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在清剿散匪的斗争中，各地区清剿部队采取分区包干和区间联防的办法，普遍建立了群众性的情报网，组成“飞行组”和武工队，配合公安部门对残匪进行追踪缉捕。并从各部队抽调大批干部组成工作队，深入农村开展群众工作。在福建地区，部队先后抽调1万余名干部参加地方工作；驻浙江部队则帮助地方加强基层政权建设，建立了316个武工队。由于组织严密，打击有力，无论土匪流窜到哪里，都逃脱不了被歼的命运。到1953年底，华东地区的陆匪被全部肃清。
与此同时，华东地区还进行了清剿海匪的作战。海上剿匪较陆上难度大。由于该地区海岸线长，岛屿众多，很多岛屿历史上就是海匪盘踞的地方。这些海匪，专以在海上及沿海地区抢掠为生，大陆解放后由于受条件限制，解放军未能立即进驻，许多大陆逃亡的地主、恶霸、漏网的土匪和国民党军散兵游勇趁虚进入，勾结岛上的海匪继续作恶。台湾国民党当局为了将这些岛屿和海匪作为###的跳板和武装力量，对他们加紧进行编组和训练，不断进行海上袭扰和登陆破坏。据1951年统计，浙闽沿海尚有海匪1万多人，占据大小31个岛屿，抢走渔船110艘，抓走渔民800余人，给渔业生产、海上运输和群众的生命财产造成严重威胁。针对海匪活动的情况，华东军区指示沿海各地区部队，把清剿陆匪与消灭海匪结合起来，采取分区包歼登陆窜扰之匪。在各自防区内，以海防警备部队为骨干，地方武装和公安部门与民兵相配合，仅在1951年1月间，全区就歼灭登陆海匪120股，数千人。在歼灭登陆海匪的同时，海军舰艇部队和海防巡逻部队还积极开展海上斗争。在1951年上半年，先后在海上与海匪作战33次，歼灭海匪近千人，缴获匪船26艘、步机枪170余（挺）支。海军舰艇部队进行海战56次，歼灭海匪数百人，击沉、击伤和缴获海匪船只52艘。到1953年底，剿匪部队共解放沿海大小岛屿50多个，歼灭海匪近万人，为巩固海防、发展渔业生产和海上运输做出了贡献。
到1953年，华东地区共剿灭土匪（包括海匪）万余人，缴获各种炮400余门、各种枪万余支。
中南剿匪
1949年底中南六省全部解放。但该区内，在国民党有计划的“展开大陆游击战争”的策划下，全境普遍发生了匪患。1949年6月，华中军区统计在已经解放的河南省有土匪424股，约3万人；湖北省有110股，约2万人；江西省有100余股，万人；陕南地区有30股，万人。解放较晚的湖南、广东、广西等省，匪情更为严重。据1949年底的不完全统计，共有土匪20余万人。
二、全国大剿匪（5）
华中局和第四野战军兼华中军区（1949年12月分别改称中南局和中南军区兼第四野战军），从1949年6、7月开始，先后抽调4个兵团部、12个军部、1个纵队（两广纵队）、46个师，以划区包干的办法，对中南地区的土匪展开大规模的清剿。
7月中旬，第四野战军以第42军第125、第155师和第58军第173、第174师1个团，在地方武装的配合下，首先对豫西股匪展开清剿，经2个月的多次合围追剿，第42军部队于卢氏、朱阳镇及崤山以南地区歼灭土匪新1个师、保6旅及“黄河”、“绥远”2个特务支队。第58军进剿部队给予土匪新2师和新3师以歼灭性的打击。接着，进剿部队东移伏牛山区开展清剿。至10月，大股土匪被基本歼灭，共歼匪3万余人。
湖北军区于7月27日至8月5日召开第一次党的代表会议，决定在全省开展大规模的剿匪作战，并做出了具体部署。7月30日，湖北军区奉华中局和华中军区的指示，在黄岗地区组成鄂豫皖边区工作委员会和剿匪指挥部，由湖北军区副司令员王树声任书记兼剿匪指挥部总指挥，皖北军区政治部何柱成任政治委员，统一指挥第42军第126师、第24军第71师、湖北军区独立第3师、安徽警备第1、第2旅3个团，以及各有关军分区地方武装，对大别山股匪展开围剿。9月上旬，进剿部队由商城、罗田、滕家堡地区，以分进合击战术向匪巢金家寨压缩，股匪力避与剿匪部队作战，因此大部逃脱。9月下旬，剿匪部队认真总结经验教训后，采取内线控制要点，外线严密封锁，以营、连为单位分散驻剿；在进行军事打击的同时，积极开展强有力的政治攻势。经反复追歼、搜剿，至1950年3月，全歼大别山地区股匪万余人。与此同时，湖北军区独立第1、第2、第4师等部队分别在兴山、秭归、宜昌以西、通山等地开展剿匪，9、10月间歼灭“湘鄂赣###救国军”第2军直属纵队等股匪。
