爵合谋谋害其夫达恩利。消息传出，苏格兰举国震惊，而事态的发展更是让人瞠目结舌。1567年５月，玛丽与博斯韦尔正式结婚，玛丽对谋杀事件等于不打自招。
在苏格兰人民的心中，玛丽已经变成了水性杨花的女人，名声扫地，于是，那些被玛丽镇压下去的苏格兰新教贵族决定向其发难。1567年6月，他们打着为达恩利公爵复仇的旗号起兵，向女王兴师问罪。玛丽兵败被囚，博斯韦尔伯爵则被流放到丹麦，还不到25岁的苏格兰女王从此结束了荣耀的王室生活。
伊丽莎白一直密切关注着苏格兰所发生的一切。她一方面希望维持与苏格兰的新教贵族的友谊，希望能影响苏格兰的对外政策，防止苏格兰被法国操纵。另一方面，她又不希望君主的尊严受到损害，希望新教贵族与玛丽能够达成妥协，她尤其反对新教贵族们处死玛丽。然而，就在伊丽莎白对玛丽感到左右为难之际，玛丽从监禁中逃跑了，而且跑到了英国，寻求伊丽莎白的保护。
玛丽来到英国，这使得英国的宗教形势一度紧张起来。英国北部的天主教势力蠢蠢欲动，想利用玛丽来反对伊丽莎白。玛丽没有明确表示承认《爱丁堡条约》，依然保留自己对英国王位的继承权，这就意味着在叛乱或者暗杀成立的前提下，英国将会再出现一个天主教女王。而苏格兰新教贵族们则希望伊丽莎白能驱逐玛丽，伊丽莎白的许多大臣也要求女王将玛丽处死。面对这种情况，伊丽莎白坚持不处死玛丽，只是将其软禁，但却拒绝帮助玛丽恢复其王位。
尽管玛丽被软禁，但是在罗马教廷和英国北部天主教贵族、西班牙政府的支持下，她仍然参与了多起针对伊丽莎白的叛乱阴谋，企图重登苏格兰王位，并且继承英格兰王位。英国北方贵族趁机掀起叛乱，罗马教廷也趁机落井下石。1570年，教皇宣布，将伊丽莎白逐出教会，废除其王位。随后，教皇格列高利五世又宣布：暗杀伊丽莎白不算犯罪。这样，天主教势力以玛丽为中心，开始了对伊丽莎白及其所代表的英国国教的反扑。 。。
权欲横流的女王……伊丽莎白一世（8）
虽然有大量的证据表明玛丽参与了这些阴谋，但是伊丽莎白出于政治上的考虑，一直没有大开杀戒，而是把玛丽软禁了近20年。玛丽一直没有停止其阴谋活动。后来，西班牙国王菲利普二世更是利用玛丽来反对伊丽莎白，策划了试图刺杀伊丽莎白、拥立玛丽的“巴宾顿阴谋”，这就直接威胁到英国的稳定。英国议会要求处死玛丽的呼声越来越大，但伊丽莎白还是难下最后的决心。她既担心法国、西班牙和苏格兰保守势力的干涉，也担心这会触犯君王的神圣性。然而，玛丽的存在，无疑已经对英国的统一构成了极大威胁，围绕在她周围的天主教势力，正在严重威胁着英国国家的根基。在万般无奈之下，伊丽莎白在征得玛丽的亲生儿子苏格兰国王詹姆士六世的同意后，于1587年将玛丽送上断头台。伊丽莎白极不情愿地在死刑执行书上签了字，她的枢密院大臣们却为此拍手称快。
玛丽被处死这一事件，标志着英国天主教势力的彻底衰落。伊丽莎白成功地维护了英国的统一以及自身王权的巩固，为英国的发展奠定了坚实基础。
强盗的逻辑
宗教问题的解决，消除了英国国家内部最大的不稳定因素，这使伊丽莎白得以腾出手来解决国家濒于破产的经济状况。伊丽莎白虽然是专制君主，但她也是难得的开明君主，能够顺应历史的发展，她的许多经济政策极大地促进了英国资本主义的发展，推动了英国社会向现代社会迈进。
16世纪是英国社会发生巨大变革的时期。封建制度解体，资本主义因素迅速发展，手工工场和对外贸易蓬勃发展。在英国国内，对羊毛的巨大需求推动了圈地运动的扩大，这场运动使广大农民流离失所，但也推动了英国农业资本主义的发展。在圈地运动开始后，伊丽莎白颁布法令，进一步鼓励资本主义的早期原始积累。1563年，伊丽莎白政府颁布了著名的《徒工法令》，规定凡没有土地或土地收入少、或没有固定职业的人，必须接受雇主雇用，期限不短于一年。未经主人同意不得在期满前离开，工资数额由各地治安法官规定。此外，伊丽莎白还对被赶出家园的流浪者采取了残酷的惩罚手段。1572年，她颁布了“惩治流浪者法令”。该法案规定：凡十四岁以上的无证乞丐，如果在两年内没人愿雇佣他，就处以鞭笞和打烙印。再度行乞且年过十八，又无人愿使用达两年者，则处以死刑。第三次重犯，当以叛国罪处死。这些法令极大地保证了新贵族和资产阶级的利益，保护了他们使用廉价劳动力的权利，推动并促进了资本主义的发展。伊丽莎白能够顺应历史潮流，维护新贵族和资产阶级的利益，为早期英国资本主义的发展开辟了道路，但是她所颁布的这些法令却是血腥的，造成了大批流浪者，并且迫使他们不得不成为廉价劳动者。
