刘岳昭说，云南省的造反武装，主力都在大理和顺宁，那里地势险要，而且是他们经营多年的根据地。清军每次进攻，都苦于得不到粮食。加上文武官员不和，号令不能统一，虽然主观上想打胜仗，却只有打败仗的客观条件。主观上想要对外，却总是发生内变。这是图谋进取所存在的困难。
刘岳昭最后提出自己的对策。他说，刚刚被造反军队攻占的地区，清军自然是应该相机攻取。等到省城周边的军事有了把握，然后再挥师西进，攻击杜文秀所部，才能收到得寸进尺的效果，而不至于半途而废，受人讥嘲。
334
刘岳昭接到催促他赶赴云南上任的圣旨，急于结束在贵州西部的作战，更加急迫地催促各部攻打牛场。湘军奋力作战，于10月份攻克牛场，然后在河浒攻击定南关的苗民起义军，将起义军全歼。白泥的苗民起义军投降。
这时贵州西部渐渐平静。刘岳昭率领湘军奔赴云南，曾璧光出任贵州巡抚。
湘军忙于在外省作战，但湖南本身并不安宁。尽管湖南在贵州东部拥有大量兵力，却无大将统领，无法抵挡贵州起义军对湖南西部的攻击。
湖南巡抚刘崐于10月份上奏说，兆琛等人率领三万名兵勇，每年耗费军饷二百万两，名义上是为了大举援助贵州，但本省境内的战祸比以前还要严重，沅州、晃州、镇筸、黔州、麻阳、靖州和会同，方圆几百里无人安居。追究其中的原因，在于没有制定军法。援助外省的军队，照例只受奖赏而不议罪过，丢失了城寨，归咎于贵州，还要为自己上奏功劳，而贵州所遭的灾祸，都成为援军的勋绩。
兆琛身任贵州藩镇，镇远失守，是因为他不审机宜。周洪印驻军沅州，起义军一到，他就转移到托口扎营。起义军后退到托口，他又回到沅州，投机取巧，避免作战，毫不知耻。
刘崐请求清廷罢免兆琛的官职，议定周洪印的罪过，遣散他们的部队，酌情留下三营驻防。他还弹劾李元度久攻荆竹园，旷日无功，上奏请先将他降官一级，推荐席宝田招募一万人增援贵州东部。
1867年，同治六年（9）
清廷下诏，予以批准。又因刘岳昭已经率部开赴云南，命令四川清军出兵遵义，援应贵阳。
席宝田于11月份率部开到沅州，准备与李元度所部合攻荆竹园。
贵州天柱的苗民起义军在12月份出兵攻打湖南会同，席宝田的部将席启庚所部正在攻打天柱，接到省内急报，便说：“这是苗军故伎重演，他们认定我们出兵到了贵州，就不会返回湖南救援了。我偏要杀个回马枪！”
于是，席启庚率领手下所有的兵力共三千人，奋力追赶，兵分六路，前后拦截。苗民起义军没有退路，聚集在山谷里防御。席启庚独自率领五百人追入山谷，在羊肠小道上中了埋伏，席启庚力战而死。龚继昌率部从会同出兵，起义军乘胜撤兵。
起义军首领张秀眉对部众说：“苗疆危险了！往日官军打败了就走，如今深入山林，寻找我们作战，这是痴军啊，你们都要谨慎防备啊。”
李元度听说席宝田率部赶到，便急攻荆竹园，席宝田部将荣维善率三千人肉搏围攻，率先攻进荆竹园。湘军各部攻破二十五座旁寨，水师将领许宝坤率部攻破七座旁寨，筑垒防守，逐步逼近起义军。
云南迤西的回民起义军于12月17日攻占罗次，又于第二天攻占楚雄。刘岳昭从贵州调动驻防遵义的部队前往增援。
清廷下诏说，张凯嵩曾经奏请率部暂驻东昭，先攻迤西。现在情况万分紧急，他应该领兵先入省城。现令他立即募齐勇丁，审机前进。岑毓英已拨兵援应，是否应该驰回省城？由刘岳昭和宋延春妥商办理。
335
东捻军在9月份攻入江苏北部以后，清廷大为恐慌，李鸿章一心想要淮军打几个胜仗，来抵制官场上的非议。
李鸿章的部将，这时也憋足了一口气。潘鼎新部于10月份在海州击败东捻军，刘铭传部经过休整，也出兵作战，在海州以西的王堰和牛山再次挫败东捻军。
东捻军北进赣榆，西进山东兰山，进入峄县山中。这里的峄县，就是现在地图上所标的枣庄。
温德勒克西的骑兵对东捻军进行兜底围攻，捻军向西北方的滕县挺进，然后再向西北方挺进济宁，扑向清廷的运河防线。
这时黄河水大涨，沈口与戴庙成为一片汪洋泽国，黄河水灌入运河，捻军无法飞渡。
李鸿章跟着捻军挪动位置，回驻济宁，命令各路部队严堵运河下游。捻军无法西进，也无法南下，便向东攻击邹县。丁宝桢派山东清军从沂州绕过曲阜发起攻击。东捻军改向东北挺进新泰，遭到潘鼎新所部阻击，便转向东南，挺进蒙阴，又从蒙阴继续南下。
曾国荃在11月份再次请病假回乡，郭柏荫出任湖北巡抚。
