周恩来内心既悲愤又不安，于是想了一个办法，以国务院通知开会、汇报工作、写检讨等名义，让这些国务院受冲击的部长们轮流住进中南海的“工字楼”，作短暂的休息，少则几天，多则半个月。周恩来告诉联络员：如果造反派要来揪这些部长们，可以说：他们的“检讨”还没写好，等写好了再出去。对性格刚烈的几位部长，周恩来还特别嘱咐：不要轻易出去，要离开中南海须经过我批准。
秘密保护（5）
据不完全统计，除谷牧外，当时的国家计委副主任余秋里，财政部副部长吴波，商业部部长姚依林、副部长王磊，八机部部长陈正人，铁道部部长吕正操、副部长刘建章，四机部部长王诤，农垦部部长王震，冶金部部长吕东，文化部部长萧望东，农业部部长江一真，水电部副部长刘澜波、钱正英，卫生部部长钱信忠、副部长黄树则、崔义田、张凯、贺彪，一机部部长段君毅、副部长周子健，国务院秘书长周荣鑫，对外经济联络委员会主任方毅，华侨事务委员会主任廖承志，石油部副部长康世恩，纺织部副部长钱之光等近一百位部级干部都先后在中南海避过难。
造反派揪不到这些部长们，竟然对有些部长发出了通缉令，说谁把这些“走资派”藏起来了，以破坏文化大革命论处。
这就等于在通缉周恩来了。
在许多场合，周恩来接见造反派代表时，都严厉批评造反派打倒、揪斗各部委负责人的行为：“把三四十年的老干部统统打倒，你们就能接班吗？吴波是我下命令让他到中南海休息的，你们下通缉令通缉他，就是通缉我。”
“商业部我们声明了姚依林不是黑帮。他身体不好，应当让他休息。那样揪斗不符合主席整风的精神。中央知道姚依林的情况后，要他到中南海休息。他们跟着就下了通缉令，说谁隐藏姚依林，以破坏文化大革命论处。通缉我了！中南海还是不是无产阶级的司令部？”
“商业部党组要恢复，你们的通缉令要取消。必须把段君毅、王磊交出来。”
“四机部部长王诤是我前些日子叫他住到中南海的，现在我让他出来，你们不能再揪人了。对带‘长’字号的，要一分为二，不要搞人人过关。搞人人过关是资产阶级反动路线！”
“卫生部的几个部长是我叫人从医科大学要回来到国务院休息的。钱信忠、崔义田、黄树则、张凯、贺彪等暂时在国务院写材料。卫生系统今后要约法三章，不要再随便抓人了。”
……
那时，周恩来把国务院的这么多部级领导干部接到中南海保护起来，也是顶着很大的压力的。中央文革一伙以此攻周恩来，逼他交人。钱正英回忆说：在中南海住了一段时间以后，富春同志找我们谈，说是总理受压力太大，你们如果经过这一段休息以后，身体还可以坚持的，是不是出去，还是接受群众的教育，我就首先报名，我身体可以了，我出去了，不要叫总理再什么了。
对于休息一段时间后出去的部长，周恩来和造反派约法三章：（1）要部长们接受批判，事先要给我们打个招呼，不能随便揪人，彼此要有个基本信任，我们也好排个队；（2）批斗时间不能超过两个小时，批斗完后立即放人，不许扣留关押；（3）不许搞变相武斗、体罚，不能有任何侮辱人格的举动。对于有些部长，当他们出去挨斗时，周恩来还要派自己的联络员跟着。
彭真挨斗1967年2月19日，秘书给周恩来送上一封信。
信是由“新北大公社”、清华大学“井冈山兵团”、中国人民大学红卫兵总部、中国科学院革命造反团、北京政法学院“政法公社”等组成的“斗争彭、陆、罗、杨反革命修正主义集团西郊筹备处”写给周恩来的。信中提出：要求在2月26日、27日两天召开“斗争彭（真）、陆（定一）、罗（瑞卿）、杨（尚昆）反革命修正主义集团大会”，会上要进行“上揪下扫”。“上揪”就是“把矛头直接指向刘、邓黑司令部，直接指向刘、邓、陶资产阶级反动路线”；“下扫”就是“痛打及横扫其党羽喽啰”。准备把“彭、陆、罗、杨反革命修正主义集团的主要成员揪出来示众”。
信中还列出了两天准备揪出示众的近30人的名单：第一天揪出示众的有：彭真、刘仁、郑天翔、万里、吴晗、林枫、蒋南翔、陆平、彭佩云、张洁清，陆定一、周扬、吴冷西、林默涵、许立群、熊复、夏衍、严慰冰。
秘密保护（6）
第二天揪出示众的：罗瑞卿、肖向荣、梁必业、苏振华、徐子荣、郝治平，###、安子文、曾三、李伯钊。
周恩来在这些人名的下面粗粗地划了横线，双眉紧蹙。
彭真是前不久周恩来刚刚从红卫兵手中要回来交给北京卫戍区保护起来的。
彭真在文化大革命初期就被打倒，周恩来回天无力。但是，他还是尽最大的努力去保护，只要力所能及，能减少一点其痛苦就绝不袖手旁观。
