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唐生智也是中华民族的一位热血男儿，看完投降劝告书后言道：“真是强盗，率领军队到中国的国土上来保护东亚文化、古都名城来了。传令下去，各部队应与阵地共存亡，擅自撤退者按连坐法严惩。宋希濂部负责沿江警戒，管制江面一切船只，任何部队均禁止过江。
十二月十日，松井石根重新调整部署，将由日本本土刚来不久的而在上海战役又无大的伤亡的谷寿夫的第六师团为主攻，进攻雨花台，夺取雨花台后，由中华门进入南京，以末松正彦中将的一一四师团佯攻光华门通济门和紫金山，而以第十六师团迂回作战朔长江而上，攻占芜湖、当涂、马鞍山，小丹阳，切断南京城内军队西撤的退路，然后再回过头来合攻南京城，对南京城实行钳形攻势。
南京城被日寇三路进攻的中国守军，尤数守卫雨花台的中国军队最为英勇，打得非常激烈。守卫雨花台的中国守军系孙元良部的八十八师，该师参加了上海的保卫战，在上海战役中和上海溃败途中目睹日寇的暴行，特别是日寇攻占上海后，一路烧杀，虐待战俘，很多类似野兽的行为激起八十八师官兵上下同仇敌忾，在两翼炮火的策应下，对谷寿夫师团实施拼死有效地抵抗。使该路侵略者很难前进一步。可惜的是在十二月十二日清晨，由牛岛正雄师团长率领的另一路，采用大迂回战术于十二月十日攻占芫湖后，由芜湖沿长江而下，攻占了江心洲，在江心洲架起大炮向八十八师的右冀俞济时的七十四军猛轰，七十四军防不胜防，陡然被日军两冀夹击，伤亡惨重，俞济时也一时慌了手脚，拿不出有效的应急措施，致使守卫地段阵脚大乱，退向水西门。整体防御被敌撕了一个缺口，谷寿夫师团也乘势对八十八师实施猛攻，密集的炮火和数十架飞机轮番轰炸，炮弹落处，浓烟突起，弹片飞舞，乱石横空，中华门的城门被轰破，日军敢死队数百人蜂涌而入，守卫南京城的副司令长官罗卓英亲自组织以卫队营为骨干的敢死队赴援中华门，罗卓英大叫：“城墙被轰塌，城门被轰垮，我们敢死队就是用自己的身体也要挡住日寇的进攻。”敢死队成员被副司令长官的行为所感染，与涌进城的日军展开了激烈的巷战，进行了顽强的白刃格斗，直至全部消灭涌进中华门的日军敢死队方才得以喘息。
战争不仅是作战双方的军事力量的对比和较量，而很多时候是交战双方的指挥员的决心和指挥才能的对比和较量。交战双方的兵力，武器配备，兵力和武器配备的使用，作战部队的协同，在很多情况下，那怕是一个细小的环节也可能造成对战争全局的影响，由于七十四军承受不了来自江心洲方面的日军第十六师团的打击，败退到水西门，致使雨花台阵地孤立无援，给了谷寿夫师团歼灭八十八师，夺取雨花台阵地，从而进占中华门的有利时机。而日军第六师团，师团长谷寿夫正好抓住了这一战机，向孙元良的八十八师发起猛攻，八十八师伤亡惨重。加之日军的飞机狂轰滥炸，密集的地面炮火，配合训练有素的日军的进攻，很多阵地上的中国守军全部壮烈殉国。自十日至十二日，守军打退日军数十次进攻，终因雨花台、中山门、中华门等多处城垣被日军炮弹轰塌，日军乘机蜂涌而入，守城官兵顾此失彼，虽不惜躯体，也挡不住日军如潮水般的涌进。兵力、武器悬殊太大，雨花台告急……雨花台陷入日寇的魔爪中，八十八师全师只剩不足两千人，向下关方向溃败。十二日傍晚，南京警备司令唐生智心急如焚。本欲组织兵力，再次与日军巷战。拼得城失人亡，恰在此时，副官送来了蒋委员长“如情势不能持久时，为保存有生力量，撤守南京”的命令，唐生智遂于十七时召集各高级将领开会，传达军事委员会委员长的命令，并下达命令：“各部脱离与敌接触，迅速突围。”随即率同司令部在预备队三十六师的护卫下离开南京，渡江而去。南京城内的守军又一次如同守卫上海时一样，陷入了群龙无首的困境。虽然各部队先后接到了司令部弃城突围的命令，只有叶肇的六十六军，邓龙光的八十三师突围成功，其余守军来不及撤离，几乎均被分割包围困在城内，有的在继续抵抗，但是这种抵抗已经没有作战能力了。