东捻军在山东南部遇到阻击，掉头北上，奔向济南以东的淄川，然后挺进东北方五十里处的长山，再向西南方挺进，抵达章丘，距济南只有一百多里。
东捻军企图在济南附近渡过黄河，但是被清军水师拦截，无法实现意图，只得掉头东进，奔向青州，东袭潍坊。刘铭传部在松树山阻击。东捻军大败，绕道潍坊以南的安丘东进，抵达高密，然后南下诸城。刘铭传率部一直追到日照，双方交战，任柱耳部受枪伤，率部急奔江苏赣榆。
刘铭传屡次打败东捻军，趁着捻军军心动摇，在捻军内部得到一个名叫潘贵升的内应。潘贵升主动提出暗杀任柱。刘铭传许诺他二万两银子的奖赏。
东捻军到达赣榆后，刘铭传以自己的部队对付牛喜子与赖汶光所部，令善庆的部队对付任柱所部。
东捻军百战之余，仍然殊死搏斗。善庆命令骑兵下马列阵，前排用洋枪射击，捻军战士伤亡枕藉，仍然冒死冲锋。忽然间，天降大雾。刘铭传令丁寿昌等部在大雾掩护下绕到捻军后方，发起突袭。捻军阵脚大乱，牛喜子与赖汶光趁乱逃走。
淮军和清军集中兵力对付任柱的部队，潘贵升趁机从背后阻击，将任柱杀害，大喊道：“任柱被枪击毙了！”
捻军战士们听到喊声，军心大乱，扭头狂奔。
任柱原名任化邦，安徽亳州人，太平天国曾封他为鲁王。他的勇猛，还在张宗禹和李允之上。他十多年来率部转战多省，至此被叛徒暗害。
任柱的余部推举赖汶光为首领，但是东捻军的大势从此衰微，未能振作。
潘鼎新乘胜率部追击赖汶光所部，直到海州上庄，再次重创东捻军，斩杀首领任金保。捻军五百人投降。
1867年，同治六年（10）
东捻军于12月份回头北上，奔赴诸城和高密。潘鼎新率部追赶。东捻军向西北方推进，抵达昌邑和北蒙，又折向西南，奔向潍坊。刘铭传部先一步赶到潍坊拦截，捻军大惊奔散。刘铭传率部向西北方追赶，抵达寿光。俘虏和投降的东捻军有四千多人。
郭松林部从莒州北上，在杞城遭遇东捻军。捻军没料到会遇上这么一支淮军，力战不支，大败而逃。
刘铭传与郭松林两军会合，丢弃全部辎重，裹带干粮，紧紧咬住捻军不放，与捻军比速度。
东捻军奔命于莱州湾的海滨，打算沿海南下，却被弥河所阻，无处逃遁，便占据寿光的王胡城，打算决死一战。
刘铭传和郭松林所部分左右进攻，捻军的几十团骑兵如潮水般杀来，善庆和温德西勒克率领骑兵抵抗。淮军一路追杀，追到凤凰台，捻军的步兵仍然排列十多里。
牛喜子率领白旗部队直冲刘铭传所部，赖汶光率领蓝旗部队直冲郭松林所部。鏖战良久，淮军以少胜多，东捻军溃败。
寿光一带的民圩内，百姓都站在墙壁上观战，见淮军取胜，便打开圩门，出来助战。捻军战士多数在弥河中溺死，河水上漂着两万多具尸体。淮军俘虏一万多名捻军战士，夺取两万匹骡马。天国列王徐昌先、首王范汝增和任柱的哥哥任定，都在这次战役中被杀。赖汶光率领一千多名骑兵凫水南奔，直达江苏沭阳。
336
由于西捻军和回民起义军在陕西的渭河以北十分活跃，左宗棠在10月8日亲自来到泾阳以西，部署各路兵力。刘典和高连升两部抵达泾阳以东六十里处的高陵，刘松山、李祥和与郭宝昌三部抵达泾阳东北方四十里处的三原。
甘肃的回民起义军于11月11日攻占甘肃东部边界的正宁，雷正绾率部夺得。回民起义军于11月16日攻占宝鸡，杨和贵所部于11月21日夺得。
西捻军包围甘泉，刘厚基作战不利。另一支捻军部队南下攻打耀州，刘典从宜君进军同官，失败而退。
刘松山和郭宝昌率部追赶西捻军，到达延安以南的洛川。李祥和部突然遭遇捻军骑兵，李祥和战死，左宗棠命令黄金友统领他的部队。 西捻军于11月17日攻占延安东北方的延川，然后北上，于11月22日攻占绥德。
千阳的回民起义军于11月23日攻占凤翔，斩杀清廷总兵孙立士。
起义军在陕西和甘肃两省势力逐步强盛起来。
在甘肃，董福祥的绿林军占据花马池，溃卒游勇结成团伙。逃往甘肃庆阳、宁州、正宁、镇原和清水的陕西回民起义军，络绎不绝地奔向花马池。河州东乡的回民起义军仍在坚守根据地。
在陕西，凤州、彬县、千阳和陇州之间，都有起义军活动。
穆图善调梅开泰所部从碾伯赶赴河州，他自己指挥各部在洮河攻击起义军，获得大胜。梅开泰部依傍洮河修筑壁垒。
黄鼎所部于11月27日在千阳击败回民起义军。杨和泰所部于12月1日在凤翔击败回民起义军。黄鼎所部刚好在这时赶到，起义军全部向东北方的川口入山。黄鼎率部追到甘肃灵台，没有追上，便回师陕西。
刘典的部队于12月5日在宜君攻击回民起义军，部将郭荣经战死。谭玉龙率部在彬县北头的永乐镇