军，在此战中全部牺牲。湘军水师缴获三百多匹战马，全部送给陆师。
7月3日，曾国荃派兵攻击长干桥的太平军壁垒，又获大捷。湘军肃清了天京周边的长江江面。
湘军在九洑洲的捷报，曾国荃还没来得及上奏，都兴阿就抢了个先着，报告了清廷。清廷既很惊诧，又很欣赏他报捷的迅速，担心九洑洲的太平军逃向扬州，还命令曾国藩派兵防守里下河。其实洲上的太平军已被聚歼，清廷是多此一虑了。
此战以后，清泉人江福山升任参将，随同李朝斌率领太湖水师赴援上海。
曾国荃命令萧庆衍率部从江浦渡到江南，驻扎在神策门。鲍超率部绕过钟山，驻扎在孝陵卫。谋士们都说城大兵单，不宜马上合围，恐怕太平军的增援部队会趁机撼动大局。
曾国荃说：“现在浙江的湘军正在攻打富阳，上海的湘淮军正在攻打苏州，贼寇各部疲于奔命，正是天亡贼寇之时。我们应该趁他们措手不及时合围。他们四处防备，兵力分散，即使我们不能攻克金陵，对我军在苏州和杭州的攻战，一定会有帮助。”
曾国藩认为四弟说得有道理，便令他增募一万人。这样一来，围攻天京的湘军兵力，已经接近四万人。
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在曾国荃对天京合围成功的同时，程学启的部队从苏州以东的唯亭和用直，转移到外跨塘，更加逼近苏州。
李鸿章上奏说，现在常熟已经解围，湘淮军接连攻克太仓和昆山，苏州和嘉定的太平军仍打算拼死抵抗，因为他们有险可守，又有利益不肯放弃。李秀成是太平军各部的首领，占据苏州、杭州、嘉定和湖口四郡辖地，而且计谋百出。咸丰十年，他为了解除清军对金陵的长围，攻击浙江，在远处取势。咸丰十一年，为了营救安庆，他又领兵攻击江西和湖北，仍然是在远处取势。从去年到现在，他为了营救金陵，分兵进击安徽南部和北部，又打算奔赴扬州里下河，再次从远处取势。现在，湘淮军进逼苏州，他的部队仍然徘徊在金陵上下，并不马上回援。可以推测，如果湘淮军攻势猛烈，他既可以领兵来援，又可以另谋进取。
李鸿章说，他统帅的兵力，水路已经超过四万，曾国藩又令总兵李朝斌率领太湖水师十个营，立即顺流驶下。现在打算兵分三路，以攻为堵。第一路从昆山进击苏州，由程学启的陆师担任；第二路从常熟进击江阴和无锡，由李鹤章与刘铭传的陆师担任，黄翼升指挥淮扬水师协力并进，戈登的常胜军移驻昆山，作为预备队，为各路提供应援；第三路从泖澱湖前往吴江、平望和太湖，由李朝斌的水师担任。为了防备杭州、嘉兴和湖口的太平军绕道进击浦东，向松沪一带用兵，又令常镇道潘鼎新的八个营扼守金山卫，编修刘秉璋的七个营扼守洙泾，副将杨鼎勋的五个营扼守张堰，各部互相贯通，以防太平军北上。
清廷览奏后，赞同李鸿章的部署。
李秀成为了救援苏州，已率部抵达无锡，统帅五位王爷的兵马，总兵力号称几十万，军营绵延六十里，声言要增援江阴，攻打常熟。
李鹤章的部队处于前敌位置。他命令刘铭传部攻击太平军左路，郭松林部攻击右路，滕嗣武等部攻击中路，黄翼升的水师助战。
1863年，同治二年（13）
李鹤章率领骑兵登上顾山，命令军士吹响号角，指挥各部冲锋。鏖战两日，刘铭传部击破太平军的二十七座壁垒，刘松林等部击破二十五座壁垒，滕嗣武等部击破二十三座壁垒，顾山以西，已无太平军踪影。
7月下旬，陈坤书率部大举进攻杨舍，屡次被刘铭传部击败。程学启率部进攻夹浦，苏州太平军从宝带桥出兵增援。程学启的部队将太平军击败，攻克宝带桥。又在九里湖击败太平军，攻占同里镇。常胜军趁机奔赴苏州以南的吴江，这里的太平军守将献城投降。程学启率部进占吴江，常胜军返回昆山。
白齐文在这时投奔了太平军，率领两百名外国流氓进入苏州。李鸿章令戈登严密戒备这支洋人部队。同时照会各国领事，要求禁止洋人支助太平军。
浙江嘉兴的太平军北上攻击吴江，程学启的部队将之击退。太平军南撤平望。程学启留下部分兵力分守吴江和夹浦，自己率部返回唯亭。太平军带领洋人部队攻击夹浦，发射小型炸炮袭击守军，被守军击退。
李鸿章正在指挥作战，他的幕客郭嵩焘接到清廷于8月13日发下的诏书，赏给他三品顶戴，令他代理广东巡抚。郭嵩焘整理行装，南下赴任。
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湘军对天京合围以后，洪秀全十分恐慌。他不愿就此被湘军困死在天京城内，召集手下大将商议退敌之策，然后对湘军发起了一系列的反击。
