国际部：负责分析、研究国际形势的发展变化，搜集世界各国的政治、军事等情报。该部下设中国班、朝鲜班、东南亚班、苏联班、其他班等专题组织。
国际资料部：通过新闻、通讯机构搜集情报，收听、研究、整理外国的新闻广播，搜集外国报刊杂志对日本内阁重要政策的反应。日本陆上自卫队参谋本部第二部特别室破译的外国情报密码也送交该部。
调查分析部：负责情报的综合、分析、判断并写出书面材料报送内阁。
经济部：负责搜集、分析与内阁政策有关的内外经济情报。
电脑资料部：负责情报材料的存储、整理。
总务部：主要负责行政管理、经费、人员编制及机密保卫，并负责对民间情报调查分析机构的联系和指导。
公安调查厅
公安调查厅是法务省下属的主要反间谍侦察机构。它是1952年7月在法务省特别审查局的原班底上扩建的。表面上是根据《防止破坏法》，以“调查应受到限制的某些群体”的名义成立的，实质上却是一个地地道道的情报间谍机关，并和美国情报机关、台湾的国民党特务机关韩国的情报机关都有千丝万缕的联系。
公安调查厅的主要任务是对内进行侦察、控制，监视进步人士和进步团体；对外负责搜集反间谍、监视外侨，特别是中、朝侨民，如强行整肃日本共产党委员会，解散旅日朝鲜人联盟、勒令《赤旗报》停刊等，都是公安调查厅直接干的。
公安调查厅搜集情报的范围十分广泛，不仅搜集各国共产党的情报，也搜集自民党内部派系斗争的情报。它常常和各地的警察机关以及美国的联邦调查局密切配合进行活动，还对中、朝、俄等国秘密派遣特务。
公安调查厅在日本各地设有分支机构，共有3000余人。本部约有800余人，在长官次官下设三部一所，三部是调查一部、调查二部和总务部。
调查一部：负责调查监视日本共产党和工会等团体并负责对中国、俄罗斯和朝鲜等国的情报工作。该部下设四个科：
第一科：主要负责调查监视日本共产党的活动；
第二科：主要负责调查监视日本共产党的地方组织，并负责对中国、苏联、朝鲜等国的情报活动；
第三科：主要负责调查监视日本工会的活动；
第四科：主要负责调查监视一些学生团体的活动。
调查二部：主要负责调查监视在日本的外国人的犯罪活动合右翼分子。该部下设三个科：
第一科：主要负责调查监视在日朝鲜人联合总会的活动；
第二科：主要负责调查监视在日外国人的犯罪活动；
第三科：主要负责调查监视右翼分子的活动。
总务部：主要负责行政、后勤、人事、财务、资料等。
研修所：主要对情报资料进行处理、研究和整理。
除此而外，公安调查厅在全国各警察管区所在地共设8各地区级公安调查局和38个县级公安调查局，雇佣2000余人从事情报与反情报、间谍与反间谍工作。
防卫厅的情报系统（1）
防卫厅是日本最高军事结构。它负责军事情报工作的部门有第一科、第二科，各参谋本部的调出部以及大本营的第二参谋室。
防卫厅防卫局
防卫厅防卫局设有专门负责对外进行军事谍报活动的调查一科和调查二科，它的主要任务是：
搜集、整理有关防卫、警备方面的资料；
指导陆上自卫队、海上自卫队、航空自卫队各情报间谍机构的工作；
综合上报军事系统搜集的情报；
与内阁调查室、外务省等机关联系；
派遣和掌握日本驻国外大使馆的防卫驻在官。
日本驻外防卫驻在官，即日本派遣到国外的武官，其主要任务是搜集外国的军事情报。根据《日本外派防卫官驻在法》的规定，驻外防卫驻在官只是使馆的一个成员，由大使管辖，不能直接同其派遣机构——日本防卫厅防卫局联系。日本驻外防卫驻在官“要服从外务省驻外使馆长的指挥和监督”，以免发生过去驻外武官左右驻外使馆的局面。
自卫队资料队
自卫队资料队成立于1952年，是一个军事情报组织。
自卫队资料队的任务起初是对部队所在地及司令部进行警卫、调查，后来工作范围逐渐扩大，为了编写《警备地志》，它对全日本的地形、交通、航行、通讯以及市容、气候、经济、政治社会和警察、消防、重要设施等情况进行了详尽的调查，并绘成包括上述内容的国内战斗作战简明地图。该队还负责对社会党、共产党、工会、反战团体和其他激进派组织所在地、领导人及其住址等情报的搜集。
根据日本新闻媒体透露，自卫队资料队目前已把一般情报活动作为自己的工作重点，并按陆海空三军进行编制，其中以陆上自卫队资料队为最大，有队员200余人；海上自卫队资料队有40余人，航空自卫队资料队有40余人，大部分是情报专家。各自卫队资料队均有参谋长指挥、监督。
