破坏没有一点建设工作的苗头。……显然，太平军就是中国人的幻想所描绘的那个魔鬼的化身。但是，只有在中国才能有这类魔鬼。这类魔鬼是停滞的社会生活的产物。”
曾国藩在8月份亲自审讯李秀成、洪仁达和洪仁发等人，议定罪名以后，将他们全部处死。
1864年，同治三年（22）
李万材在供词中说洪福瑱已经死亡，而江西和浙江的湘军，纷纷争辩，说洪福瑱没死。左宗棠和沈葆桢分别上疏讽刺曾国藩。
曾国藩上奏说，他抵达金陵以后，接见诸位将领，见他们的脸色无不憔悴可怜。他给诸位将领宣讲皇上仁爱，多方抚慰，既夸奖他们可怜可敬的功劳，又以忘死忘劳的大义加以勉励。
曾国藩在奏折中谈了对洪秀全戮尸焚尸的经过之后，又说洪秀全宫中有一名姓黄的婢女，是道州人，就是亲手埋葬洪秀全的人。他亲自询问这名婢女，据婢女招供，洪秀全经年不见臣僚，四月二十日因湘军猛攻金陵，服毒身死，秘不发丧，十多天后才宣布。洪福瑱在屋子周围堆积薪材，打算在城破时自焚，与其他人的口供都相吻合。连日来，在宫殿的灰烬之中，反复搜寻，茫无实据。查看他的金印和玉印，都是在巷战时夺取过来的，又好像已经逃出宫殿。
李秀成供认曾携带洪福瑱出城，后来分散。不过，这次逃奔的太平军，仅有十六日夜间从地道缺口逃出几百人，湘军有骑兵追到湖熟，已经全部围杀。从十七日以后，曾国荃便将缺口封砌，关闭所有城门，搜杀三天。
洪福瑱是十六岁少年，即便没有丧身于烈火，也必定已死在乱军之中。
李秀成被擒后，各营投降的士卒，以及城外附近的居民，人人都认识他，围观的人堵塞了道路。经过多日审讯，他亲笔写下几万字的供词，陈述太平军的始末，对于他本人作战的情况，讲述得甚为详细。又力劝官军，不宜专杀两广人，否则太平军更加孤立，造反者更加顽固，战事没有止境。他的说法颇有可以采纳之处。
这些天来，办案的文武官员，都请将李秀成用囚车押送京城。连来道贺的洋人戈登和威妥玛，也希望把他押送京城。
但是，曾国藩有不同的看法。他说，李秀成只是一个小丑，不必把这样的俘虏献给朝廷。从来解送京城的要犯，必须以好言劝诱，许以不死。李秀成知道自己没有逃脱一死的可能，有可能在途中绝食而死，或者夺路而逃，反而会逃脱一个该杀的要犯，留下巨大的祸患。而且李秀成熟悉权术，很会笼络人，颇得民心。城破以后，乡民出于同情而将他藏匿起来。
曾国藩说，他还听说萧孚泗的部下抓到李自成以后，乡民竟然将亲兵王三清扔到水里，好像代李秀成报仇，而泄私愤。李秀成被关入囚笼的第二天，湘军又擒获松王陈德风。陈德风一见李秀成，便长跪请安。他听说这两件事以后，知道李秀成还没有失去民心，他的部属也对他怀有忠心，所以决定将他就地正法，以绝后患。于是在初六日行刑。
洪仁达是洪秀全的胞兄，与长兄洪仁发暴戾恣横，多行不义，是李秀成深为遗憾的人物，被捕后还如痴如醉，口称天父不绝。因为他已病重，已于初四日先行处决。
尽管曾国藩在这份奏折中陈述了没有将李秀成押解到京城的理由，仍然有人怀疑曾国藩的做法另有动机。舆论沸腾，矛头纷纷指责曾国荃。他们的意思是，曾国藩草草地将李秀成处死，是为曾国荃隐瞒了什么。
面对千夫所指，曾国荃非常郁闷，因为他作战艰苦，好不容易打了胜仗，还要背负一个骂名。曾国藩手下的宿将如杨岳斌、彭玉麟和鲍超等人都打算告辞离去，人们马上怀疑他们与曾国荃不和，还说金陵的钱财都到了曾国荃的军中。曾国荃在作战中负了伤，又得了疥疮，便请病假回归乡里，遣散所部二万五千人，留一万人驻守金陵，另留一万五千人作为游击安徽南北的预备队。
在攻克金陵的作战中立下功劳因而受封了爵位的几个人，李臣典因病亡故，萧孚泗因丧事归乡。武明良当了个记名提督，请假回家后就病死了。
大功告成了，这些将士郁郁寡欢，悲凉沮丧，也许是因为作战时杀气太重，当胜利到来的时候，便觉得虚弱不堪了吧。
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曾国藩统帅军队，本来就诚惶诚恐，自己庆幸扫平了洪秀全的太平军，攻克了金陵，实现了刚刚起兵时的愿望，为了退避权势，以保清名，于是极力宣扬湘军已经暮气沉沉，不能够再用，主张清廷用淮军，接着镇压捻军。
曾国藩说湘军暮气沉沉，当然是一个托词。在曾国藩裁军之后，左宗棠和刘锦棠率领湘军在关内关外镇压回民起义军，平定新疆，席宝田率部在贵州镇压苗民起义，王德榜率部在越南与法国侵略军作战，都表现出了强大的战斗力。这些湘军部队，哪里看得出有什么暮气？如果说有什么暮气，不过是在曾国藩统帅的湘军部队里面，由于曾国荃顶着太大的光环，而他本人过于张扬，导致将领们有些离心离德罢了。txt电子书分享平台
