生筹建，并任该室副主任。未几，控制论研究室就初具规模，开展了最优控制、非线性控制、随机控制等的研究工作。宋健在此工作期间，与韩京清先生合作完成了线性最速控制系统综合的理论研究，并以此论文报送1963年国际自动控制联合会第二届代表大会，未被录取，引起中国科学家的愤慨，疑其利用政治上的原因在评审时做了手脚。
中国是该联合会发起国之一，钱学森曾任第一届理事会成员，1960年首届大会在莫斯科举行，宋健是代表团成员。那次盛会除钱学森因故没有出席外，所有控制论的奠基学者都云集而来，连控制论的鼻祖维纳也来出席，受到英雄般的欢迎。维纳已过耳顺之年，精力似有不济，听别人报告时，鼾声大作，数分钟后轮他上台做评论，只得王顾左右而言他。会议休息时，他却精神抖擞，来到中国代表团，用清晰的汉语说：我喜欢中国，1937年我曾在清华大学授课，很高兴见到中国学者。
维纳是大会的中心人物，会上别国学者做报告时他打鼾，会后却不理任何一个国家的代表团，专门跑到中国代表团，站在那里，目光炯炯，声音洪亮，旁若无人地说了这样一番话，说完之后，不计自己所言是否会引起别国同行的不满，周遭反响如何，却昂着头，挺着胸，顾自转身，扬长而去，神龙见首不见尾，不知所终。
维纳所表现的那种大科学家式的直言不讳、童言无忌的言谈和我行我素、其奈我何的独立人格、率性做人、放荡不羁的潇洒举止，给年轻时的宋健留下了深刻的经久难以忘怀的英雄般的印象。时过近40年，维纳早已作古，可当年他与会时的风采仍未在宋健心中混灭，曾在数篇文章中提到这一点，备加赞赏。
1963年第二届国际自动控制联合代表大会在瑞士巴塞尔如期举行，中国派以吕强为团长、钟仕模为副团长的大型代表团去瑞士开会。让宋健带了120份在上面印有“曾投稿”字样的论文，伺机在会上揭露某些人违反科学道德的行为。
中国代表团到达瑞士之后，马上就弄清了真实原因，不幸竟被料中，其时正是国际上美苏两个超级大国联手反华之时，鼓噪得沸反盈天，所以在评审论文时被反华者做了手脚。这种因政治上见解不同所属国度不同，而不惜违反科学的态度，偏狭的轻而易举地去否定或是贬低别国的他人的学术建树的做法，是一种最龌龊最不道德的行为，从来就是科学家的大忌，不齿于整个世界的科技学术界。
在钟仕模教授的指挥下，宋健相机在大会做了发言。
宋健发言时，主持会议的主席是美国A．Hopkin教授，他不知内幕，发现宋健发言不是针对前边代表所做报告的评论，而是在宣讲一篇论文，于是出面干涉，听众大哗，许多科学家起身，用不同的语种呐喊：让他讲下去！中国人讲下去！
会场顿时乱作一团，使会议的程序无法进行下去。为了不影响大会进行，钟仕模教授起身，示意宋健从台上下来，随他一同先行退场。
钟先生是40年代麻省理工学院博士，主持会议的主席美国A。Hopkin教授认识钟先生，慌忙走下主席台，找钟先生交涉道歉，钟先生愤而谴责道：这种作法，令人不解，这哪里是做学问！
宋健前脚跟随钟先生走出会场，后脚会场上数百名科学家却跟着追了出来，紧追不舍，将宋健背来的120份印有“曾投稿”字样的关于《线性最速控制系统综合的理论研究》论文，一抢而空，晚来一些的，没有拿到宋健论文的有些外国科学家，满脸遗憾地一再缠着宋健索要，宋健只好抱歉说：对不起，没有了。
宋健以为，事情至此，已经结束，120份论文四散一空，从受人欢迎的程度看，结果还是让宋健满意的，便心满意足地，安安心心地躺在床上睡了个好觉。
谁料第二天起床，却发现中国代表团人人脸上都很神秘警惕的样子，原来是一大早，就在会议大厅挂出一份大宇公告，上写：今天早上9点，在会议大厅召开特别会议，邀请宋健教授作特邀报告，请大家参加。
这时不断传来消息，说西方的一些科学家们，也对大会上的某些心怀叵测的人违反科学道德，压制中国科学家一事表示不满和声援。还有一些科学家，一方面是义愤填膺地对中国的不幸遭遇表示同情和大力支持，一方面也对此次大会的不民主情况深为不满，种种不满，都是由宋健那一篇论文生发，在大会上相继造起反来。
这样一种混乱局面，让中国代表团很是难以把握。
于是代表团经过研究，认为事先没有征得我们中国代表团和宋健本人的同意就做出这样一个决定，违反了起码的礼貌，另外，其出发点不明，我们不能打无准备之仗。并按照那时惯常的做法，求教于毛泽东思想，认为——凡是敌人反对的，我们就要拥护，凡是敌人拥护的，我们就要反对。于是决定抵制报告会，不让宋健去作报告，中国代表团也不去参加，来了个不予理睬，看他们怎么收场。