当造反派揪斗领导干部之风刮起后，周恩来嘱咐傅崇碧说：你们要注意保护彭真，不要让人给揪走了。傅崇碧就给彭真的住处增派了一个加强班的警卫力量。
1966年11月28日，陈伯达主持“文艺界无产阶级文化大革命大会”。会上，江青讲话大骂“旧北京市委”，公开点了彭真等北京市委和###陆定一等十几位负责人的名字，骂这些人为“反革命修正主义分子”。
12月2日，陈伯达、江青等人的讲话准备在《人民日报》上发表，中央文革小组已通过，林彪也已审阅。周恩来在审阅新闻稿时，在其中点名称彭真、陆定一等为“反革命修正主义分子”的三处文字旁划了双线，不同意在新闻报道中公开点名批评。
因为如果在新闻报道中公开点明彭真等人是“反革命修正主义分子”，这就等于给造反派揪斗彭真等人开了通行证。
随后，周恩来将新闻稿送毛泽东批示，并附了一封短信：主席：这一报道，已经中央文革小组通过，并经林彪同志审定，现送主席审批。
在第7、9、13页中，有3处指名批判了一些人，是否合适，请主席批示。
周恩来十二月二日12月3日，毛泽东审阅时，把周恩来划出的这3处点名批判的名字全都删掉了。
并批示：退总理，已作修改，请再酌。
周恩来接毛泽东的批示后，即批：伯达、康生、江青三同志速阅转唐平铸同志办，请即照主席的修改发表。
既然是毛泽东修改的，陈伯达、江青等人也只好哑巴吃黄连，干瞪眼。
但他们不甘心，对周恩来也怀恨在心。
第二天晚上，江青、戚本禹策动一些人把彭真从家里揪走了，还把北京市和###的几位负责人刘仁、万里、林默涵、夏衍等也揪走了。
彭真的住处有一个加强班警卫，但警卫战士又必须打不还手，骂不还口。那些来揪彭真的人仗着人多势众，一来就把警卫战士给围起来，把电话线也铰了，一些人越过围墙，把彭真给抢走了。
傅崇碧接到报告后，立即报告周恩来。
周恩来又急又气，指示卫戍区和公安部：不能开这个先例，不能随便把人抓走。
要立即追查，把人给带回来。
周恩来还派国务院秘书长周荣鑫深入到各高校去打探情况。经过两天的调查，弄清了是文艺院校的一些学生所为。他们准备把彭真弄去游街示众。
周恩来马上责令戚本禹召集这些学生前来开会，要他们把彭真交出来。
会上，周恩来严厉批评了他们的极端做法，说：你们这样搞，我们不能同意，你们考虑过后果吗？你们考虑过影响吗？考虑过安全吗？你们要立即放人，并保证安全。
彭真被要回来后，为保证安全，周恩来把他交给傅崇碧，要北京卫戍区监护，规定：彭真参加批判大会，须经周恩来和中央文革的批准。那时，监护实际上就是保护。
正因为如此，造反派这才写信给周恩来，要求批准召开批斗彭真等人的大会。
周恩来知道，他们肯定也已写信给中央文革。因此，在看完“斗争彭、陆、罗、杨反革命修正主义集团西郊筹备处”的来信后，周恩来提笔在信上批示陈伯达、康生、江青：请研究他们所提出的口号“下扫”是否合适？并请派人一询。这个筹备处要揪出这么多人出场，是否在斗、批上有利？
秘密保护（7）
这表明，周恩来是不同意彭真去参加批斗大会的。
政治局第四号人物被打倒（1）
1967年1月4日中午，一辆苏制吉姆轿车疾驶在长安街上。
司机老杨尽量把车开得平稳些，好让坐在后座上批阅文件的周恩来舒服一点。
周恩来刚刚在工人体育场接见完文艺界、教育界、体育界和新闻出版界的群众组织代表，又急匆匆赶往人民大会堂。按本日工作日程安排，下午两点，周恩来在人民大会堂要召集一个有中央文革小组成员和全军文革小组成员列席的政治局会议。
在大会堂，周恩来草草地吃了点炒饭，便和陶铸一起商谈政治局会议需要议定的有关事项。
此时，陈伯达、康生、江青等中央文革小组成员正在大会堂的另一个会议室接见“武汉赴广州专揪王任重造反团”的造反派。
陈伯达说，陶铸到中央来并没有执行以毛主席为代表的革命路线，实际是刘、邓路线的忠实执行者。刘、邓路线的推广是同他有关系的。中南局是有后台老板的，一个后台老板就是陶铸。他在北京接见你们的态度是完全错误的。他是文化革命小组顾问，但对文化革命的许多问题，从来没有跟我们商量过。（江青插话：他独断专行）他独断专行，不但背着文革小组，而且背着党中央。你们揭得好，给我们很多支持，感谢你们！
康生说，你们把材料整理出来。有材料摆出来了，你们就胜利了。
周恩来