汪海洋死后，他的部属共推偕王谭体元主事。太平军的兵力仍有二十万，占据嘉应州城，与湘军相持。
郭嵩焘屡次写信给左宗棠商议，只要令刘典所部从葵岭移驻小密，令广东清军郑绍忠部移驻芹菜洋，便可以合围嘉应州城，将太平军聚歼在城内。
可是，各路部队迟延不进。曾敏行非常气愤，说：“我的部队兵力少，不足以对付敌人的大部队，请派我部推进到七圩，以等待友军到来。”
2月7日，曾敏行部刚刚抵达七圩，还没扎营，太平军就分兵猛扑过来。两军搏战一整夜，太平军已全军抵达小密，奔赴黄沙嶂，围城的各路军队都没发觉。
七圩距离小密很近，太平军侦察到湘军将要合围，便用一支部队拖住湘军，而主力从河南突出，以图日后振兴。 。。
1866年，同治五年（2）
娄云庆率部半夜入城，城内空虚无人，湘军才知道太平军已经突围而去。
太平军进入黄沙嶂后，置身于万山丛中，茫然不知去向。鲍超等部追了上来，军士们登上高处喊话：“扔掉武器，可以免死！”太平军放下武器，跪下请降。投降者共有十多万人，太平军将领七百三十四人被俘，都被斩首。
在这次作战中牺牲的太平军战士，可以统计的就有一万六千人。自从太平军起义到失败，还没有见过如此轻易的杀戮。
王德榜所部俘虏汪海洋的妻子张氏及其养子汪长林等三百多人，将他们全部处死。另有男女百姓一万多人，由此得以脱身。
到此为止，在全国范围内，太平军已被全部镇压。轰轰烈烈的太平天国运动，到这时余波已平。
清廷对黄沙嶂一役论功行赏，王德榜升任福建布政使。鲍超部将孙开华战功卓著，由总兵升任提督。唐仁廉获赏黄马褂。
在太平天国的余烬最后熄灭的日子里，英国人呤在他二十六岁生日那天，即1866年2月3日，写完了他的著作《太平天国革命亲历记》。
呤在这本书里展示了一些证据，试图让世人看到太平天国运动的许多真相。他预言太平军将会像不死鸟一样，从他们以前的光荣的灰烬中复活起来。
318
清廷在甘肃的部队，在上一年已经崩溃，只有杨岳斌的湘军和曹克忠的部队能够与回民起义军相持。
起义军于1月17日袭击兰州东南方一百多里的甘草店，湘军营官余华中枪阵亡。金县守将杨明海率部将起义军击退。
杨明海是长沙人，早年进入湘军水师，1860年曾转战安徽，参加枞阳、殷家汇、池州等战役，升为都司。1862年与湘军各部攻打东梁山和金柱关，负伤不下火线，战后以总兵记名，获得“忱勇巴图鲁”称号。1863年与太平军大战九洑洲，战后以提督记名。在金陵小沙口战斗中，身先士卒，冲锋陷阵，右股被子弹击穿，仍然率领哨船强行渡江，从陆路进取苏州，战后被授予山东兖州镇总兵，率部留在苏州驻防。杨岳斌出任陕甘总督时，回乡募兵，赴任时调杨明海招募兵勇，随他一起上任。
杨明海这次击败起义军，得到“格洪额巴图鲁”的称号，在名号上升了级。
曹克忠部于1月28日在新市打败了起义军，傅先宗率部追赶到定西附近的漳县，又将起义军击败。
自从甘肃清军溃散叛变以来，起义军的势力更加强盛，从隆德、静宁西往兰州，六七百里地面到处都是起义军。杨岳斌只靠着自己统领的湘军护卫驿道的畅通，上奏请调湘军健将协助自己。
他在奏疏上说，他抵达甘肃以后，兵力不足，军饷匮乏，本来打算用现有的兵力图谋进取。但是陶茂林部先已溃散，兵员大减，雷正绾的勇丁又接着叛变，兵力更加不足，所以他不得不请求增兵。而周达武部在四川作战，不能前来。萧庆高部防守陕西边界，也没有前来。鲍超所部则已奉调去了江西，李鹤章又奏请将他留在江南。蒋凝学则请假回了家乡，金国琛因事留在安徽，一时不能赴任。
杨岳斌说，邻省派不出增援部队，朝廷批准从东南调来甘肃的各支部队，又无法及时赶到。现在河州与狄州的造反武装影响南部，平凉和固原的造反武装影响东部，宁夏与灵州的造反武装影响北部，凉州和肃州的造反武装影响西部，几乎是攻不胜攻，防不胜防。他如果株守省城，部队缺粮，最终会坐困城中。如果领兵出西安攻击，则可能动摇根本。考察对方的势力，再计算自己的兵力，实在是分拨不过来。
杨岳斌说，据他所知，记名提督朱兰桂和记名按察使刘连捷勇略兼备，听说现在正在江西作战。江西省兵力有余，请朝廷命令这两位官员率领所部奔赴甘肃，增援作战。
清廷批准了他的要求。但是后来刘连捷和朱兰桂所部并没有来到甘肃，只有总兵鹤龄率领一千名四川兵抵达兰州。
杨岳斌不愿困守兰州，于2月22日率部从省城出发，取道巩昌，前往泾川，留下代理藩司林之望和中军罗宏裕等人防守省城。