后来宋健和中国代表团得知，聚集在会议厅中的百余名大科学家，久候不见报告人踪影，便通过了一个集体决议，强烈谴责某些人违反科学道德的行为，郑重申明《线性最速控制系统综合的理论研究》是一篇优秀论文，对当代控制系统的综合理论作出重要贡献，要求IFAC理事会纠正错误，将该论文纳入会议文集予以刊出。
IFAC理事会最终不得不尊重和接受了这些科学家们的最后一条意见，将宋健和韩京清先生合作完成的那篇论文，郑重收入了本届会议的文集予以出版。
这大概是60年代东西方科学界的协同造反惟一成功的绝无仅有一个范例。
宋健在文章中写道：二十年后，中国实行改革开放，我应邀去西方各国访问讲学，到处都遇到巴塞尔事件的参加者，他们都已经是著名研究机构和大学中的控制论学科的领导人，犹有笑谈那次“遭遇战”的余兴，成为学术交流合作的轶事。
原来身为以科学为本的科学家，也常会遭遇这种不科学或曰反科学的仇视民主的冷面杀手，如果当年，没有那些国内和国外的科学家同行们本着科学精神和民主意识，出面支持被损害的科学，主持被欺侮的民主，还之以公道，宋健和韩京清这两位大科学家，恐怕也不得不含辱忍垢，蒙受一段不科学不民主的不白之冤。
以宋健如此卓越者尚且碰到过如此不科学不民主的遭遇，想来世界上当然也包括我们中国在内（尤其是我们中国）处处都有这样一些不科学的冷面杀手，他们身居这样或那样的虽然不起眼但在某种意义上至关紧要的位置，每每出于自私和偏见或是别的什么不科学不民主的原因，漫不经心地也不知无端杀死了多少刚刚处于萌芽状态的科学少年和一些正想有所建树但缺乏自信心和判断力的科学天才。
身为科委主任的宋健，对此，大约深有体会吧？
宋健“出差”
宋健其时常梦魂倏忽归故里，与妻儿握手依
偎，相顾而泣；蓦然惊起，惟有夜色茫茫，夜风凄
凄，夜泉惊啼；寒月照影，孤灯相伴，四顾怆然；心
酸鼻塞，泪流满面，哽咽无语；披衣起坐，再难入
眠，惟有以书解忧，读以待旦。
塞翁失马，焉知非福，塞翁得马，又焉知非祸。
巴塞尔事件，对一位科学家而言，是一件天大的好事，但因为当时中国的国情使然，一切都从政治出发，却又为“文革”来临时的宋健，种下了天大的祸根。
巴塞尔事件后，宋健一时成为巴塞尔会议上尽人皆知的人物，会上许多科学家来找宋健，或表示关切、友好，或向宋健索要论文，或交换文章资料，还有的主动约请宋健谋求科学上的某种合作。在大会的闭幕招待会上，美国加州伯克利大学的L．Neustadt教授携夫人要与他干杯，这些都成了宋健在“文革”时的罪状。
“文革”时宋健被指控为“里通外国”，证据便来自巴塞尔事件，都是自由生发和无端创作的一些异想天开莫须有的东西。宋健因此被隔离审查，引发的大字报、大标语、大批判、铺天盖地，批判宋健的浪潮一浪高过一浪。为取得铁证，宋健的家中多次被抄，大量珍贵的科学资料散佚一空，一些记载着宋健在科学研究上重要心得工作日记、论文的手稿等等也被查抄，从此影踪全无，损失惨重。
宋健还被多次拉出去，当做活靶子批判，当成“里通外国”的特务。
1968年“文革”升级，武斗频起，可谓一夕数惊，比当年宋健小时听到大人说“鬼子来了”还要觉得恐怖，因为那时是个不晓事的孩儿，这时却是一个人人喊打的过街老鼠一样的“里通外国”的特务，真要被革命群众出于义愤一顿饱打，打死了也就打死了，这还不算，还得落一个“死有余辜”的罪名，祸及全家和子孙后代。
可想而知，宋健当年，心里有多怕。
好在当时以阎揆要将军为首的军管会向周总理提出紧急报告，要求采取断然措施，保护一批科学家。宋健理所当然地被列人保护名单。经周总理批准，军管会立即采取措施，将一批科学家集中保护，以防意外。宋健则被派往国防科委所在酒泉地区第二十试验基地“出差”，住在酒泉基地，被部队保护起来。
宋健出的这趟差，可真算得上是一趟长差，一出，就是一年多。
宋健初到酒泉基地，无所事事，委实地从容了一番。
但是过了没有多久，宋健便闲不住，跑去基地图书馆找书看。基地图书馆藏书甚丰，宋健看了不觉大喜，便发了书呆子气，浑忘了所遭不幸，没明没夜地看起书来。这期间，宋健抓住机会，发愤苦读，补充自己的学养，补修天文学、宇航原理、超高音速空气动力学、原子物理。分子光谱学等理论。
宋健只有在强颜向学之中，才能忘记自己羁旅异地归去无期的窘境，才能慰藉自己孓然一身的孤寂，