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以上是关于法官席位的安排，它是经过尖锐斗争的结果。下面要论述的是庭长的指派、职权和他在法庭里所起的作用。
起诉机关：国际检察处（1）
国际检察处是东京盟军最高统帅部（简称“盟军总部”）的一个组成部分，但对远东国际军事法庭说来，它又是一个起诉机关，在法庭审讯的案件中代表十一个起诉国家担任原告。
按盟军总部为了执行日本投降条款曾经设置了许多专门性的处或组，其中主管法律问题和战犯审判的计有两处：一为法律事务处，一为国际检察处。对这两个不同机构的不同性质和职权必须首先认识清楚，以免造成观念上的混乱。
法律事务处除承办总部的一般法津事务之外，还主管日本战犯的引渡以及对乙、丙级日本战犯的检举、逮捕、侦察和组织审讯他们的法庭。这些法庭大都是临时性的，由三名至五名军法官所组成，每案审讯的被告只是一名或数名，被控的罪名都是暴行罪，亦即普通的战争罪行。这些法庭采用的程序是简易的诉讼程序，因而它们结案也就比较迅捷。由于这些对乙、丙级战犯们的审讯大都是在横滨举行的，因此一般日本人便称之为“横滨裁判”，以别于远东国际法庭对日本首要甲级战犯的“东京裁判”。“东京裁判”（日本人称审判为裁判，英文为Tokyo Trial，单数）系专指远东国际军事法庭对日本首要甲级战犯的审判（因为这种审判只有一次，故用单数）。“横滨裁判”（Yokohama Trials，复数）则系指美军法庭（或美军与其他盟国所组成的“混合军事法庭”）对日本乙、丙级战犯举行的审判。这种审判都是在横滨举行的，故称“横滨裁判”（因为这种审判曾举行过多次，故用复数）。
设在横滨的这些法庭的组织工作以及对乙、丙级被告战犯的逮捕、侦察、起诉工作都是由法律事务处担任的，事实上都是由美国人包办的。但是为了点缀门面起见，它有时也邀请少数有关的同盟国人参加。例如，在该处担任侦察和搜集证据的便有两名中国人。在横滨各法庭讯审的许多案件中，中国军事代表团也曾有过几次被邀派遣一名法官参加。但这只是起形式作用。就实质说，对日本乙、丙级战犯的横滨审判，从起诉到判决都是由美国人包办、操纵的。同盟国为了避免这种操纵，惟一的办法只有要求把某些乙、丙级战犯引渡到自己的国内法庭去受审，理由是这些战犯的罪行造成了对该盟国的直接损害。例如，在1946年，当时的中国政府由于受到来自人民群众的压力便要求过盟军总部把著名的乙级战犯谷寿夫、酒井隆、矶谷廉介、柴山六郎等押送到中国来受审。除非有特殊原因，盟军总部对于任何盟国的这种引渡要求是不能拒绝的。依照一般国际法原则和各盟国首领们在战时的迭次宣言以及远东委员会的决议，暴行实施地国家对于主持或参加该项暴行的乙、丙级战犯如果请求盟军总部引渡到该国去受审，盟军总部一般是不能拒绝的。中国政府请求引渡谷寿夫、酒井隆等，因为他们在日本侵华战争中在中国各地犯下了无数的残酷暴行，谷寿夫且曾是史无前例、骇人听闻的“南京大屠杀事件”的主谋之一。至于南京大屠杀事件的主犯及最高责任者松井石根，以及中国人民所深恶痛绝的土肥原贤二和板垣征四郎，中国政府当初也一度有向总部请求引渡来华的意图，嗣因他们已被列名为首要甲级战犯交由远东国际法庭审处，遂作罢论。这几名甲级战犯后来都被远东法庭判处了极刑。不妨设想，如果他们被引渡到中国，当时的蒋记政府很可能要从轻发落之甚至来个“无罪开释”的。罪大恶极的“三光政策”（人民杀光、财产抢光、房屋烧光）的创始人、日本华中派遣军总司令冈村宁次就被宣告无罪释放了。
除了引渡到盟国去受审的少数战犯之外，对所有在日本本土上的乙、丙级战犯的逮捕、侦察、调查和起诉一类的工作都是由法律事务处主持的，对这种战犯的审判也是由它筹划和组织的。这是法律事务处的主要任务和职权。
国际检察处的任务和职权便大不相同。它是总部专为处理日本主要战犯（亦即“甲级战犯”）而设的。波茨坦公告既把日本主要战犯必须受到严厉的法律制裁作为日本投降的一项条款，那么，将来组织一个国际法庭去审判这些战犯乃是势所必至，也是理所当然。可是国际法庭只能从事审判。它既系国际性的，其组织手续亦必较为繁难迂缓，而事先的种种准备工作和起诉工作则非有专门机构和大批人员去立即着手从事不可。国际检察处便是专门为执行这种任务而设立的机构。
