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驻守建平、广德和宁国县的太平军，向西南出动，攻占旌德、太平和石埭，又攻破绩溪，阻断了徽州和宁国的湘军。徽州守将是唐义训，依靠左宗棠的大军为他声援。
2月下旬，曾国藩从安庆出发，巡视安庆以东各路部队的军营。他从池州乘船到达芜湖，又乘船北上裕溪口，登上东西梁山，泛舟金柱关。接下来，再北上乌江，与杨岳斌一起到达天京城外，登上大胜关，进入雨花台军营。
曾国藩看到曾国荃围攻天京的部队在经历了瘟疫的肆虐和一番苦战之后，仍然十分坚稳，非常高兴，再也不提撤退的事情了。他在雨花台军营中盘桓十天，于3月份返回安庆。
回到安庆以后，曾国藩上奏，向清廷陈述了他此番巡视所见所闻的几件可喜之事和可怕之事。
曾国藩先说了可怕的事情。他说，徽州、池州和宁国的属地，满目黄茅白骨，有的地方一个月都见不到一个人。江苏和浙江两省的农田，多数没有耕种。各路太平军都有进军江西的意图，并且很想进入安徽和浙江已被湘军占领的地区。平民无处获得食物，弱者迁移到山沟里面，狡黠的人则跟从太平军苟且偷生。太平军的人数没有一定，头领没有定见，恐怕会变成流动的贼寇，更难收拾。
1863年，同治二年（6）
接着，曾国藩讲述可喜的事情。他说，太平军在兴起的初期，能够禁止奸淫，听任百姓耕种。所以江南几个郡的粮食从金柱关运出，江北几个郡的粮食从裕溪口运出，一并输送到天京。和春等人领兵在城外合围，太平军仍然能够利用长江的方便，源源不断地得到供给。现在农民荒废了田业，烟火断绝，太平军行走在无民之境，犹如鱼儿行走在无水之地，怎么能够长久呢？而安庆、芜湖、庐州、宁国、东西梁山、金柱关和裕溪口，以及浙江的金华和绍兴，都被湘军占领，这些山川经络必争之地，只要能够守住，没有丢失，就足以置太平军于死地。
曾国藩说，过去太平军所到之处，都会修筑壁垒，如城堡一般坚固，挖掘濠沟，如河流一般宽阔，现在却越来越草率了。而湘军修垒浚濠，工事的坚固，远远胜过往昔。太平军中的首领，受封为王的有九十多名，互相争雄，败不相救。而湘军和衷共济，三江两湖，呼应灵通。金陵、苏州和杭州三处，湘军只要攻克其中的一两处，就应该大赦太平军首领，广为招抚，才会再现在一天内纳降百万赤眉军那样的盛况。
清廷阅奏以后，下诏嘉许。
曾国藩在这份奏疏中提到，太平天国大封王爷，的确是洪秀全干部路线的一个大错。1856年天京发生内讧以后，洪秀全曾发誓“永不封王”，然而1859年3月，他又将族弟洪仁馕赏酢４哟丝獬掠癯晌⑼酰俜饫钚愠晌彝酢�
太平天国后期有二千七百多位王爷，洪秀全将爵位王位狂封滥授，以图受封者感恩戴德，效忠天朝，断了他们投降清廷的退路，同时也是为了防止权力过于集中于外人。他将李秀成部将陈坤书封为护王，就是为了削弱李秀成兵权。在军事形势日益危急的特别时期，这种做法，其实不利于最大限度地调动一切既有力量团结对外。这一点，曾国藩看出来了，李鸿章也看出来。他在给彭玉麟的信中说，洪秀全封了这么多王，其结果是离间了部众，导致内部猜忌，人心散漫。
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在浙江作战的福建清军将领林文察，于3月2日率部攻克了金华东南方的武义和永康。在金华东北面，东阳和义乌的太平军感到了威胁，都从城内撤走。
刘璈与黄少春于3月7日率部攻占义乌西北方的浦江。左宗棠命令蒋益澧从义乌出兵，刘典从浦江出兵，联合北攻诸暨。各地民团纷纷响应。诸暨的太平军知道败不可免，无心再战，向湘军投降。黄少春的部队于3月12日进占诸暨。
湘军从南向北朝杭州推进，宁波清军则从东向西逼近杭州。他们攻破绍兴城外的太平军军营。城内百姓与清军约定内应。
3月16日夜晚，绍兴城内的百姓举火为号，火光一起，清军便开始攻城，太平军开门撤走。
3月17日，宁波清军进占绍兴。
法国兵参与了对绍兴的进攻。他们的炮队统带莫德里在战斗中被太平军击毙。法方司令官命令德克碑接任统带。德克碑要在浙江增募一千兵力，左宗棠不予批准。德克碑又要绍兴士民拿出巨资犒劳部队。左宗棠干脆知会法国公使，要他另派统带，取代德克碑。
德克碑见左宗棠既不许他招兵，又不许他要钱，便跑到严州大营闹事。左宗棠碍于外交礼节，请他入帐相见。德克碑挺胸昂头，要与左宗棠行脱帽握手礼。左宗棠对他说：“巡抚是朝廷的二品大员，你现在是中国军官，应该按中国的礼节觐见。”接着，左宗棠告诉他，他向百姓强要犒赏，有损法国的尊严。德克碑理屈，听凭左宗棠教训了一通。
