堡，###教哲派第五代教主马化龙在这里举起反清义旗，设立碉卡，训练部队。
起义军攻占宁夏府城后，姓赫的首领派使者迎接马化龙进城，回民们跪在道路左侧，俯首听命。
马彦龙和马占鳌在兰州西南约两百里处的和州起义，向东进军，攻占狄道，即现在所说的临洮。在兰州以西，则有马桂源和马本源在西宁起义，赶走总兵和知府。马桂源自任西宁知府，马本源自封西宁镇总兵，办事大臣玉通无法制止。后来马文禄占据肃州，即现在所说的酒泉，自称兵马大元帅。兰州东南方的岷县、渭源、临洮和东方的安定、会宁、静宁，以及西南部的循化，都有回民起义。甘肃从西到东，都燃起了起义的火焰。
面对甘肃全省的起义军，多隆阿感到兵力不足。他得知湘军在江苏已对天京合围，东南战事渐渐顺利，便请清廷让两江总督和巡抚抽调兵力赶赴陕西，并且催促石清吉的湘军向西开进。
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多隆阿的部队一直在西安周边作战，由于多隆阿本人一直是抱病指挥，而清廷还要他兼顾甘肃的军事，因此他对于陕西南部的起义军，实在是无力兼顾。
骆秉章推荐的能人李云麟，由于母亲去世，回归乡里。清廷将陕西南部的军务交给刘蓉指挥。8月12日，清廷命令骆秉章派部队跟随刘蓉增援陕西南部。8月15日，清廷任命刘蓉为陕西巡抚。在刘蓉到任之前，由陕西按察使张集馨代理职务。
1863年，同治二年（17）
清廷命令刘蓉率领先后增援陕西的所有部队，先去解汉中之围。汉中是个繁荣富裕的大郡，自从四川顺天军会同陈玉成的残部，与当地起义军联合，环城修建军营，城内已是壁垒森严。
毛震寿胆小怕事，借口军饷难以为继，辞去官职。援军中都是武将，拿不出对策，互相观望，让起义军有了喘息的时间。顺天军占据洋县以后，已经引得几十万名起义军从湖北开来，直接进军汉中。毛震寿率部驻扎汉中东北方五十里处的城固，顺天军屡次从东北方的洋县前来攻击，毛震寿为了自保，奋力将顺天军击退。
许多百姓为了躲避起义军，相继入城寻求庇护，城内粮食日益匮乏，疾疫流行，有时一天死去上千人。守城的部队经常出战，援军却不进攻，只是等待统帅到来。
毛震寿见汉中被太平军围困已久，带领三千人去攻打东关，指望打通运粮进城的道路。易佩绅率部前来援助。东关的太平军拥有七八万兵力，将毛震寿和易佩绅的部队包围，致使两军损兵折将。易佩绅率部突围而出，逃到十八里铺，又被起义军打败。
汉中知府张光澍找川军求援，张由庚徘徊不肯进军。张光澍十分气愤，领着自己的部队与太平军作战，落败而归。于是汉中断绝了外援，从汉中到褒城和勉县一带，太平军的势力绵延二百多里。
汉中知府和道员先后病死，城内只有都司、护总兵及南郑令，彼此关系紧张。奉命招募收容散兵多达一万人，每天吃掉一百石大米。
骆秉章得知陕南军情紧急，派何胜必、萧庆高和朱桂秋三位湘军将领，率领一万三千人，随同刘蓉北征，粮食和武器装备都由四川省供应。
耒阳人刘厚基奉命率领湘果营开往陕西。
石达开余部称为中旗的部队，从四川平武进入甘肃后，又从甘肃东进陕西，与陕南的顺天军和太平军会师。中旗部队打的是翼王旗号，分别驻扎在汉中以西的定军山和圆墩子。起义军各部之间由于争夺粮食而发生战斗，将领们之间互相猜忌。于是，陈得才与天将马融和不想留在这里窝里斗，打算率部东进，增援天京。
天国启王梁成富由于有伤在身，发誓要夺取汉中。增王赖汶光率部驻扎在汉中西北，端王蓝成春率部驻扎在汉中东南。
顺天军和从湖北开来的起义军互相猜忌，洋县起义军怀疑外来的起义军想把他们吞并，所以不肯合兵。顺天军听说湖北清军将要开到，联合陈得才部，长驱向东，攻占镇安。
9月下旬，在清廷的催促下，李云麟率部到达襄阳，派李桓所部一千五百人驻扎兴安。9月24日，刘蓉领兵从成都出发。
骆秉章派往陕南增援的部队中，张由庚部进驻云峰寺，易佩绅部扼守两河口，萧庆高与何胜必两部进驻高家岭，以增援汉中。周达武部到达大安驿，以攻打汉中西北面的褒城和勉县。
9月26日，何胜必等将领商议道：“汉中起义军人数虽多，但各怀心志，人心不齐，可以一战把他们赶走。刘公料想我们即将大功告成，所以抢先赶来，把功劳归在他自己名下，我们应该赶在他到来之前，破贼立功。”
于是，何胜必和萧庆高约好朱桂秋和张由庚等部一起进兵。何胜必的部队刚到油坊街，听说朱桂秋等部失约，已先撤退，他也收军返回军营。
9月27日和28日，连日降雨，围城的起义军担心湘军乘机发动攻击，便备好马驮，打算撤走。