1864年，同治三年（23）
不过，曾国藩的有一种担心，倒并非托词。他认为湘勇熟悉山地作战，驰骋平原却非所长，因此对捻军作战会有所不利。而且湘军勇武已达十年，颇为疲惫，需要休整。与其这样空耗军饷，不如裁撤。
曾国藩裁撤湘军，在自己的体系之内，并没有遇到不可克服的阻力，因为自从曾国藩首创用乡下农民代替编制军队以来，这些人招之即来，挥之即去。
湘军的制度，充分反映了军队的利弊。胡林翼、左宗棠和李鸿章都从湘军中崛起，因此虽然他们用兵的地方各不相同，还是没有背离江忠源、王錱和曾国藩等人确立的这个宗旨。
曾国藩的军事思想，非常重视时机。他认为胜败是时机决定的。时机不可为，就是圣哲也无法办到。时机可为，就会事半而功倍。为了等待时机，就必须执著。
在战争时期，局势瞬息万变，安危系于一发。清廷的谋臣们远在几千里之外，靠着揣摩推测而进行遥控，朝上一策，暮更一令，弄得前方将帅手足无措。向荣和张国梁都是职业军人，而且是久经沙场的大将，不可谓不懂战略，但他们缺乏远见卓识，缺乏耐力和定性，别人叫他们向左他们便向左，别人指挥向右便朝右，非常害怕谋士们指责他们的不是，无暇审时度势，于是早晨奔向安徽，傍晚又杀向浙江，疲于奔命，而忘了自己的任务是屯兵于坚城之下，所以几起几落，左右一蹶不振。
曾国藩和曾国荃兄弟，以忧惧治军，详尽地审查全局，眼光高远，不急功近利，不为旁人的议论所动摇，坚持自己的信念，撼不动，催不发，比起江忠源、李续宾这些义气用事的将领，多了一份最后取胜的保障。
曾国藩的裁军，也是因时势而决定的。
湘军本是太平天国运动这一时势的产物，当它已经镇压了太平天国运动，时势就发生了根本的变化，使湘军的存在成为一个问题。湘军和太平天国运动是一个孪生体，太平天国没有了，湘军就失去了存在的基础和理由。湘军这时已经发展到空前的规模，只要这支强大的军队继续存在一天，不用曾国藩说一个字，本身就是对清廷的威胁和挑战。
关于这个威胁，清廷已经有人大造舆论。御史蔡寿祺参奏湘军胡作非为，声言这么多湖南人占据军政高位，实非国家之福，实为不测之祸，建议清廷只对他们授以低级的职位。
对于金陵大火的原因，清廷有所怀疑，在颁奖给曾国藩为首的湘淮军大员后，另有一份上谕，其大意是：关于太平军积薪自焚的奏报，应该只是谣言而已。金陵被太平天国占领十多年，传闻那里金银如海，百货充盈，命令曾国藩将金陵城内的金银下落迅速查清，报明户部，以备拨用。清廷以为攻下了金陵，会有大笔大笔的财富到手，这笔钱拨给湘军和绿营，可以维持两到三个月的军饷。
曾国荃所部的强抢豪夺，引起清廷上下议论沸腾，曾国荃被人们送了一个绰号，叫做“老饕”。御史朱镇参奏他办金陵善后不力，生事扰民，毫无纲纪。御史蔡寿祺参奏湘军的种种不法行径，罗列湘军主将纵容部下胡作非为的事实，说这些年来湘军攻城略地，清廷所得太少，损失太大，还说湘军本来是一群流氓，不宜寄予重望。
当然，对于慈禧太后而言，攻下金陵是天底下第一大喜事，至于大兵在那里抢一点、烧一点，那都算不了什么，清廷也就睁只眼闭只眼了。
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曾国荃对当官不感兴趣，无心上任浙江巡抚。在湘军攻下金陵之后，他请病假回到湖南，处理从战场上抢来的金银珍宝。每一个大的战役结束之后，他都要请假几天，将掳掠的银子和上头给他的奖品送回湘乡老家。这一次也不例外，他把金陵善后的差事推给兄长曾国藩去管，自己押着大船把银子和财宝运回老家。
他回到荷叶塘，只见自家堂屋里堆的银子和谷仓里的谷子一样多，他便犯愁了。银子多了，怎么保管呢？想来想去，金银珠宝不能吃不能穿，银票埋在地下还怕发霉，不如用来盖房子吧。他想，他们兄弟率领军队灭了太平天国，为清廷立下了旷世奇功，兄弟俩的名字和画像，都进了皇家的凌烟阁，荷叶塘迟早也会成为后人纪念他们的故居。于是，他决心把故居建设得富丽堂皇。
1864年，同治三年（24）
曾纪泽企图阻止叔叔大兴土木，他拿出了父亲过去写给叔叔的家信。
曾国荃笑道：“你父亲这封信，说的是担心府第在乱世中难免被毁，如今太平军已被大清荡平，天下即将太平，已不是江西那时候的情况了。”
曾纪泽认为叔叔说得有理，于是两叔侄开始设计荷叶塘老家兴建的新居：曾氏祖上的住所富厚堂，要改建成相