三个参谋组包括外国情报参谋组、反间谍参谋组和隐蔽行动参谋组。这三个组负责监督各自专业方面的作战方针，并尽可能为各地区处、驻外站和分站提供帮助。
三个服务处包括专勤特项处、行动服务处和技术服务处。专勤特项处主要负责秘密行动司的行政计划和预算，并将隐蔽行动的必要性写成报告上送审批；行动服务处主要负责为间谍、特务的伪装和掩护作出安排；技术服务处主要负责制造各种间谍情报器具，如伪装品、微型相机、录音机、密写器材等。
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中央情报局的五脏六腑（2）
行政管理司：协助中央情报局局长进行日常行政管理的部门。主要负责管理中央情报局内全部的技术设备，为全局所有部门提供情报工作秘密设备与技术等；同时负责为中央情报局招募谍报后备人才，并负责这些人员的训练和培养；负责全局谍报人员的物质生活保障等后勤事务；也负责全局的通讯密码的编制与破译，同时还从事对局内的机密进行安全保卫、防止泄密现象发生等一些反间谍侦察工作。如该司经常对一些外国策反人员进行精神状态分析和测谎试验等。
行政管理司下设财务室、安全室、医务室、总务室、训练办公室、人事室和通讯室等机构。
财务室负责储存世界各地的货币，随时供给秘密行动使用。
安全室负责保卫本局的秘密设施，并负责对局里的雇员和新招募的外国间谍进行测谎检验。
医务室负责提供政审合格的精神科医生和内科医生，为中央情报局的工作人员治疗疾病、对准备招募和已经招募的人员进行精神状态分析。
总务室负责管理中央情报局的武器、仓库，供应各办公室的一般装置和用具，以及驻外站和分站的秘密设施。
训练办公室负责培养、训练该局有关人员的特殊技能。
人事室负责招募中央情报局的职业人员，并保管他们的档案。
通讯室负责维修驻外站的秘密通讯联络设施及国务院和驻外使馆、领事馆之间的通讯设施。
情报司：它是中央情报局的主干机构，主要负责对外情报的搜集尤其是对这些情报的鉴定、评估、分类，以及进一步的、详尽的分析与研究。编写《情报动态报告》，供总统和总统周围的核心人物参阅。
情报司下设的分支机构主要有：政治情报研究处，战略情报研究处，动态情报研究处，图像情报研究处，地理制图研究处等。政治情报研究处，战略情报研究处，动态情报研究处，经济情报研究处主要是在情报分析、整理、分类后，由各个领域的情报专家进行深入的研究，上升为结论性的成果呈交给以总统为首的核心领导层，作为决策时的情报参考。而图像情报研究处，地理制图研究处则主要时分析美国的高空侦察飞机、间谍卫星等传回的照片，负责解释、说明照片上的地形、物体及场景等。例如，1962年，通过对美军拍到的古巴马里埃尔军港的照片进行分析处理，图像情报分析处发现了该港内有苏联的舰船在卸装导弹发射架等物品，于是将这一情报迅速汇报给总统，使美国在“古巴导弹危机”中占了先机。而地理制图研究处则和间谍卫星传回的高技术照片关系更为密切，通过对这些照片的分析和处理向美国军队提供实时的第一手详实的地形资料。
情报司还设有外国新闻广播室和资料部。外国新闻广播室负责从外国电台的新闻广播和世界范围内的电子监听系统搜集情报，为《情报动态报告》提供资料；资料部是一个完善的图片资料库，有搜集书刊、资料和文件的普通资料库和用电脑储存的外国人物传记、工业情报的特别资料室。
科学技术司：科学技术司室是中央情报局最小的一个司，其主要职责是进行基础研制工作、侦察卫星操纵及对尖端技术领域的情报进行分析研究，负责中央情报局的电子信号情报处理，还负责把一些尖端技术应用于情报工作的研究活动。该司有工作人员1300余人，大多是一些高水平的电子和空间技术领域专家。科学技术司下设六个业务室、一个国家级的图片判读中心和一个完善的图片资料库。近年来，科学技术司的正常工作程序是：利用中央情报局和五角大楼的经费，完成情报搜集系统的研制。一旦该系统臻于完善即转给国防部。对于少数特别机密的系统，中央情报局握有控制权。
中央情报局除上述庞大而复杂的总部之外，还在美国20多座城市设有分局，进行着广泛的情报活动；它还在130个国家和地区设有情报站，派有情报人员，大部分以外交官的身份作掩护。
中央情报局的五脏六腑（3）
中央情报局总部的几个系统之间、分局和分局之间，彼此都互不通气，更不得泄露自己的活动秘密。譬如，情报司虽然可通过秘密行动司得到情报，但这情报是谁、通过什么方式和途径得到的，却完全属于秘密；行政管理司按照秘密行动司的要求提供一切秘密行动的设备、物品，但不能过问其内容和目的。中央情报局就是在其内部，也被保密的帷幕遮盖得严严实实的。
