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左宗棠见湘军和淮军连连落败，亲自出马，指挥喜昌和马德顺等部，在滑县攻击捻军，获得胜利，扳回一局。
张宗禹率部向东北方斜插，抵达清丰，然后经南乐进入山东莘县，再向东北，奔赴东昌一带，在茌平遭到郭松林所部拦截，几十人被俘。西捻军北上平原，然后抵达陵县的吴桥。
在5月的几个雨天里，西捻军趁着天气带来的便利，取道德州，再次踏入直隶的土地，北上东光，目的显然是为了渡到运河以西。但是，由于追兵紧咬不放，张宗禹不得不放弃渡河的计划，折向南皮，北上天津静海。清廷令英翰率部火速赶赴东昌。西捻军仍然无法渡过运河，便南下盐山，再次进入山东，袭击阳信和海丰。这里的海丰，就是现在地图上所标的无棣。
恭亲王上奏，请朝廷责成各路大帅，把西捻军逼到海边一隅，限在一个月内消灭西捻军。显然，这位爱新觉罗家的王爷，想起了不久前对付东捻军的老办法。而李鸿章也把运河防线的旧议重提，要求防守北运河。
1868年，同治七年（5）
丁宝桢和英翰的部队在东昌会师，要求分工部署，各守一段运河防线。从山东西部与直隶交界的临清，到东南方六十多里处的魏湾，由英翰所部安徽清军驻防。从东昌向南直达张秋的九十多里运河防线，由淮军驻防。各部分段修墙。
这时漳河与卫河猛涨，驻防部队将河水引入减河。这样一来，从运河到黄河，战舰通行无阻，西捻军无法渡到运河以北，陷在运河与黄河形成的夹套里。
鸿胪少卿朱学勤上奏，请求征召刘铭传入营。刘铭传在平定东捻军以后，请假归乡，逗留不出，因而获罪，被夺去官职。于是请病假不出，李鸿章召唤他，他也不来。李鸿章现在借着圣旨强行起用。
西捻军无法北上，便挥师南下，袭击平原和高唐，南奔清平和博平，向运河运动。他们眼见得黄河之水灌入运河，无法强渡，便折向东南。这时淮军和山东清军已经筑成了堤墙，捻军被挡在河岸上。
左宗棠率部到达直隶盐山，见驻防军守备十分坚固，便还驻吴桥。
从5月下旬到6月中旬，刘松山所部湘军和张曜所部淮军一直追逐西捻军，北达庆云和直隶的沧州，高老步等捻军首领率领几百人投降。张宗禹被迫率部又从沧州南下，扑向泊头一带的运河。刘松山所部与丁长春的水师前后夹击，将捻军击退。
张宗禹所部南下连镇和吴桥，听说左宗棠在这里坐镇防守，便南下平原、高唐和茌平。一路上，接连被陈国瑞所部挫败。
清廷见消灭捻军的限期已满，增派都兴阿统管神机营，将他任命为钦差大臣，排名在左宗棠和李鸿章之上，由侍郎崇厚做副手，率领春寿的骑兵，张曜、宋庆和陈国瑞等部，全部归他调遣。
张宗禹的部队在河流围成的狭长套子里，为了摆脱追兵，南冲北突。现在，他又率部从茌平北上武定，即现在地图上所标的惠民。然后袭击海丰，被陈国瑞所部追上击败。
陈国瑞先前奉清廷之命率部防守陕西。没等诏书下达，他便率领部队东进，请求攻打西捻军。他拥有一万二千兵力，现在全部隶属都兴阿。
清廷对汉人统帅以及湘军与淮军的不信任，已经充分表露出来。
342
英翰为了表现自己的能耐，奏请安徽清军不必会合湘军作战。既然如此，左宗棠便于6月下旬令刘松山在沧州的运东休整部队。
但是，刚过几天，捻军的骑兵就逼近海丰。刘松山和喜昌从盐山出兵横截。捻军还来不及列阵，便向沧州狂奔。张曜所部从南面夹击，大败捻军。
捻军南奔山东陵县，然后折向东南，奔向临邑。张宗禹的部队马多兵少，一个人带领几匹战马，避开清军，飞速行军。
在此之前，李鸿章已派郭松林、潘鼎新、周盛波和王心安等部从临邑筑墙，直达马颊河，空出西南方的河滨，引诱捻军进入。现在张曜和宋庆所部追到了临邑，捻军却不肯深入西南方，却奔向东南方的济阳。
李鸿章见自己的计谋没有得逞，便派各路部队围攻。张曜和宋庆所部奔赴武定，郭松林、潘鼎新和王心安所部防守堤墙，周盛波所部驻扎吴桥和宁津。
西捻军的处境，现在是东有黄河，西面和北面都被淮军与清军堵死。张宗禹没有更好的办法，只能绕道再次北进海丰，与张曜等部在滨州相遇，遭到重创，便奔向西北方的阳信。
郭松林和王心安率部北上乐陵堵截，捻军从阳信北上海丰。郭松林、唐仁廉和春寿率部追击，将捻军击败。张宗禹率队西奔宁津和吴桥之间，左宗棠从连镇督率部队追赶，与郭松林的骑兵和步兵轮番追击，使捻军无法喘息。
这一仗，清廷的各路兵马连续追击十六个昼夜，斩杀大批捻军战士，张宗禹的兵力更加衰弱。