与此同时，在早期资本主义发展之初，伊丽莎白也关注国家的贫困和社会救济问题。资本主义萌芽及其发展，带来了一系列社会新问题。圈地运动和连年欠收造成了大规模饥荒，大量失地农民纷纷涌入城市，产生了大量的乞丐、流浪汉，这严重威胁到英国社会的稳定。为此，伊丽莎白颁布了一系列法令安置和照顾这些无家可归者。1572年，英国通过了向全国强制征收济贫税的条例，要求每一教区必须对其贫民负责。任何须由济贫税负担的人，都可以被遣送回原籍。1576年，政府又命令各城镇，要求向失业者提供原材料并购买他们的产品。1601年，为了稳定社会，政府颁布了《伊丽莎白济贫法》。该法案规定：父母有义务抚养子女，晚辈有责任赡养他们穷苦的长辈。政府有责任对没有工作能力的贫困者提供帮助，保障穷人的最低生活水平。政府也有义务帮助贫困的孩子做学徒，并给身体健全者提供工作机会。伊丽莎白的这些措施，在当时发挥了积极作用，大量的流民获得了一线生机，更多乞丐或者流浪者得到了工作，社会矛盾相对缓和。
伊丽莎白还大肆推行重商主义政策，抑制物价上涨，稳定国内经济。首先，限制羊毛原料和粮食出口，同时限制成品进口，以此保护和发展本国毛纺织业和其他新兴工场手工业，为国家积聚财富。1560年，英国实行新币制，以金币取代银币，有效地抑制了物价上涨之势，恢复了货币的信用。1568年，伊丽莎白特许成立皇家矿业公司和金属开采与冶炼公司，主要开采铜矿和菱锌矿，并授予商人生产硫磺和硝石的专利权，使英国的工场就能够制造大炮等枪支弹药、军需补给，此举大大改变过去军需产品完全仰赖外国的不利状况。 。。
权欲横流的女王……伊丽莎白一世（9）
在对外贸易中，伊丽莎白鼓励海外进出口，不断追求扩大英国呢绒等商品的海外市场。在伊丽莎白统治时期，英国政府特别注意大力发展航海业和军需工业，奖励造船，并建设强大的海军。伊丽莎白还鼓励建立各类海外贸易公司，并给这些公司颁发特许状，允许其垄断特定地区的贸易。在这些措施里面，尤为引人注目的是伊丽莎白对海盗行为和奴隶贸易的支持。
伊丽莎白统治之初，她在继承王位的同时，也继承了其姐姐玛丽留下的三百万英镑巨债。为此，伊丽莎白、西塞尔和其他官员不得不采取一些手段来限制国家的支出。这些手段却带来了其他困难，许多士兵的薪金被拖欠，政府经常食言。伊丽莎白因此也得了“小气”的名声，所有人都知道，女王非常心疼以及在乎钱。在减少国家财政开支的同时，伊丽莎白不得不设法广开财路，采取措施增加国家收入。然而，伊丽莎白不想向自己的百姓横征暴敛，于是，聪明的她做了个不同凡响的决策：打造军舰船只，鼓励有勇气的人去海外聚敛财富——即使是用强盗手段也没有关系，只要能为英国带来财富，就能从女王这里得到封爵和地位。
早在伊丽莎白当政之初，从欧洲大陆就不断传来西班牙和葡萄牙航海家探险成功、发财致富的消息。地理大发现开创了一个新的时代，欧洲各国纷纷发展航海业，期待到世界其他地区进行贸易和掠夺财富。在一个商业化时代，赢得海洋比赢得陆地更重要，通过海外贸易获利的前景十分广阔。伊丽莎白敏锐地察觉到英国在这方面具有别国难以企及的优势：英格兰的任何一个地方距离海洋都不超过120公里。因此，她很快成为英国海外贸易的积极支持者和直接参与者。
伊丽莎白不但授权商人组织贸易公司，发展海外贸易，还亲自出资入股，向他们颁发皇家特许状，授予这些商人和冒险家海外贸易和掠夺金银的特权，并从中抽取红利。莫斯科公司、利凡特公司、几内亚公司和东印度公司都是在这一时期成立的。1600年，东印度公司成立之后，伊丽莎白女王向东印度公司颁发了一张特许状，授予它为期15年与东方贸易的专利权。伊丽莎白不管这些贸易公司和冒险家们从事什么样的罪恶勾当，只要自己能从中获利就行。
伊丽莎白的苦心很快就有了结果。她英勇的子民们通过海盗抢劫为其带来了巨额财富。由于当时的海外贸易、航海探险一直是和海盗抢劫分不开的，商船同时也是战舰，冒险家大多是通过抢劫他国、尤其是西班牙的商船发家致富的。西班牙的商船航线太长，分布的区域太广，他们的海军根本无力给予全面保护，这就为英国海上冒险家提供了绝好机会。在英国海盗们有目的的海上劫掠中，西班牙蒙受的经济损失相当巨大，每年都在300万杜卡特以上。特别是1568年更是达到了损失的顶点。这一年的12月，英国普里茅斯市市长威廉·霍金斯组织了一支海盗船，把一