起诉书的第一号标题是这样写的：
“美国、中国、英联合王国、苏联、澳大利亚、加拿大、法国、荷兰、新西兰、印度、菲律宾。
控告荒木贞夫……（共二十八名，次序依照其姓氏的英文字母先后排列，此处从略）。”
从起诉书的这个标题看来，提起诉讼的原告无疑地是对日作战的十一个主要同盟国，而不是国际检察处或盟军总部。但是按照远东国际军事法庭宪章的规定，检察长却负有对被告起诉的全责。阅“远东国际军事法庭宪章”第八条（甲）款。这两者之间，乍看起来，似乎是有矛盾的。既然十一国列名原告，就不应该规定由检察长负起诉之责。既然要检察长负起诉之责，就不应该用十一国的名义作为起诉的原告。这种看法不是完全没有道理的。一个比较合理的折中的解释是：有鉴于这个案件的空前重大，起诉必须以十一国国家的名义为之，而检察长所负的所谓起诉责任只是在技术上支持起诉的责任。检察长只能被视为代表原告而处在诉讼进程中的一个首席律师，而真正的原告却应该是十一个同盟国家。法庭称检察长为“检方首席律师”，或“检方主任律师”，理由或许就在这里。
关于起诉书的内容，法庭宪章的规定是十分简单的。它只要求“起诉书对每一被控诉之罪行应有清晰、精确及充分之说明”，此外别无其他的要求。阅“远东国际军事法庭宪章”第九条（甲）款。
国际检察处代表十一国所撰拟并向远东法庭提出的起诉书，大体说来，还算是能够满足宪章的要求的，虽然其中也有不少的而且是严重的缺点。
起诉书控告被告们的罪状共为五十五项。在分别呈述这些罪状之前，它有一个简短的“前言”，扼要地说明了一下日本帝国主义统治集团犯罪活动的政治意义和特征。“前言”写道：
“在本起诉书中所提及之年月间（按，指自1928年1月1日至1945年9月2日），日本的对内和对外政策是由一个犯罪的军国主义的集团所控制及指使，这些政策乃造成严重的世界混乱、历次侵略战争、并使各国爱好和平人民自身的利益均遭受极大损害之原因。一种自称日本民族比亚洲各民族甚至比世界各民族都优越的危险思想一贯有系统地毒化了日本人民的意识。日本已存在的各种代议机构都被用为广泛侵略之工具，而一类似希特勒德国设立的纳粹党和意大利设立的法西斯党的政党体制旋被采用。日本经济财政资源大部分都被为军事目的而征用，日本人民的福利大受损害。
“在这些被告之间成立了一个阴谋，参加这个阴谋的还有其他侵略国家，即纳粹德国和法西斯意大利之统治者。这个阴谋的主要目的在于取得这些侵略国家对世界其他部分的控制和剥削，并且为此目的而犯下了或鼓励他人犯下了本宪章所称的破坏和平罪、战争犯罪和违反人道罪，从而威胁并损害着人类的尊严和自由的基本原则。
“为了实施和完成这个阴谋计划，被告们利用他们的权力、他们的官职以及他们的个人声望和影响，企图并实际策划、准备、发动并执行了对美国、中国、英联合王国、苏联、澳大利亚、加拿大、法国、荷兰、新西兰、印度、菲律宾以及其他爱好和平各国人民的侵略战争，并破坏国际法以及神圣条约所规定的义务和保证。为了进一步促成这个计划，被告们图谋并实行了破坏公认的战争法规和惯例的各种行为：谋杀、残害和虐待战争俘虏、被拘平民以及海上人员，不给他们足够的饮食、宿舍、衣着、医药及其他照顾，强迫他们在非人道条件下劳动，并使他们横遭侮辱；榨取战败各国的人力和经济资源以供日本之用；掠夺公私财产；没有军事需要的任何理由，肆意毁坏城市乡村；对于沦陷区无辜平民实行大规模的屠杀、强奸、抢劫、绑架、残害及其他种种野蛮暴行；对日本政府人员和机关实行陆海军人的控制及操纵；用建立大政翼赞会、实行民族扩张主义的教育、散布战争宣传以及严格控制新闻及广播的方法，对公众舆论作侵略战争的心理准备；在战败各国中成立傀儡政府；同德国和意大利缔结军事同盟，借以增强实行日本扩张计划的军事力量。”
起诉书前言最后一段是这样写的：
“因此，上述各国，根据1945年11月26日波茨坦宣言，1945年9月2日日本投降书和1946年1月19日盟国最高统帅部所颁布并于1945年4月26日修正过的本法庭宪章，经由下面签名的赋有代表其各自政府参加对首要战犯们进行侦查和起诉的全权代表，兹对上开全体被告人犯，就下列所指范围，即破坏和平罪、战争犯罪、违反人道罪，并就法庭宪章中曾加以定义的各种罪行的共同计划或阴谋，提起控诉。据此，上述各国提出下列各罪状中所指名的各犯作为本案的被告。”
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对被告们控诉的五十五项罪状（1）
