕子警告，说出阳子的名字才得以生还。到底泰麒高里遇上什么事，额头上的伤口是否代表麒麟的角曾被折断，戴国今后如何发展，《风迷》之章并未交代（之后的《书简》为过渡章节，不作介绍）。
三、《风之万里，黎明之空》
明治时代，一个贫苦农家的女孩大木铃因为蚀的影响，被才国的仙人翠微君收为下人。芳国国君残暴无道，被臣下惠州侯刺杀，公主祥琼被取消仙籍，贬为平民。
在庆国，新的女王阳子登基。急功进利要取得成就，却无法周旋于百官之间派别之争。在景麒的安排下，阳子假借到雁国学习的名义，留在庆国和州学习。
阳子、铃、祥琼，年龄相似的三个人，此时尚不知道无常的命运会把三个完全没有关系的人联系起来。
第三部应该是目前动画中最精彩的一部。全章三条线索并行，命运交叉的三个少女共同成熟的故事，交错在阳子成长为君王的过程中。为了报复拥有如同昔日自己地位和财产的阳子，重回公主的翩然岁月，祥琼偷渡到庆国。为了在止水乡取得户籍和土地前往和州。希望被同样来自蓬莱的阳子拯救的铃，逃离虐待自己的翠微君，前往庆国。在和州，铃亲眼目睹止水乡乡长升纮的暴行，认为都是生为王的阳子没有治理好国家，行刺不成而回止水乡伺机推翻升纮。同时，教导自己的著名学者远甫被升纮抓走，为了拯救老师，阳子直闯入监视自己的人的大本营，不料却是推翻乡长及和州侯的起义军——三个女孩奇迹般的相遇了。
本章最能吸引人的，莫过于三人的成长。撇开阳子作为君主的成长不谈，娇惯的祥琼从仇恨凡人和惠州侯，到见识了王的职责，明白曾经身为公主时忽略劝谏而使父王倒台；自怨自艾的铃总是满怀不被人理解的屈辱和悲哀，即使是采王说的“生活就是一半幸福一半痛苦”也无法明白，直到遇上小孩清秀，看到乱世中遭遇悲惨的人才认识到活着本身已经是莫大的幸福。
《十二国记》总是一章一个主题的，《风黎》章最扣人心弦的是成长，主题却是独立的人生权利。阳子为自己的初敕内容发愁，而最后确定的初敕虽然平淡却让人辛酸。从逆来顺受的大木铃，到止水乡起义前后死去的无辜百姓，被牵扯进错误的世界的浅野君，无数人死于强权者的膝下震撼了阳子。“人不是任何人的奴隶，不是为了做奴隶而生。即使被欺压也不屈服，即使遭遇灾难也不气馁。遇到不公正时能毫不畏惧地纠正，不向禽兽屈服献媚。我希望庆的子民成为这样的自由不羁之民，成为统治‘自己’这块领土独一无二的君主。为此，我希望每个人从毅然抬起头一事开始做起。”废除跪拜之礼作为初敕的阳子，想要把庆国建设为一个人人可以抬起自尊做人，不再分三五九等的国家。那淡然朴实的文辞里，或许有对被百姓谦逊，对懦弱浅野最后抬头而死的追念。
四、《乘月》
只有一集的过渡章节，来自小说《华胥之幽梦》中的短篇。
芳国国王和麒麟死后四年，舍身木上没有麒麟的果实。当初造反杀入王宫的惠州候，对犯下的杀王大逆一直悔恨，而不愿意接受假王的工作。前任峰王是清廉到一尘不染的人，却不能忍受半点罪恶而要把所有微小的过失都处以极行，最终峰王杀人无数失道，惠州侯却无法直视自己救民于火热的功绩，一味埋首于滔天大逆的罪行。庆国将军青辛到芳国转办祥琼的户籍，以庆国冢宰浩瀚比喻惠州侯，开导他个人名节是小，百姓安危为大，既然芳国国王不是因失道或者禅让不可建立假朝，便建立“月阴之朝”处理朝政，“月阴之朝”，乘月待晓。
五、《东之海神西之沧海》
《月影》章内曾经提起过雁国的故事。五百年前，一场连都城都陷落的大名之间的战争发生在蓬莱，一个被父母遗弃的少年在深山濒临饿死。冥冥中女怪找到了他，胎果六太回到蓬山。国家遭殃，生灵涂炭，都是因为夺取王位的争斗，所谓国王和大名，都是为了自己利益而带来百姓灾难的人，麒麟六太决意不选择王而跑回蓬莱。小松尚隆，一个失去领土和人民的男人折服了六太，竟然有这样的首领，可以让百姓甘愿为他而死。“你想要一个国家吗？”六太俯首而拜，立下契约。
《东西》之章，是延王小松尚隆即位二十年的故事。游手好闲的尚隆，从未见得做出能让人信服的事情，六太迷惑他是否又给雁国选了一个注定毁灭的灭王。很偶然的，六太认识一个带着妖魔旅行的孤独男孩，给他取名更夜。几年后，更夜伺奉元州令伯斡由，利用友情将六太挟持到元州做人质，要挟不务正业的尚隆迅速治理水患。慈悲的麒麟面对心坏邪念的斡由，默许了他的绑架。
