国防论的先行者魏源，虽未加入湘军行列，但他的呼吁、呐喊和探讨，对湘军人物具有极大的影响。
但是，在第二次鸦片战争开始的时候，因内战而诞生的湘军，不可能抽出兵力保卫国防，一直是黄冕和左宗棠等人的遗憾。洪秀全正为太平天国的内乱弄得焦头烂额，自然无心考虑国防。
总之，正如西方列强预期和指望的那样，中国最强大的两支军队，正在自相残杀，而无力参与抵抗外国的侵略。
内战吸引了清廷的全部注意力，君臣都不愿与外国侵略者开战。于是西方列强趁火打劫的行径，在第二次鸦片战争中，得以为它们在中国赢得更多的侵略权益。
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太平天国的首都发生内乱时，清军江南大营趁机出兵攻击。张国梁所部于10月6日夺取近关桥。又于10月18日在吉利村打败太平军，逼近溧水，越过壕沟。张国梁正要下令登城，一支太平军从后面袭来，张国梁回师抵抗，将太平军击退。
清军在安徽也有举动。知府李元华率部攻克无为，福济率部攻克巢县，秦定三所部在桐城击败太平军。
李鸿章率领团练参加了无为、巢县和含山的战斗，文宗赏给他按察使官衔。然而，功高易遭妒，一时之间，谤言四起，李鸿章几乎不能自立于乡里。
石达开返回安徽之后，担心湘军趁太平军内部的混乱攻击自己的部队，便跟江西的太平军约定，只能原地固守，不得向东进军。
太平军中纷纷传言，说石达开集结十万兵力，要返回天京，攻打洪秀全，为杨秀清报仇。清军屡屡接到这样的报告，但石达开其实并没有东进的意图。
文宗听说太平天国发生内讧，十分高兴。但他担心石达开回到江西，巩固太平军在各地的防守，便令曾国藩趁着太平军军心不稳，发起攻击，并事先筹备受降地点。
1856年，咸丰六年（21）
正在瑞州检阅部队的曾国藩，却没有这样乐观。他于10月6日上奏说，石达开久居安庆，那里是他的巢穴，而江西是他刚攻占的地盘，他又往来湖北，凭他的实力，是可以控制这些地方的。现在他与洪秀全和韦昌辉翻脸，如果洪秀全一方胜利了，而他失败了，他当然很可能向朝廷投诚。如果石达开胜利了，他用心计来驾驭部属，用仁义来获取民心，正在得意的时候，又怎么可能投诚呢？
曾国藩说，他曾命令九江的太平军守将林启容归顺朝廷，又曾用计策调动瑞州的太平军守将赖裕新率部奔赴下游，都没有成效。如果石达开自己认识到大势已去，主动向朝廷投诚，那么他会让石达开立功赎罪，献出占领的城市，以示诚意。只要石达开能在安庆、九江、瑞州、临江、抚州和吉安六座城市中献出一两座，就可以相信他是真心归附了。清朝开国之初的施琅和黄梧，以及现在的张国梁，都是现成的例子。如果石达开表面上说要归顺，心里面却打另外的算盘，像何睦尔撒纳先降后叛的案例，几乎不可收拾，那就断然不行。他不敢贪图招抚的虚名，而放松了有效的攻击。
文宗手写诏书，对曾国藩的态度表示嘉奖。
曾国藩没有立足于招抚，而是一心一意作战。他命令江西各地的湘军，向太平军发起攻击。
11月1日，曾国华率部攻克上高，然后在瑞州挫败太平军。刘腾鸿捣毁瑞州南城，新修两座壁垒，派五千人驻守，断绝了太平军的援路。
11月18日，刘于浔的江西水师攻克新淦。11月21日，田心恕率部攻克分宜。
11月22日小雪，清军小有损失。由张从龙率领的福建援军，在围攻建昌时溃败，副将陈上国战死。
湘军围攻袁州已超过八个月，城内守军互相猜忌。太平军怀疑刚从广东开来的会军作战不力。会军大怒，企图杀死主将，向清廷投降。11月24日，湘军攻打西门，有个叫李能通的人，在阵前参见刘坤一，向湘军投诚。
太平军见会军怀有二心，便无心守城，于11月28日弃城而逃。李能通的部下打开西门接纳湘军。湘军俘虏和斩杀两千人，释放胁从者二千六百人。
萧启江担心上高的太平军会妨碍湘军的军事行动，邀约田兴恕一起拔掉这颗钉子。刘长佑则率领所部进军新余，留下黄三清率领五百人驻守袁州。他与萧启江等部约好在临江会师。
吉字营于12月8日首次开战。周凤山和曾国荃率领六千人攻打吉安西北方一百里处的安福，太平军分为两支应战。曾国荃派萧孚泗和陈光孚率部分左右两边抵挡，曾国荃自己领兵作为中路，在阵中斩杀三百多名太平军。
吉字营首战告捷，于12月9日攻克安福，又于12月13日在大汾河挫败太平军，再于12月15日在千金坡获捷。曾国荃肃清了吉安外围，下令攻打吉安，另派刘拔元等将领率领二千七百人，进军吉安以南。