继“前言”之后，起诉书便提出了对被告们控诉的罪状共五十五项，其中有些是对全体被告提出的，有些是对一部分被告提出的。这是起诉书的主要部分。这五十五项罪状又分为三大类：第一类是“破坏和平罪”（亦即侵略罪）；第二类是“杀人罪”；第三类是“其他普通战争犯罪及违反人道罪”。兹分述如下：
第一类破坏和平罪（自罪状第一至罪状第三十六）
罪状一全体被告，在1928年1月1日起至1945年9月2日期间内，曾以领导者、组织者、教唆者或同谋者之资格参加制定或执行一个共同计划或阴谋，因而他们对于任何人在执行这个计划中的一切行为均应负责。这个计划或阴谋的目的系在取得日本对东亚太平洋、印度洋以及两洋附近各国和洋内各岛之海陆军及政治经济的控制地位。为达此目的，他们阴谋单独地或联合其他国家进行侵略战争及违反国际法、条约、协定及保证之战争，以对付任何反对此项目的国家。
罪状二全体被告，在罪状一所述的期间内，曾以罪状一中所述的资格参加制定或执行一个共同计划或阴谋。其目的系在用直接攫夺或设立傀儡政权的方法，取得对中国辽宁、吉林、黑龙江及热河各省之陆海军及政治经济的控制地位。为达此目的，他们阴谋进行侵略战争及……之战争，以对付中国（注：加“……”处系重复罪状一中之词句，因而从略。以下同此）。
罪状三全体被告在……期内，曾以……资格参加制定或执行一个共同计划或阴谋。其目的系在……取得对中国全部之陆海军及政治经济的控制地位。为达此目的，他们阴谋进行侵略战争及……之战争，以对付中国。
罪状四全体被告，在……期间内，曾以……资格，参加制定或执行一个共同计划或阴谋。其目的系在取得东亚太平洋、印度洋及其附近各国之海陆军及政治经济的控制地位。为达此目的，他们阴谋进行侵略战争及……之战争，以对付美国、英联邦（包括大不列颠及北爱尔兰联合王国、澳大利亚、加拿大、新西兰、南非、印度、缅甸、马来西亚以及英帝国在国际联盟中没有代表出席的其他部分领土）、法国、荷兰、中国、葡萄牙、泰国（暹罗）、菲律宾、苏联和任何反对他们的国家。
罪状五全体被告在……期间内，曾以……资格，参加或执行一个共同计划或阴谋。其目的系在使德、意、日三国取得全世界之陆海军及政治经济的控制地位，三国并将各在其自己范围内拥有特殊的控制地位，日本的范围将包括东亚太平洋、印度洋以及两洋附近各国及其中各岛屿。为达此目的，他们阴谋伙同德意两国互相支援，进行侵略战争及……之战争，以对付妨碍他们达此目的的国家，特别是美国、英国、法国、荷兰、中国、葡萄牙、泰国（暹罗）、菲律宾及苏联。
——以上五项（1—5）系对全体被告共同阴谋进行侵略战争的控诉。
罪状六全体被告，在……期间内，曾计划及准备对中国进行侵略战争及……之战争。
罪状七全体被告，在……期间内，曾计划及准备对美国进行侵略战争及……之战争。
罪状八全体被告，在……期间内，曾计划及准备对大不列颠及北爱尔兰联合王国以及在本起诉书各罪中未单独列举之英联邦的其他部分进行侵略战争及……之战争。
罪状九全体被告，在……期间内，曾计划及准备对澳大利亚进行侵略战争及……之战争。
罪状十全体被告，在……期间内，曾计划及准备对新西兰进行侵略战争及……之战争。
罪状十一全体被告，在……期间内，曾计划及准备对加拿大进行侵略战争及……之战争。
罪状十二全体被告，在……期间内，曾计划及准备对印度进行侵略战争及……之战争。
罪状十三全体被告，在……期间内，曾计划及准备对菲律宾进行侵略战争及……之战争。
罪状十四全体被告，在……期间内，曾计划及准备对荷兰进行侵略战争及……之战争。
罪状十五全体被告，在……期间内，曾计划及准备对法国进行侵略战争及……之战争。
罪状十六全体被告，在……期间内，曾计划及准备对泰国（暹罗）进行侵略战争。
罪状十七全体被告，在……期间内，曾计划及准备对苏联进行侵略战争及……之战争。
——以上十二项（6—17）系对全体被告计划及准备侵略战争的控诉。
罪状十八被告荒木、土肥原、桥本、平沼、板垣、小矶、南、大川、重光、东条、梅津，在1931年9月18日或其前后，曾对中国（按，指东北四省）发动侵略战争及违反国际法、条约、协定和保证之战争。
罪状十九被告荒木、土肥原、桥本、、平沼、广田、星野、板垣、贺屋、木户、松井、武藤、铃木、东条、梅津，在1937年7月7日或其前后，曾对中国（按，指中国全部）