国际检察处的任务是很繁重、复杂的，它的权力是很大的。在法庭宪章公布之前，亦即日本被占领的最初期间，它便受命选择法庭的地址，修建和布置法庭的内部，而更重要的便是开具甲级战犯的名单。对他们加以逮捕、执行侦察，并录取各犯的详细口供。在法庭宪章公布之后，它便派员到日本各地的和同盟国的有关机关团体以及有关人土处作实地调查，搜集罪证材料，并就这些材料作精密的分析、比较，然后再确定被告的名单，最后起草起诉书。在法庭正式开庭之后，它要负担在诉讼程序中检察方面所应负担的一切责任，例如提供文件和证人证物去支持起诉书中所控告的罪行，询问自己提供的证人，反诘被告提供的证人，参加言辞辩论，并对被告个人及全案作出最后的总结发言，亦即致“终讼词”。
有鉴于案情的庞大，被告的众多，牵涉问题之复杂，国际检察处处长约瑟夫·季楠以及双方提出的证件证人之浩繁，不难想像，这种检察工作是相当艰巨的。它需要盟军总部的巨大人力财力的支持。同时，这个机构的权力以及它对日本战犯的检举和对东京国际审判的影响都是非常之大的。因此，主持其事者不但必须是美国人，而且必须是为麦克阿瑟所亲信的美国人。这个人便是约瑟夫·季楠（Joseph ）。
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起诉机关：国际检察处（2）
季楠在盟军总部是国际检察处处长，同时又是最高统帅的法律顾问。他很受麦克阿瑟的宠信。在日本刚被占领、法庭尚未成立的时候，他便受命以总部一名大员的身份从事一系列的准备工作，例如法庭地址的选择，改建工程的进行，甲级战犯的逮捕和侦察，证据文件的搜集，法庭宪章的拟订，起诉书初稿的起草，等等。虽说那时已有纽伦堡的先例可资借鉴，但是由于日本和德国的情况颇不相同，这些准备工作不能不说是相当繁重的。
在1946年1月19日法庭宪章公布的同时，季楠便正式被任命为检察长，负对远东国际法庭所审讯的各个被告执行检察的全责。
检察长的权力特大是远东国际法庭宪章最突出的一个特点，也是它和纽伦堡最显著的一个差别。
按照纽伦堡宪章（第十四条），参加审判的四个国家（苏、美、英、法）都有其各自的首席检察官，他们的地位是完全平等的；在工作中他们是分工、合作的；对于应该决议的事项，他们是采取“合议制”，由多数决定的。纽伦堡国际军事法庭宪章第十四条有如下的规定：“每一签字国……应各指派检察官一人，所有检察官应组成一委员会……”；“此项委员会对于一切事项应以过半数之投票决定之，并为便利起见，应按照轮流之原则指定一人为主席”；“如对应受本法庭审判之某一被告之指定或对该被告应被控诉之罪行，倘双方投票相等时，则应采取主张该被告应受审判或对该被告应控某项罪行之检查官的意见”。这种情况就像一般法庭的成员（法官）一样，地位完全平等，每个法官都拥有同样的一个表决权。
远东国际法庭宪章的规定却大不相同。宪章关于法官权力的规定虽然完全同纽伦堡宪章一样，采用的是“合议制”，但是关于检察官方面采用的却是“首长制”，或者也可以称为“独裁制”或“包办制”。
宪章第八条规定：“盟军最高统帅指派之检察长对属于本法庭管辖权内之战争罪犯的控告负调查及起诉之责。”该条又规定：“任何曾与日本处于战争状态之联合国家得指派陪席检察官一人，以协助检察长”。
照上述条文看来，对于一切远东国际法庭管辖权内之战争罪犯，亦即“远东的主要战争罪犯”，事实上也就是日本主要战犯或甲级战犯。其“调查和起诉”的责任，亦即检察官的全部责任，是由检察长一人担负的，而这位检察长是由“盟军最高统帅指派”的。虽然国际检察处是一个相当庞大的组织，拥有很多的工作人员，但是独揽大权、最后决定一切的却是检察长。至于各同盟国家（亦即条文中所称“联合国家”），它们只能各派一名“陪席检察官”，以“协助”检察长。由此可见，各国陪席检察官对检察长的关系是从属的关系而不是平等的关系，它和各国法官对庭长的关系完全不同。因此，我们说它采用的不是同纽伦堡检察处一样的“合议制”，而是“首长制”，甚至可说是“独裁制”或“包办制”。对于检察长来说，各国陪席检察官只是处于顾问、咨议或助手的地位。
此外，关于陪席检察官还有两点值得注意的。第一，在规定有权推荐法官人选的国家名单的条文里，宪章指明为“日本投降书各签字国、印度及菲律宾共和国”（共十一国），而关于陪席检察官，宪章却规定“任何曾与日本处于战争状态之联合国家”均得指派一名。虽然条文是这样规定的，但是事实上派了陪席检察官参加的