江西军区于7月7日召开高干会议，具体部署了剿匪工作，确定进剿的重点是：赣东北地区的鄱阳湖和南浔铁路两侧地区，兼顾赣西北地区等。7月15日，各剿匪部队采取湖内进剿与陆地截击相结合的战术，先后对盘踞各地的股匪发起进剿。至月底，各剿匪部队先后于幕阜山、棋坪山区和永新、永丰、泰和等县，歼灭“湘鄂赣边###自卫军第6纵队”、“赣西绥靖司令部”、“青年救国军”第18、第20支队等股匪1100余人。9月，担负赣南剿匪任务的第48军第144师，经周密侦察，严密部署，对长期盘踞翠徽峰地区的“豫章山区绥靖司令部”股匪展开进剿，全歼土匪1800人。到1949年底，共歼灭股匪7500余人，活捉主要匪首黄镇中、萧家璧，受到中南军区的通令嘉奖。
湖南剿匪作战开始于1949年8月，湖南军区以收编的方式解决了万余人的游杂武装。10、11月间，第46、第47军部队分赴股匪猖獗的湘西、湘南地区开展重点进剿。经过近1个月的积极进剿，先后歼灭国民党交警东南办事处主任王春晖部“湘南纵队”、保1师谢声隘部和匪首陈光中所率的“湘赣###救国军”等，共万余人。到1949年底，湖南军区部队共歼灭股匪万余人，其中收编8万余人，歼灭万余人。初步稳定了湘南和湘东北地区的社会秩序，为下一步开展湘西剿匪打下了基础。
中南大陆基本解放后，第四野战军兼中南军区于12月29日发出《关于1950年上半年剿匪指示》，决定从1950年1月起，所属各部队开展剿匪斗争。要求各军区根据当地匪情及本军区的兵力，制定剿匪的任务、计划和步骤。1950年3月上旬，中南军区又召开了高级干部工作会议，会议全面总结了全区剿灭股匪的经验教训，纠正了党政军工作配合不力和松劲情绪。会议强调指出，剿匪斗争是完成中国新民主主义革命不可逾越的一步，必须把剿匪当作一项战略任务去完成。会议决定，各剿匪部队划地区包干剿和打破省、地界限，组织边沿区会剿。中南军区高级干部会议的召开，对端正剿匪指导思想，开展剿匪新局面，起了重要的推动作用。4月29日，中央军委向各大军区转发了中南军区清匪工作会议的总结报告，并告诫各地区“要防止大股土匪剿灭之后，轻视散匪、潜匪并满足于一时平静现象的麻痹思想生长”。
根据中南军区指示，中南各省在1950年展开了大规模的剿匪斗争。1至3月，湖北军区剿匪部队在川陕鄂边、兴山、房县、巴东地区及鄂西长江以北大巴以东地区歼灭“川陕鄂游击纵队”、湖北绥靖第1师、第18旅等股匪近万人。基本肃清了湖北境内的大股土匪。
1950年1月，湖南军区召开了第一次党代表大会，会议确定，放手发动群众，大力开展灭股匪的斗争，在半年内歼灭全部匪特武装。会议以后，湖南军区集中第46、第47军和第38军第114师等部队及各地方武装，共20万余人，先后对八面山、长田湾、芷（江）怀（化）黔（阳）边区、麻阳、古丈、兴隆场、大（庸）永（顺）桑（植）边区、江垭、武岗之股匪展开多次大合围作战。经过3个月的进剿，歼灭股匪万余人，解放湘西8座县城及广大农村。4月上旬，根据中南军区高级干部会议精神，湖南军区又召开了剿匪工作会议，总结了前一段剿匪工作，决定暂时放弃湘西边缘地区的进剿，以湘西的大庸、永顺、保靖以南，会同、黔阳以北，凤凰、麻阳以东等为下一阶段的剿匪重点地区。会后，第47军等部再次对湘西地区的股匪进行了大规模会剿，至6月底，相继剿灭暂编第2、第4师等股匪万余人，活捉暂编第1军军长陈子贤等匪。从展开会剿，到1950年底，先后歼灭了“湘鄂川###救国军”和“华南###救国军”等股匪万余人，捣毁“湘鄂川黔###游击根据地”。与此同时，在湘南剿匪指挥部的统一指挥下，第46军等部对湘南地区的股匪展开了重点清剿，歼灭“交警东南办事处”、“湘赣边区###救国军”、新编第8军等股匪万余人，俘中将办事处主任王春晖、中将司令陈光中等匪首。至此，湖南地区的大股土匪基本被剿灭。
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二、全国大剿匪（6）
1949年11月8日至11日，中共华南分局在广州召开党代表会议，叶剑英在报告中提出要把剿匪肃特、巩固治安作为广东当前军事工作的重要任务。12月12日，华南分局和广东军区联合发出《剿匪指示》，明确规定了剿匪第一阶段，以军事进剿为主，配合政治争取，对土匪开展分化瓦解工作的方针。1950年1月20日，广东军区又下发了《1950年剿匪计划》。遵照华南分局、广东军区的部署，第41、第43、第44军和第48军剿匪部队，在10万民兵的配合下，从1949年12月份开始，集中兵力，先后对西江、北江、东江及潮汕等匪情严重地区，展开重点会剿。到1950年5月，相继剿灭“交警教导第2纵队”、“西江###救国军”、“粤中师管区第1纵队”、“粤南工作站”、“粤西忠义救国军第7支队”等股匪共5万余人，基本平息了广东地区的匪患。
广西是中南地区解放最晚、匪情最为严重