刘拔元等部很快攻克了上犹的五个县，曾国荃又调萧启江的部将刘培元等人，率领一千二百人协助攻打吉安，他们的任务是打通赣水以西的水路。
刘拔元率部开进赣南以后，惊讶地发现，其实赣南并非没有清军的势力，赣州知府汪报闰和南安知府周汝筠等人，率领自募的几万名丁勇，计亩征税，号称“田勇”，却未能守住这块地盘。广东也有清军增援赣南，也没有起到应有的作用，必须等到湘军到来，才能扭转局面。
到这时为止，江西的清廷势力分为四块。
第一块，院司群官都居住在南昌，军事上由将领们指挥，巡抚只是负责向清廷奏报。
第二块是湘军陆师，在袁州、吉安和瑞州都有部队驻扎，其中瑞州的湘军兵力最强。李元度率部驻扎贵溪，防守广信。刘长佑所部驻扎袁州。毕金科率部驻扎饶州。毕金科兵力最少，作战却是最为得力。
第三块是湘军水师，曾国藩就住在其中。
第四块是江西的各路清军，属于偏枝旁叶，起不了什么作用。其中最得力的是刘于浔的部队，他兴起于湘军水师，纯用江西丁勇。段起、钟世桢和樊俊等一批湖南将领，则杂用江西和湖南的勇丁，也颇为有名。
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防守湖南本省的湘军部队，于11月份在西线和北线同时出境作战。
在西线，湘军为了救出贵州的官吏，进攻贵州铜仁县三元屯。这个村寨傍依石壁，修建了三层堡垒。湘军采用当地老乡的计策，绕过沱水坪，走山路袭击上堡，约好当地老乡，在中堡放火，田宗蕃等人率部攻打下堡。txt电子书分享平台
1856年，咸丰六年（22）
田宗蕃部到达时，上堡已被攻破，起义军惊慌恐惧，四散而逃，湘军趁势攻破下堡。
接下来，湘军进攻坝盘，所带的粮食吃完了，挖掘山薯充饥。
三天后，湘军又有援军赶到，起义军退保三角庄，湘军随后追赶，起义苗民队伍分离解体，自行溃散。
湘军从起义军中救出杨书魁，将起义军的所有首领全部抓捕斩首。蒋霨远听到捷报，既惭愧又气恼，仍然命令王敬烈任铜仁知府。王敬烈不知感激，竟与湘军搞磨擦，湖南卫戍部队便返回本省。
在北线作战的是王錱所部，于11月10日攻克湖北的通城。
湖北的清军逼近武昌以后，其他州县兵力空虚。北线会党在捻军起义的影响下，接连起事。
襄阳的高二率领部众，联合捻军进攻河南邓州，包围府城。接着返回本省，攻占西北部的樊城、谷城、光化、竹山和兴山，然后与四川绿林军会合，攻占西南部的宜昌，击退清廷镇道的部队。
官文和胡林翼接报，十分头痛。有的谋士提出安抚，胡林翼不以为然。他决定从围攻武昌的有限兵力中，抽出唐训方和舒保的部队，前往镇压。
唐训方的步兵和舒保的骑兵迅速西进，在峪山、檀溪、樊城、吕堰驿、新野杨集和南漳等地接连挫败高二的部队，解除了会军对襄阳的威胁。唐训方奉命代理襄阳知府。
一波未平，一波又起。官文又接到随州会党起事的报告，不得不抽调李光荣所部前往镇压。清军一到，会党便逃走了。
湖北的清军和湘军对武昌包围已久，在青山嘴、塘角挖掘长濠，在鲁家巷、花园、五里墩和石嘴也如法炮制，以阻挡太平军的增援部队。城内的太平军也无法出城。清军安然坐等守军粮尽的那一天。武昌城内的太平军疲惫已极。
但是，湘军为兵力所限，无法最后合围。胡林翼四处求告，调拨军饷，增募五千名陆师和十营水师，扩大围困的范围。
胡林翼的另一个办法是以水代兵。他派四十六岁的湘乡人蒋凝学率领湘左两营驻扎赛湖堤，引江水入湖，弥合长围，进逼城下，扫平太平军的十几座壁垒。
胡林翼一直没有忘记增添战船。他在沌口设立船局，时时修造船舶。水师增加到七千人，共计二十四营。
12月中旬，胡林翼得到探报：武昌城内的太平军，已经疲饿交加，眼看就支撑不下去了。于是，他把李续宾和杨载福召来，商议从水陆两路对武昌发起总攻。
12月19日早晨8点钟，大风扬起沙尘，长江波涛汹涌，湘军水师从上游和下游发动了夹击。
太平军断绝了外援，负责防务的将领韦俊因哥哥韦昌辉被洪秀全诛杀，早已无心守城，现在见湘军大举进攻，便下令大开城门，撤出武昌。
上午10点，太平军分七队突出城门，湘军分路追杀。太平军火速撤走。
胡林翼进入武昌城内，安抚百姓，捕获太平天国检点古又新等十四人，还俘虏了先锋精锐八百多人和部众五千多人。
与此同时，杨昌泗、王国才和李孟群等人相继率部进入汉阳。
胡林翼立刻将船局迁移到汉口。
武昌战役之后，胡林翼得到头品顶戴，实授巡抚。李续宾因功升为记名按察使，周宽世和李成谋升为副将，蒋凝学升为知县。左宗棠因接济湘军军饷，协助湘军攻占武昌有功，被擢拔为五品兵部郎中。