中央情报局除了本部之外，还设有几个属于它的独立机构，如：
美国技术转让估价中心：美国中央情报局为稽查泄露工业技术情报的公司和个人而设立的专门机构，负责研究和通报这方面的情报和存在的问题。
美国全国间谍情报任务分配中心：由美国第13任中央情报局局长盖茨于1992年设立。通过该中心，建立起全国协调一致的情报任务分配机制，即把情报任务分配给那些获取情报可能性最大、承担风险最小、所用经费最少的间谍区完成。该中心在中央情报局负责海外秘密行动的副局长领导下开展工作，国防部和国务院也派人参与其事。一位前中央情报局负责海外秘密行动的官员说，改进间谍情报工作的“真正挑战在于安插既会说当地语言，又善于了解世界热点地区动向的秘密间谍。”要培养、安插这种人，往往比建立一套电子监听系统所花的时间还要长，但这种做法省钱而富有成果。
特别行动小分队：这也是中央情报局的一个重要部门。他们采用最新技术，运用各种变幻莫测的手法，在各国首都、军事基地等要害部门进行电子侦察工作，用一般人意想不到的方法获取重要情报。
情报解密工作处：该处事20世纪90年代初，盖茨上台后，为推动中央情报局“公开化”进程而成立的。它的主要任务是研究历史性情报问题，比如公开U…2飞机秘密档案等等。
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中央情报局的间谍培训新举措（1）
据有关传媒披露，2002年3月美国中央情报局新成立了一所大学，美国的特工们要在这里速成至少一门外语，学习怎样给总统写报告，研究如何应对一场全球性的危机。
栖身商业区的保密学校
学员出入中央情报局大学主教学楼都必须经过安检，教材封皮都标示着“机密”字样，电话分成绿色（保密）和黑色（普通）两种。至于这所大学教学楼的地址，人们只知道它位于弗吉尼亚州北部的商业区，周围全是办公楼。具体是哪一栋，一般人是搞不清楚的。中情局大学主教学楼本身并没有悬挂任何让人联想的招牌。它的停车场甚至是对外开放的，只不过停车场入口处有一位保安负责检查证件。
中情局大学的主教学楼紧挨着一片绿草茵茵的山坡。一位路透社记者偶然听到过几位中情局官员半开玩笑地提到那儿可以建造一个体育馆，还给体育馆也起了一个代号——“好斗的鼯鼠”。
中情局大学由11所学院组成，其中有些学院已经成立多年，有些则是在“”事件之后应运而生。大学的宗旨也很简单：更好地协调中情局各机构对特工的培训工作，提高谍报工作效率。中情局大学校长弗兰斯。巴克斯曾经在接受路透社记者采访时说：“中央情报局新聘的雇员数以千计。在今后几年里，他们都将到这里来受训。我们正在为未来整整一代人提供强化训练。”巴克斯还说：“‘’之后，中情局大学的训练内容加强和拓展了安全防范意识，计算机安全、人身安全、信息安全——不管在哪个领域都是如此。”
2002年1月30日，中情局局长乔治？特尼特在一次广播讲话中正式宣布中情局大学即将诞生。他说：“从现在起，我们前所未有地需要进行工作紧凑性和灵活性地训练，这就是这所大学的职能所在。我国所面临的种种错综复杂的危险和机遇及其变化速度都使这种需要有增无减。”
奇特的团队训练
在中情局大学，最受学生欢迎的课程之一是为期4天的“为总统写报告”课，因为每位总统对中情局呈交的报告都各有一些特殊要求。另外一门课的代号是“CIA201”，为期3周，其宗旨在于培养学员的团队精神。因为中情局大学的学员来自中情局各个部门，有搞技术的、搞财务的、搞分析的，也有专搞秘密工作的，专业背景差异很大。
“CIA201”课程首先让学员进行“鼯鼠”练习：每位学员都要被同学用绳子吊到离地面10～20米的高度，除了信任拉绳的同伴不会撒手让他摔死，别无求生之道。
轮流当完“鼯鼠”之后，是集体走平衡木练习，学员不仅要保持自己的平衡，也不能让同伴掉下去。同组学员都在平衡木上站住了脚，才能算是成功。据这门课程的教员说，做到这一点其实很难，因为每一个小组中，不可避免地总是有学员表现出只考虑自己的倾向。
最后是紧急应对危机小组练习。学员们首先观看一部假想某个“无赖国家”入侵美国盟国的录像片。在该片模拟的恐怖袭击行动中，入侵者使用了导弹、坦克和化学武器。接着，教员分发给他们关于该片涉及的两个国家的情报手册（请