7月下旬，西捻军奔到商河，遭到郭松林和潘鼎新所部攻击，损失惨重。四千名捻军战士被杀被俘，张宗禹本人中枪落马，被部属救起，几十名随从掩护他逃走。
当时大雨滂沱，河水漫过堤坝，刘松山等部为积水所阻，张曜等部在临邑扎营。
西捻军奔向宁津西南，刘松山令部队避开水淖行军，追到吴桥。易德麟所部在这里设伏，俘虏和斩杀两千人，许多捻军战士投降。
黄翼升、欧阳见利和姚广武奉曾国藩的命令，已各率所部炮船从张秋渡过黄河。传说船上见到了龙神，河水忽然大涨，炮船才得以乘着水流进入运河河口。炮船开到德州，运河防御更加巩固。 。。
1868年，同治七年（6）
刘铭传随炮船到达德州，参见李鸿章，听说各军都获大捷，不愿坐享战功，一再表示不愿领兵作战。李鸿章仍令他率领旧部奔赴前敌。
西捻军被刘松林的湘军击败以后，奔向德平。郭松林、潘鼎新、陈国瑞和张得胜率部集结商河。张宗禹避开追兵，率部涉水奔向西南，抵达高唐。
潘鼎新所部追到高唐，捻军便南下清平与博平，企图再次扑向运河防线。这时临清、东昌和张秋关闭河闸，水位高深，马颊河则有黄河之水漫入。沿河驻防部队防守严密，捻军无法靠近，便从博平奔向东昌，南攻河墙，被守军击退。
刘铭传出兵后，提议防守徒骇河，把捻军逼得无处可逃。他的部队负责桃桥至南镇的防守，郭松林所部负责防守桃桥至博平一段，袁保恒、张曜和宋庆所部负责从博平守到东昌。这样一来，就把捻军包围在黄河、运河与徒骇河之间。
作战区域遍地水溜泥泞，捻军无法获得食物，各部解散，几万人不知该往何处去。郭松林和刘铭传率领五六千名骑兵，纵横截击，斩杀几千名捻军战士。
张宗禹率领几十名随从骑马北逃，被淮军的骑兵追上。张宗禹弃马逃进禾丛中，被困很久，无法逃脱，便投水自尽。淮军抓到他的儿子张葵儿。他的侄儿张正江奔向南镇，被刘铭传所部抓获，同时被俘的还有捻军的四千名老战士。其余捻军部队，都被善庆和温德克勒西的部队歼灭。
西捻军覆没后，清廷在8月下旬接到捷报，奖赏各部将帅。李鸿章被授予协办大学士，与左宗棠一起晋升太子太保。刘铭传刚刚到达，只有一战之劳，真的坐享其成，封为一等男爵。清廷给他的封赏，是因为那个神奇的传说，即水师船中有龙神显身，因而增水助顺。
东捻军和西捻军在军事上的失败，究其原因，在于无法突破曾国藩提议的筑墙防堵。捻军是一支善骑的部队，骑兵往来冲突，驰骋千里，势不可当。曾国藩当初奉命北征，苦于买不到足够的好马，无法用骑兵与之抗衡，在军事装备上落后于敌人。于是他想到秦朝抵御胡骑，筑了万里长城，是十分有效的对策。
曾国藩提出借助河流提供的自然防线筑墙堵防捻军，一开始有人讥笑他迂笨，他还是固执己见，认真实行。李鸿章是个聪明人，也不觉得这个法子有什么可笑，延续了老师的做法，才能把捻军限制在一定的区域内，最终加以消灭。所以看似笨拙的办法，也许是最有效的法子。这一点，给后世的军事家提供了不少启迪。
王定安在《湘军记》中记载了他与曾国藩的一段对话。王定安说西方人纵然有枪炮利器，也是可以战胜的。曾国藩表示赞同，说胜负取决于人，而不是取决于兵器。后世人以劣势武器战胜装备精良的敌人，也从这种思想中汲取了教训。
清廷没有忘记曾国藩的功劳，在同治六年将他就补大学士，留任治所。东捻军覆灭后，给他加授云骑尉世职。这一年又给他加授武英殿大学士，调任直隶总督。
在直隶总督任上，曾国藩以练兵、整顿官场与治河三端为要务，逐步推行改革，设立清讼局和礼贤馆，于是直隶一省政教大行。
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张秀眉的苗民起义军于3月份攻打湖南晃州，又于4月份攻打湖南沅州和麻阳。席宝田回师铜仁，李元度率部留在石阡，对付其余的起义军。
席宝田的部将荣维善这时已率十三营兵力抵达镇远，听到湖南有警，半路北返，东进沅州，拦截起义军，斩杀号军一万多人。席宝田所部在麻阳拦截。两支湘军都是首先截断起义军的退路，然后奋力攻击，大获全胜。
苗民起义军以前的战术是深入湖南，然后迅速返回贵州，以此来拖垮湘军。增援贵州的各路湘军部队担心起义军逗留本省，不敢遏止他们奔回贵州，所以起义军屡屡得手。但这次苗民起义军大伤元气，终于不再东进湖南。
黎平和永从的起义军企图袭击通道，戈鉴与龚继昌率部将他们击退。
席宝田部在麻阳击败起义军以后，于5月7日溯沅水西行，返回贵州，于5月16日攻克颇洞，5月17日攻克德明，5月18日攻克台笠，5月19日攻克寨头。席宝田