北约部队大量使用的热成像侦察系统，可根据目标与环境温度的细微差异来区分真假目标，即使是关闭了发动机的军用车辆，在短时间内仍因其散发一定的热辐射而可能被发现，对此，南联盟军队有意识地将坦克、火炮等重型装备置于燃油、废旧轮胎及其他废料燃烧堆等热源附近，或者用砖头垒成小灶，摆成坦克阵地、高炮阵地的形状，上面放上铁皮，在底下烧火，借助这些周围物体的热辐射，掩盖真实装备，或者以假阵地的热辐射来迷惑敌人的侦察卫星和侦察机。
电子反制与“夜鹰”的悲剧
南军也采取了多重无源干扰手段来反制北约的空袭。他们因陋就简，利用折叠的波纹铁当作角反射器，误导前来攻击的飞机、导弹；同时还施放箔条、银化尼龙丝、铝化玻璃丝等，干扰北约电子侦察机的情报搜集。
开战之初，南联盟在即将遭受北约空袭的机场上焚烧破旧轮胎，利用热气和烟雾来干扰激光和电视制导炸弹、导弹。并且在军事目标附近施放烟幕，干扰其景象匹配制导系统，使地形匹配制导巡航导弹偏离目标。
针对巡航导弹从获取新情报至更新数据需数小时的弱点，南军提出“机动就是生存”的口号，将导弹、高炮每隔3…4小时变换一次阵地，发射或开火后立即移开1000米左右，同时将部分雷达安装在汽车或火车上，灵活实施机动。
为了提高对空警戒系统的抗毁、抗干扰能力，南联盟的防空雷达系统、指挥通信系统都进行了联网改造。利用多部雷达组网探测，在主要作战方向的一定范围内，用2…3部雷达集中探测一个方向，成为探测隐身飞机的有效方法。南军还采用了一些以前与防空毫无关系的雷达，并创造出将目视报告、移动电话和业余无线电台联网防空的技术“奇迹”。
战争期间，南军逐渐掌握了北约来袭兵器的活动规律，派遣战斗分队提前机动到其飞机或巡航导弹飞行航路必经地段的有利地形上，干扰其巡航导弹或其他精确制导武器的GPS系统，然后对来袭飞机实施快速猛烈的火力拦击。
南联盟军队综合运用上述措施取得了一定效果。单单是美军就先后发射了743枚“哈姆”反辐射导弹，而南联盟的综合防空系统仍然基本保持完整。最为突出的就是击落F…117A隐身战斗机一例。1999年3月27日夜，美国空军一架F…117A完成攻击任务后，以与前4天相同的航路退出作战地域。南联盟防空部队在其航路上预先设伏，利用为SA…3地空导弹系统配备的捷克产“塔玛拉”无源探测雷达对其进行粗略跟踪，当其接近设伏阵地后发射导弹击落之。由于此时F…117A远离电子掩护飞机，因此瞬间即被撕成了碎片。这也是隐身飞机首次被防空导弹击落。
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第五章 世纪末战争的成败启示
北约军队在“联盟力量”行动中出动的战斗机架次差不多相当于多国部队在“沙漠风暴”行动中出动架次的1/3，前者为万架次，后者为万架次。南联盟共发射800多枚地空导弹，其中雷达制导地空导弹的数量几乎与伊军在海湾战争中发射的数量相等。也就是说，北约机组人员在“联盟力量”行动中遭遇的导弹数量相当于多国部队飞行员在“沙漠风暴”行动中遭遇导弹密度的3倍，但其成功率却远远低于伊拉克。北约出动万架次仅损失了1架F…117A和1架F…16CJ，另有2…3架飞机受伤，战损率约为千分之，远低于海湾战争中的战损率。北约飞行员在“联盟力量”行动中被击落的概率只有多国部队“沙漠风暴”行动中的1/7强。
这样低的战损率，无疑有很大一部分是航空电子战的功劳。很多人根据传统的观点把科索沃战争看成是一场小规模冲突，但白宫发言人说，美国电子战系统，如从RC…135电子侦察机和EA…6B的部署情况来看，几乎已经达到了一场主要战区战争的规模。但即使如此，它们依然任务繁重。