这时，洮州的起义军攻占了洮州厅城，杨岳斌令曹克忠率部前往攻击，留下衡山人罗进贤防守巩昌。罗进贤一直是杨岳斌的部属，在与太平军作战中屡立战功，升为提督。
1866年，同治五年（3）
杨岳斌于3月8日抵达泾川，彭楚汉部接连在水阜河与枣楚坡击败起义军。
曹克忠部于3月12日抵达李岐山，距离洮州十里。起义军首领马芳等人请降，曹克忠受降。洮州同知淡殿臣于3月下旬率领汉民与回民部队收缴起义军的武器马匹，曹克忠将起义军首领丁重选等人处死，于4月7日返回巩昌。杨岳斌北上庆阳，与陕西藩司林寿图筹划防守。
319
左宗棠在广东境内彻底镇压太平军以后，春回日暖。左宗棠班师返回福州，湖南巡抚李翰章则开始筹划援助贵州。清廷命令鲍超所部仍然入关，席宝田所部援助贵州。湘军将领们本该做官上任，多数人却请求回乡，壮丁则回家种田。
恰在此时，九大白和包大度等人领导的贵州苗民起义军，派兵深入湖南西部的镇筸、麻阳、沅州、辰州、靖州和晃州。贵州东部石阡和荆竹园的起义军势力强盛，湖南沅州的防务万分告急。
湖南的湘军兵力已经增加到二万人，分三路出兵贵州东部。
李翰章令兆琛与周洪印出任大将，领兵前往靖州，防备苗民起义军。另外起用李元度招募新军，前往沅州。宁乡人王永章率领两千人随李元度前往。
兆琛和周洪印对湖南与贵州边界的情况最为熟悉。自从贵州发生起义，他们统领军队已近二十年。兆琛从知县一直升任湖南按察使，周洪印从千总升任总兵，过于关心私事，作战功效越来越差。
清廷决定平定贵州的战乱，挑选懂军事的官员出任监司，将兆琛提拔为贵州布政使，任命席宝田为贵州按察使，责成江西巡抚刘坤一每月为席宝田提供四万两银子的军饷。
席宝田已卸甲归乡，部队未能集结。兆琛一直负责针对贵州的防卫，竟无功效，沅州和靖州照样遭到起义军的攻击。
戈鉴的部队疲于奔命，四援沅州，三援铜仁。在晃州解围后，戈鉴升任道员，加授按察使官衔。
李元度吸取以前的教训，锐意攻取。他领兵抵达沅州，进入贵州，听说在石阡和荆竹园一带，刘义顺与胡二黑的号军势力强盛，便亲自率领周洪印和他的部队发起攻击。号军顽强固守，湘军无可奈何，空有一腔勇气，无法施为。
湘军在贵州东部的战法，都是步步逼近起义军的根据地和关卡。起义军各自为战。湘军大部队到来，他们便全部撤走。湘军兵力少，则不敢推进，精兵无法发挥威力，一旦疲惫了，就会遭到起义军袭击。
起义军经常乘着雨天夜袭。湘军的军士们有的刚刚躺下就丢了脑袋。在树林和竹丛中行军，往往有人被偷袭者打伤或击毙。两军交战时，湘军未尝没有打胜仗，但荆竹园久攻不下，起义军照旧往来。边界县份失而复得，得而复失，反复不可胜数。
那些以前失职的湘军将领，便传播流言，说兆琛等人并无过错，李元度来了也不过如此。湖南每月提供十多万两银子的军饷，简直是劳民伤财。
李元度又接到报告，回民起义军攻占贵州西南角上的兴宁，向东北方向推进，袭击永宁、镇宁和普安厅，并驻扎下来。
刘岳昭所部驻扎在贵州西部，于3月份攻克了贵州北部的绥阳。起义军首领吴元彪过去是团练军官，刘岳昭令他率领一千二百人投降，攻克同心寨。然后攻破黔仁号军，解了遵义之围。
清廷任命刘岳昭为云南巡抚，率领所部湘军转战前往云南。
四川和陕西境内的起义军已被镇压，但还是和以前一样养着军队。从四川出境的部队，有二万六千人，留下驻防的一万七千五百人，驻扎省城的二千五百人。胡中和仍然统领五千兵力，唐友耕统领三千五百人。陕西湘军有七千人。这些部队都靠四川供养，诚如曾国藩所说，四川的财源开始枯竭。
刘岳昭的任务是首先镇压贵州的起义军，与湖南的援军上下夹击。刘岳昭上奏说，贵州的造反者数量众多，飘忽无定。这次从西部的大定出兵，平定一处，就必须拔营前进，不能留兵代守。如果州县官员不得力，湘军一走，造反的部队就到来，劳而无益。应该由贵州巡抚挑选有能力的官员筹划善后。
清廷同意他的意见。
至此为止，贵州西部的郡县都被起义军占领，苗寨根据地连接成片，广延一千多里，湘军无法穿透。省城贵阳被起义军团团包围，孤立无援，清廷巡抚的号令，只能在城内传递。刘岳昭提出先攻贵阳西北部的仁怀和黔西，保卫贵阳以西的清镇，以打通与贵阳的交通。他说，省城重地，文报不通，就好像一个人要治病，咽喉却吞不下药，心腹不能运气。这种状况，要治疗四肢麻痹，就是良医也措手无策。