这些资料队以搜集国外公开发行的报纸、杂志、图书为主，有组织地翻译这些材料，并透过字里行间发现有价值的情报，逐条编辑，汇集成《情报资料日报》和《技术资料日报》，报送陆海空自卫队。苏联的《红星报》和《军事报》、中国的《人民日报》和《解放报》、美国的《航空与空间技术周报》、联邦德国的《士兵与技》等，都是各资料队的常备刊物。譬如，自卫队资料队可以苏联列车和客机时刻表，退出西伯利亚铁路运输能力和飞机场跑道的长度；从增发运送工人上班的列车班次查明中国新油田的位置；从人事变动的报道分析中分析出苏联部队调配情况；从《沉着应对故障的驾驶员》的文章中，分析出苏联飞机燃料系统的弱点等等。
自卫队调查队
自卫队调查队的主要任务是反间谍、反策反和防止泄露秘密，它活动的范围遍布全日本。
日本的陆、海、空三军各军司令部均设有调查队，人数总量在799人左右。其中陆上自卫队调查队规模最大。调查队在每一个团级部队中设有1～2名调查员，负责反间谍活动。
自卫队调查队的具体任务是对自卫队有关人员的社会关系和私生活进行调查，查访有无泄密和间谍活动等情况。
自卫队调查队的另一个工作是与自卫队资料队一起编制日本《警备的志》。
陆上自卫队参谋部第二部
陆上自卫队参谋部第二部又称日本陆军参谋部情报部或调查部，它是日本陆军情报机构的领导机关，是日本军事情报系统的“主干”，80％的日本高级军事谍报人员集中在这个机构内。
陆上自卫队参谋部第二部不仅搜集陆军作战所需的情报，还为全日本的军队及其日本政府提供军事、政治、经济、科技等情报。
陆上自卫队参谋部第二部下设四个课：
调查一课：即对内情报课，负责收集日本国内的情报。
防卫厅的情报系统（2）
调查二课：即对外情报课，负责收集国外情报。
调查三课：即业务课，负责制定侦察计划。该课还设有特情组，负责指导日本军队中的特情活动。
调查四课：负责窃听破译密码等活动，简称别室。
除以上四课外，该部还设有翻译课、地形课、总务课等。
二部别室
陆上自卫队参谋部第二部“别室”是日本最秘密的军事情报机关，素有“日本的美国国家安全局之称”。
陆上自卫队参谋部第二部“别室”是日本陆、海、空三军联合技术侦察机构，成立于1958年，总部设在东京市谷，在全国有7个通讯所和2个分遣队，分布在日本各地，装备有高性能的电子监听设备，昼夜不停地工作。
陆上自卫队参谋部第二部“别室”的主要任务是负责截收电讯，破译密码等电子情报，特别是侦听以中国、苏联（俄）、朝鲜为重点的各国无线电通讯，截获破译其密码。所获得的情报通过内阁情报调查室上报国防会议和内阁总理大臣。二部别室共有工作人员1200人，每年经费超过10亿美元。他名义上属于自卫队陆上本部领导，实际上直接受内阁情报调查室指挥。
1971年9月13日，中国发生林彪乘机叛逃摔死在内蒙古温都尔汗事件，国外第一个侦听到这一重要情报地就是日本二部别室。1983年，苏联在其远东上空击落了韩国客机，二部别室准确地截获了苏联歼击机同地面指挥部进行联络的内容，破译了苏联从发现韩国客机进入苏联领空下令发射导弹击落客机的全过程的讯号，并及时向美国提供了苏联飞行员与指挥部对话的录音带，对侦察了解这一事件的真实过程提供了最翔实的资料。
防卫厅情报委员会和情报本部
为了加强军事情报的搜集能力和分析能力及适应冷战后多变的国际形势，实现由防卫厅防卫局、陆海空格参谋本部、参谋长联席会议获得的情报一元化，日本防卫厅在1992年成立了情报委员会，下设“情报企划小组委员会”。
防卫厅情报委员会是在这样的背景下组建的：防卫厅防卫局原是负责军事情报的部门，在防卫局有调查一课、二课，各参谋本部有调查部，参谋长联席会议有第二参谋室等等，这些情报部门除监听军事通讯联络、分析美军提供的卫星图片外，还利用全国28处雷达基地和反潜预警机PZC等搜集别国航空和军舰的情报。然而，上述这些情报活动都各自独立进行，经常有几个部门都分析同一内容情报的情况，部门间也几乎没有相互的情报交换。因此防卫厅便设立情报委员会，统辖防卫厅各军事情报部门，作为与技术本部和协调实施本部同级的附属独立机关。
1995年8月，日本防卫厅又作出决定，将情报委员会改建为参谋长联席会