按照曾国荃的部署，鲍超的部队在7月下旬进军钟山，将要进驻孝陵卫。但因部队传染疾病，改驻神策门。洪秀全派兵从仪凤门出击，攻打鲍超所部，又从太平门出兵攻击刘连捷部。两次出击，都被湘军击退。
8月14日，洪秀全派兵攻击下关，李成谋率部奋力抵抗，将太平军击退。
8月21日，曾国荃料定太平军已因出击不利而疲惫，派兵攻打印子山，一举攻克。然后进攻天京东南角上的上方桥。此桥是天京城内太平军的命脉，因为军粮要从这里运进城内。
9月2日，曾国荃命令萧庆衍出兵印子山以东，逼近太平军扎营。太平军出城争夺阵地，萧孚泗、李臣典和张诗日领兵分头阻击，太平军坚壁不出。
9月11日，熊登武率部越过上方桥五里，修筑六座小壁垒，断绝太平军的粮道。太平军视为大患，派出大部队攻击。
萧孚泗与伍维寿的骑兵和步兵包抄太平军后方，追到秣陵关，攻破十多道关卡，夺得太平军停泊在河边的所有战船。萧孚泗料定太平军已经无力抵抗，令军士们连夜背负秫秸填濠，一鼓作气攻克了上方桥。
但是，陈湜的部队攻打江东桥却遇到了极大的障碍。太平军在这里修建了高大的石垒，周围有木城护卫，湘军攻打了几个月也无法攻克。
9月24日夜间，风高夜黑，陈湜挑选出几百名精兵袭击太平军营垒，烧毁木城，攻进石垒，然后分兵抄袭旱西门，捣破城门外所有的壁垒。
天京城东还有几道关隘。靠近城墙的有中和桥、双桥门和七瓮桥，离城稍远的有方山和土山，以及上方门和高桥门。向南延伸，则是秣陵关，通向博望镇，属于天京的卫星镇。
太湖水师在8月下旬驶抵上海。李朝斌偕同李鸿章出巡，溯吴淞江西行，发现北通苏州、南通浙江的太湖之上，太平军战船穿梭往来。李鸿章令程学启率部与李朝斌在夹浦会师。李朝斌指挥百艘战船，攻击沿湖的太平军关卡，屡攻屡破。
太平军在距离东洞庭山九里处修筑了两座壁垒，沟通苏州和嘉兴的往来。程学启分水陆两路攻打三天，将两座壁垒攻克。程学启便回师逼近葑门和娄门，命令太湖水师停泊在南舍镇，以便攻击苏州。
李鸿章急催刘铭传等部攻打江阴，又催刘秉璋等部进击嘉善，以牵制太平军的兵力。
刘铭传部急攻江阴，陈坤书率部从常州赶来增援。刘铭传令周盛传的部队阻击，但太平军援兵越来越多。李鹤章率领洋枪队从常熟赶来，与太平军对峙多日，伤亡颇重。又增召张树珊等部前往常熟和福山，令郭松林等部赶到祝塘和周庄，又令黄翼升的水师驻扎在江干。
刘铭传命令部队多次用炸炮击毁太平军的壁垒。
9月13日，江阴城内有太平军做内应，湘淮军在夜间登城，烧毁门楼，残余太平军从城门突出去，湘淮军进占江阴城。 。。
1863年，同治二年（14）
刘秉璋和潘鼎新的部队在江福山水师的配合下，攻克了嘉善的枫泾和西塘。江福山所部连破太平军的十多座壁垒，战功显著。
李鸿章亲自视察苏州娄门的程学启军营，派张树声等部增援无锡东侧的荡口。张树声等部在谢家桥击败太平军，追赶到苏州齐门，又在荡口西南方的黄埭镇击败太平军。
程学启率部进驻永安桥，太平军打开娄门、葑门和齐门，分几路发起攻击，洋人部队抬来炸炮助战。
程学启分兵三路阻击太平军，外国炸炮射来的开花弹竟然多数都不爆炸。太平军非常惊异，认为程学启部有天神相助，便收兵进入苏州。
程学启得了便宜，索性下令逼近苏州城扎营，于是太平军断绝了娄门外的通道。
谭绍洸和黄子漋率领七名天国王爷的部队攻打程学启部，未能获胜，李秀成亲自领兵赶到。程学启的部队正在攻打宝带桥，戈登与法国将领庞发率部乘轮船前来会师，攻克太平军的石垒，追赶到盘门。
李秀成亲自率领精锐部队来战，程学启奋臂大呼，鼓励部队坚持。军士们忍受着饥饿发起反击，战到日暮时分，太平军才撤退。在这次战斗中，范遇春等将领阵亡，龚生阳和郑国榜都负了伤。
李鸿章命令戈登和庞发的部队驻扎宝带桥，程学启所部与李朝斌的水师扼守要隘，于是太平军在葑门外面的道路也被断绝。
白齐文藏匿在上海时，曾夺得湘淮军租用的两艘轮船献给太平军，现在李秀成率部乘坐这两艘轮船抵达西门荡和漕庄口。谭绍洸从葑门出兵袭击湘淮军，李朝斌的水师拦截，使李秀成的轮船也无法出湖。
谭绍洸率部撤退，李秀成便改道从虎邱和望亭攻击大桥角，白齐文乘坐轮船助攻，发射西洋的三十二磅炮弹轰击湘淮军。炮弹所至，部队溃散，尸体枕藉。
周寿昌率领敢死队挟带连珠喷筒匍伏前进，隐伏在河干后面，向白齐文的轮船发射，烧毁一艘轮船。火势蔓延到长龙炮艇上，船上的洋人和太平军全部被歼，太平军水师大乱。
李鹤章的援军恰在这时赶到，太平军奔向后宅，又被黄翼升的水师击败。李秀成大为悲愤，痛哭一场，撤退而去。