打着羊头卖狗肉的造反，还没有真正形成势力便被扑灭。斡由的真实一面被尚隆暴光天下，因为带着妖魔不被人认可的更夜，也去了黄海做护送旅人的神仙。从此，为了给百姓一个连妖魔都不会吃人的国家，雁国走向五百年来无内乱的繁荣。
动画（与小说原著略有不同）制作到此完结，期待看到无数伏笔的观众望眼欲穿。除了动画外，已经出版的讲谈社版《十二国记》还有三本小说可以解馋，阿弥陀佛。
六、《黄昏之岸晓之天》
主要是讲庆国为了帮助戴国而联合诸国一起寻找泰麒的故事，李斎（戴国女将）身负重伤逃至庆国被庆国皇宫守卫所救，请求景王阳子拯救戴国。景王阳子不仅仅为了戴国也是为了铺一条自己国家和其他主诸国万一也陷入国家无主的境地百姓而有所依靠的道路而努力行动，开创了诸国联合行动的先例。
氾王和氾麟等等一起拯救泰麒的故事吧，不过好像其中最引人注目的是这对君臣诶……传说中白痴与花痴的组合。
一个成天为房间的摆设和穿什么衣服戴什么钗烦恼的大男人，即使是脸皮厚度第一的尚隆面对氾王也会退居三舍。
麒麟总是一副悲天悯人的面孔，难得有只延麒那样的小男生活跃，然而……那个据说是美女的氾麟，好像是综合了忧郁少女采麟的脸和延麒的性格呢。
七、《图南之翼》
恭国女王珠晶升山的故事，是恭国首富的小女儿，虽然家境优裕却想救济天下人拥有远大理想和超强动力的少女……珠晶是个好姑娘，对着那些内心敏感柔弱慈悲的麒麟，毫不留情加以谴责却又深明大义，很强势的少女国王，似的身边的人都心甘情愿跟随她。
恭国保持了90年的治世，是这个外表看起来只有十二岁的小女孩的功劳呢。然而她想要一只如延麒那样外表年龄相当的麒麟的想法，上天却给她开了个大玩笑啊。自古没有选择丑陋的王的先例，可是……麒麟……
八、《华胥之幽梦》
这是个短篇集，重点介绍同名作品。相传才国有宝重，名为华胥花朵，国王可以通过它看到自己将要建立的国家。
“我要给你一个华胥花朵映照出的王国。”登基的男人对采麟许下诺言，然而为什么现实的世界与花朵的映照越来越远？
采王是无可厚非有远大理想的男人，他所要建立的国家是众人认可和向往的国家。但是采麟那遍布全身象征失道之病的不祥斑点又是为何，建国二十年仍未脱离困境又是为何。怀抱枯黄树枝的少女，下意识地在脸上划出伤痕，代表慈悲的麒麟，对王的失望眼睛中竟浮现出强烈的恨意。“责难无以成事。”采王禅让驾崩，挽回麒麟一命，一味的责难他人并不能改善困境。
所谓“责难无以成事”，并不是采王对别人指责他的抱怨。而是他在反思，自己一直指责前代采王的错误，结果却没有说出什么才是正确的。即使他自己成为了采王，到头来，发现自己只不过是个缺乏理政才能的理想主义者罢了。
他的失败，在于他过于理想主义，采取了错误的政治措施，不能让国家兴盛，却不肯承认自己的错误。直到最终时刻才终于认错，禅位而去。
缺乏政治才能的理想主义者的下场，就在于此。
采王和他手下的一群理想主义者上台主政后，一切政治措施都以与先王不同为标准。他们甚至连税是什么东西、该收多少才对国家有利都没有考虑清楚，就强行主张减税，导致国库空虚，无钱兴修水利，饥荒时的百姓只能饿死。
九、《丕绪之鸟》
新王的登基大典上会举行射祭是为了体现苍天有好生之德，不是射活鸟，而是用陶制的鹊代替是为了预示吉兆。且麒麟有好生之德，不宜见血。而且陶版一定要被射碎……但是鸟有百种，为了祥瑞之兆的话有凤凰和鸾鸟，为何一定要选择随处可见，普通到不能再普通的鹊呢？也许正因为其无比普通，才代表着百姓吧……但是射碎象征一国心声的百姓真的是吉兆吗？这就是身为庆国罗氏的丕绪的疑惑吧！
十、《落照之狱》
在这
十二国地图及简短事件介绍
个死刑已经被废止多年的国家，对于一个罪无可恕、激起民愤的穷凶极恶者，要不要破例施以死刑？
对于义愤填膺的民众，此人非死不能泄愤。
而对于执法者，死刑却不是“因为我不能原谅你所以要处死你”这么简单的事情，他们同时要考虑死刑借此复活可能导致的滥用等问题。
“死刑”究竟意味着什么？是否“义愤”就是人情而非法理，执法者看似理性的思考又掺杂着什么样的