汉中城内早已断绝了粮食，守城部队见援军不战自退，更加人心惶惶，便打开北门出逃。
起义军疑心重重，不敢进城，等了很久，不见有什么动静，便纵兵掠杀，进占汉中。
10月12日，萧庆高率领中军攻打油坊街，何胜必和张由庚率部从左路出击，易佩绅和朱桂秋率部从右路出击。刚刚进入油坊街，起义军如潮水般涌来，褒城和勉县的起义军又从汉中以西的新集包抄过来，首先击溃了张由庚的部队，从四川来的各路援军闻风丧胆，纷纷溃逃。起义军趁势进逼，援军残部背水抵抗，溺死者和被斩杀者不计其数。
逃跑的城内百姓，也全部被俘或被杀。
10月24日，起义军又攻占汉中以东的城固。连接西乡与石泉，沟通兴安。
刘蓉接到败报，命令部队在汉中以南两百里外的巴州停止前进，增调刘岳昭部队的四千五百人前来会合。
1863年，同治二年（18）
刘蓉仍然感到兵力不足，于11月上旬派将领回湖南招募勇丁。
占据洋县的顺天军见太平军和捻军势力大振，颇为担心，分派兵力北进，进占佛坪与周至。顺天军委任官吏，禁止奸淫抢掠，以巩固地盘。
李云麟率部东进山阳，攻取镇安，然后向西南方的石泉攻击。
11月下旬，刘蓉率部挺进东北方，进驻广元，在此等待时机。
12月天降大雪，刘蓉率部抵达陕西勉县，得知汉水以南起义军势力强盛，便约多隆阿分兵夹击。多隆阿军刚刚包围周至，抽不出兵力。刘蓉所部在陕西的作战，要从下一年才能开始。
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湘军先驱者江忠源的族弟江忠义，在1863年东奔西跑，体尝了一番族兄生前为清廷当救火队员的滋味。
陈金刚的起义军在年初占据广东的高州，广东清军将领卓兴率部攻打，久攻不克。代理两广总督晏端书于4月下旬命令江忠义率部南下赴援。
江忠义率部出发，前锋已经抵达桂林，又接到曾国藩的命令，要他率部增援安徽。江忠义立刻北上。
5月下旬，江忠义从衡州出发，前往江西，此后转战江西各地。
与此同时，石达开部属李复猷的部队在贵州的遵义出发，开始了辗转走向湖南的行军。
李复猷部从遵义向桐梓推进，恰遇代理云贵总督劳崇光在上任途中。双方在绥阳相遇，劳崇光进入旺草寨召集乡团迎击，又派飞马送信，命令沈宏富和樊希棣等将领率领两千人渡河拦截。田兴恕率领一千人随后赶到，两下合击，重创李复猷的部队，斩杀和俘虏五千多人。
劳崇光向清廷报捷，在奏疏中说，太平军现在驻扎在南坪，与正安和务川交界，势将进入四川。田兴恕此前奉旨去四川听候差遣，现在应该令他到成都听骆秉章调配。清廷的答复是：由于教案未结，田兴恕不能去四川。
清廷知道沈宏富与田兴恕关系密切，暗中派人监视他。沈宏富颇有看破红尘的想法，便以枪伤复发为由请辞，回到凤凰老家，五年后真的因枪伤复发而去世。
新任湖南巡抚恽世临命令周洪印和戈鉴领兵增援贵州。恽世临仍不放过往事，上奏请将陆传应从贵州调到长沙，核查厘税收入，要追究到底。
恽世临的为官之道，世人褒贬不一。他惩处不法官员，固然严厉，但他的眼睛只盯着那些跟他有过节的官员，对他稍有得罪，决不放过，有挟私报复之嫌。例如他给十多名道府官员罗致饮酒赌博的罪名，这些人都曾与他不和。他还往往对涉案人员透露案情，说他已经掌握了对方的罪证，示意犯罪嫌疑人自行引退。
毛鸿宾还记恨文格，便向清廷弹劾，将他罢官。但他仍然要依靠湘军，带领湘军将领张运兰、杨安臣和刘德谦与他同行。
石赞清担任湖南的布政使，按照新任巡抚的意思行事，吏治是否清廉，引来许多非议。然而恽世临为人谨慎，对人的好恶都明说出来，又有些士大夫对他大为称道。
不过，湖南巡抚仍然倚重郭崑焘，让他和当年的左宗棠一样，出谋划策，调兵遣将。
再说李复猷的部队，在到达务川之后，果然如劳崇光所料，又返回四川，于8月下旬从四川酉阳和秀山之间的小路进入贵州松桃，清廷同知刘侣鹤领兵追踪到湖南边界。
李复猷部于9月下旬进入湖南永绥，仍然拥有三四万兵力，向辰州和沅州运动，湖南调集各路军马防备。湖南已经没有名将，恽世临不熟悉军务，只能处理公文，发布告示。
李复猷进入会同，杀死知县邓尔昌，攻占绥宁，分兵奔向道州，遭到湘军陈士杰部的抵抗。太平军溃散，奔向江华，进入广西。
另一支部队打败靖州的驻防军，南下袭击通道和广西的龙胜，于10月下旬折向东北方，奔向湖南的城步。
还有一支部队，从龙胜以西的斗江进入怀远，广西巡抚张凯嵩命令萧荣芳率部阻击。
李复猷的部队攻打富川与贺县，