德克碑承认做了错事，表示愿为巡抚大人效力。左宗棠怕他过后不认账，令他写下保证书，一式二份，存档备查。
第二天，德克碑再次入营求见，改穿了中国衣冠，将连鬓胡须也剃掉了。左宗棠反而上前，与他行了脱帽握手礼。左宗棠命他率部扼守萧山，战后将按章支放银饷，予以裁撤。
3月18日，湘军又有进展，魏喻义和杨政谟率部攻占诸暨以西的桐庐。在湘军和宁波清军的逼迫下，杭州近边的太平军大为震动，新城和萧山的太平军弃城撤走。
宁波清军稳步跟进，于3月20日进占萧山。
杭州周边的军事态势，对湘军大为有利。刘典的部队追赶太平军到达富阳城外，屏蔽了杭州的西南方。蒋益澧的部队从临浦、和义桥和萧山向前推进，屏蔽了杭州以南。湘军距离杭州只有几十里的路程了。
1863年，同治二年（7）
左宗棠算定杭州城的太平军已孤立无援，难于防守，担心太平军奔向江西和安徽南部，袭击腹地。他派刘典率领五千人去防守徽州，巩固皖南的防御。左宗棠担心刘典筹措军饷有困难，便交给他一些空白的文件，让他方便使用。
左宗棠又把在湖南新募的勇丁留在广信扼守江西东部边界，派刘培元率部前往三省交界处的马金，与王德榜部会师，听候调遣。
左宗棠留下攻打杭州的主力，是蒋益澧的部队。蒋益澧率领一万兵力攻打富阳，企图力拔杭州西南的太平军据点。
富阳北靠山峦，南对富春江，西接七里泷，东靠钱塘江，是一个易守难攻的据点。湘军攻占桐庐以后，防守杭州的太平军非常紧张，调动全部兵力到富阳阻击湘军北进。
3月24日，湘军水师将领杨政谟率部从桐庐向富春江下游攻击，烧毁太平军的几百艘战船。魏喻义率陆师随后北进，与蒋益澧部会师富阳。水师驻扎在南岸，陆师驻扎新桥，占据田垅，与太平军隔江对峙。
太平军不想让湘军扎稳脚跟，于4月11日出动主力反攻，熊建益率部迎战，驰马陷阵。太平军中了埋伏，下令撤退。高连升率部跟踪，被太平军抄了后路，大步退却。张志功和王宗元跃马驰援，王宗元中枪身亡，张志功多处受伤。高连升部苦战许久，方才脱身收兵。
湘军在富阳城下没有进展，在安徽南部却有收获。王文瑞的部队在祁门打败太平军，刘典的部队会同江西的湘军攻克了黟县。
左宗棠分兵前往江西和安徽时，没料到杭州的太平军还会得到有力的增援。4月中下旬，陈炳文率领苏州和常州的太平军，邓光明率领杭州与嘉兴的太平军，出兵临安，攻打新城，企图抄袭富阳湘军的后路。魏喻义从新城领兵迎战，被太平军击败。太平军包围了新城。左宗棠连忙从严州派兵，会同蒋益澧部前往增援。
5月中旬，蒋益澧率领高连升部驻扎新城以南，熊建益率部返回新桥驻守。太平军趁着湘军调防的间隙攻击新桥，熊建益部及时赶到，将太平军击退，一直追逼到太平军的壁垒之下，被太平军开枪击毙。
湘军连折战将，攻击不顺。多亏杨政谟出兵奇袭，才扭转艰难的局面。
杨政谟见太平军向新城集结兵力，料定杭州城内兵力空虚，率领水师烧毁太平军战船，直捣杭州望江门的太平军壁垒，一举攻破。太平军大为惊慌，陈炳文连忙把增援富阳的各路部队撤回杭州。
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清廷在上年年底命令曾国藩和安徽巡抚唐训方调兵驻守寿州与正阳关，但两个月过后，湘军仍未开到。不过，由于有了清廷的这道谕旨，苗沛霖慑于湘军的声威，也不敢马上作乱。
僧格林沁在涡河的夏张桥斩杀捻军首领杨兴太以后，命令苗沛霖派兵攻打谷家圩。苗沛霖三心二意，向他报告说，大批太平军向长江沿岸杀来，淮河防御吃紧，请示向何处进军。
僧格林沁自然能看穿他的心思，责成他专力攻打捻军，严格约束部队，从事农业生产。僧格林沁还敲打他，说长江与淮河的防御，自有总督与巡抚负责，不用他来操心。这些话打击了苗沛霖的野心，使他无法打着官府的旗号来扩展地盘。
2月下旬，清廷罢免直隶总督文煜，任命刘长佑为直隶总督。遮克敦布被清廷免职，由副都统成保取代。
山东的文贤教起义军、幅军和棍军都联合起来，在兖东起义。
与此同时，僧格林沁的部队攻克雉河集，抓获捻军首领张乐行和姜台凌等人，处以死刑。
张乐行是捻军最大的头领，他死后，侄儿张宗禹率部与陈大喜（三点水加一个喜）部会合，在捻军中有“小阎王”之称。
对于张乐行的死，苗沛霖和李世忠都感到震撼。两人分别做出了不同的反应。