日军第六师团先行占领雨花台，攻占中华门后，日军其它部队也相继攻占南京其他各门。十三日晨，第六师团师团长谷寿夫指挥部下长驱直入南京城。南京城内百姓看见鬼子进了城，无不张皇失措，争相逃命。谷寿夫看到此情此景，当即用手一指命令道：“捉住这些*猪，”不一会部属将被捉住的几十个逃难的百姓带到谷寿夫前。谷寿夫阴险的目光向着被捉的人们从头到尾审视了一遍，然后来到其中一位年约二十余的女子面前，站住，淫邪的目光将这女子又重新打量了几遍，用手摸了摸女子的脸蛋，狰狞地笑道，中国的，花姑娘的漂亮，来，*她，我的享受，卫兵们遵令上前*女子的衣服。被*衣服的女子，双手捂住自己脸，蹲在地上颤抖着，嘴内连声哀求着：“不要，不要……。”年已五十四岁的谷寿夫在光天化日之下的大街上，当着自己的部属和士兵，在被捉住的中国民众的骂声中，*了自己的裤子，解下兜档布，向那女子扑去。随着师团长向南京城挺进的第六师团的日军将佐和士兵们如同观摩者一样看着自己的师团长在中国女子身上纵动着，虽然看不见师团长的表情，但却看见师团长肩上配带着的中将金星在阳光照射下发出刺眼的光芒。时光过得很慢，仿佛过了一个世纪，谷寿夫从女子身上爬起，一边穿着裤子，一边喘息着对部属们说道：“这就是胜利者的享受，在被征服的土地上，你们都可以这样，听到师团长的如此鼓动，日军们争先恐后地向被捉住的女子们扑去，不管是年老的，还是年轻的，或者是年纪幼小的，都遭受着被强盗蹂躏的相同的命运，时间又过了很久，谷寿夫下令道：“南京城内还有未来得及逃走的中国守军，战斗还在继续，不必带着这些累赘，统统地处决了的。”一阵枪声过后，被捉的中国老百姓，结束了自己的怒骂和被蹂躏时凄惨的哀叫，颤抖，恐慌，倒在血泊中……
十三日，南京在几乎没有抵抗的情况下，被日军占领，十四日，其他第十六师团第十八师团，第一一四团相继进入南京城内，松井石根也将华中派遣军司令部移入南京城内。此时被围困在南京城内的中国军队还有几万人，松井石根为在南京站稳脚根并巩固和扩大战果，于十四日晚在南京城内新的日军司令部召开了联队长以上官佐的会议：松井石根在会议中反复强调说道：“南京是中国的首都，占领南京是一个国际事件，所以必须作周详的研究，以便发扬日本的武威而使中国畏服。同时为了在南京站稳脚跟，一定要肃清城内全部中国守军。对不投降的一律格杀勿论，各师团要开展竞赛，看那个师团，那个联队抓的俘虏多，为了减轻作战部队的负担，对所俘人员一律由各师团自行处理，在这方面，第六师团做得比较好，仅昨天在燕子矶就处决了十万余名中国守军和不安定分子。第六师团是先走了一步，其他各师团也要紧紧跟上。还有，我们刚刚占领南京，南京城内外，除中国守军外还有很多不安定因素，为了占领区的安定，为了东亚的共存共荣，为了大日本帝国在*土地上的顺利地建成东亚新秩序，你们不妨参照二八年大日本帝国在济南时的作法。说到这里，松井石根从公文包里拿出一本小册子，念道：“二八年五月十一日，帝国军队占领济南后，为了在济南建立新秩序，曾制定凡逮捕下开情况之一者即立即格杀。一有皮带者；二着灰色服装者；三有军用品者；四穿草鞋者；五有青天白日徽章者；六、发式为学生式头者；七、女子剪发者；八、穿皮鞋者；九、带照相机者；十、镶金牙者；十一、有中央钞票者；十二、带开国纪念币者；十三、有国民党书籍者；十四、有南方人名片者；十五、操南方口音者；十六、有自卫枪械者；十七、类似学生青年；十八、受检查时开门迟缓者。”念完，将小册子装进公文包后，又不厌其烦地重申：“总之所有的*军的俘虏，不必以俘虏政策对待之。对中国平民百姓中凡有帮助、窝藏中国政府官员、办事人员、军队士兵的和有与皇军为敌行为的人员，均可照此办理，不必姑息和仁慈。这不仅是我个人的意见，也是我离开东京时，统率部对我传达的意图，希望你们回到部队时