F…117A被击落一事表明，即使是隐身飞机，在没有电子防护的条件下也是极其危险的，而这又更加突出航空电子战的重要性。对手也正是利用在局部形成电子战优势打破了隐身飞机的神话。因此，各国都应该用新的电子防护技术对老旧作战飞机进行改造，完善其电子战功能。但更为重要的是在设计新型飞机时一定要预留足够的空间用以电子系统升级。今天，一套航空电子系统的费用要占一架军用飞机50％的出厂费用。EA…6B在科索沃战争中的良好表现，表明一个好的“陈旧”平台，经过适当改进，在数据链等信息共享技术的支持下，仍可应对具有系统对抗甚至是网络中心战特点的高强度现代战争。因此评价一架作战飞机优劣的一个重要标准就是其电子战装备的先进程度。而对一支航空部队的战斗力评估的一个重要因素就是电子战飞机的数量与性能。
从科索沃战争的情况看，无论是进攻一方还是防守一方，均必须具有足够的措施应对石墨炸弹和电磁脉冲炸弹的攻击。防空部队必须有应急电源，赋予基层作战单位在必要时独立作战的权力等。再一个就是机载反辐射导弹如何应对性能越来越好、射程越来越远的地空导弹。
无人机的作用应当受到足够重视——它不仅可以遂行侦察任务，也可以遂行对地攻击任务。目前，美国、以色列等国已经将无人机作为集侦察、攻击等功能于一体的战术平台，在今后的航空电子战中将发挥更为重要的作用。科索沃战争不仅大大提高了无人机在战争中的地位，而且引起了各国政府对无人机的重视。美国参议院武装部队委员会要求，10年内军方应准备足够数量的无人机，使低空攻击机中有三分之一是无人机；15年内，地面战车中应有三分之一是无人系统。这并不是要用无人系统代替飞行员及有人飞机，而是用它们补充有人驾驶飞机的能力。
作为强大的一方如何识破敌人的伪装，也是一个亟待解决的课题；而作为弱小的一方，如何利用隐蔽、欺骗等战术和天气影响而保全力量，则是应对敌人航空电子战优势的重要法宝。北约的兵力部署在南联盟四周，远近皆有。不仅方便北约事先分配兵力，也使南联盟无法把握敌人到底从何处发起进攻。即使这样，南联盟也没有像伊拉克那样迅速崩溃，其中的经验值得学习。实际上，南联盟军队从伊拉克军队的实践中汲取了教训，前者仅在很少的情况下与北约军队直接对抗，他们在大部分情况下试图保存防空体系。
南军采取的这种策略取得了成功，他们在“联盟力量”行动接近尾声时所发射的地空导弹的数量与战争初期的发射数量大致相当。迫使北约部队保持了较高水平的航空支援，并在整个战役行动中都从较高的空域实施打击。除此之外，南联盟的防空雷达体系、通信指挥系统，在战前都已经进行了联网改造。他们利用多种设备，采取各种组织形式和方法，以系统网络的整体效应来对抗敌人的电子攻击。北约炸毁了网络系统的几个节点，破坏了网络系统的几条链路，但不可能同时炸毁整个网络。
科索沃战争与海湾战争相比，精确打击的手段有了一定发展，E…3C、E…8C和F…15E等少数飞机改装了数据链，信息传输开始形成数字化和网络化结构，目标打击周期由海湾战争时的数小时甚至数天缩短为20分钟。不过，由于科索沃战争时期美军的网络化结构的范围很小，改装数据链的飞机数量不多，即便目标打击周期缩短为20分钟，也仅是个别现象；高性能的“捕食者”无人侦察机所起的作用依然有限；具有全天候精确打击能力的、GPS制导的GBU…31“联合直接攻击弹药”只投放了565枚，而且都是由B…2A一个机种投放；EA…6B和F…16CJ等电子战飞机应变能力差，难以适应南联盟防空部队采取雷达接力式开机的战术。