1、 军事行动办公室
原名特殊行动办公室，负责评审准军事行动计划的可行性，与军方协调和联络，在军事行动期间为军方及时提供情报。有时代表中央情报局参加全球性的大规模军事演习。
2、 反间谍中心
1988年成立，负责协调情报界打击外国情报组织在世界各地破坏和渗透美国情报机构的活动。
3、 反恐怖活动中心
中央情报局第一个跨部门跨地区的综合单位，统一追踪对美国公民暴力犯罪的外国恐怖主义，并协助把他们押回美国受审。为实现这一目标，它有权最有效地集中各部的有关人员和资源，并与国内其他情报机构合作。它自身有200多名工作人员，联邦调查局、国家安全委员会和国防部也都有派驻人员。
反恐怖活动中心有一个世界知名的资料库，储存着世界上所有已知恐怖主义组织的完备资料，包括它们的基地、主要成员、经费来源、以及与一些特殊国家和情报机构之间的关系。
由于联邦调查局也被授权调查所有反美恐怖主义活动，反恐怖活动中心的任务和它难免有重合之处。两者在很多时候必须合作，但有时也难免闹矛盾。联邦调查局有好几次把功劳全部揽在自己身上，令中央情报局非常不满。
4、 间谍训练中心
负责对行动部特工进行专门培训，包括在弗吉尼亚州威廉斯堡郊外的皮尔里营训练中心，以及在北卡罗来纳州和亚利桑那州山区里的准军事行动训练营地。行动部所有特工在正式执行任务前都必须接受一年的间谍训练，学习各种间谍技巧，并在相关部门进行一个月以上的实习，以保证获得足够的实践经验。
5、 国内资源处
又分国家信息收集科和外国资源科。前者的活动是公开的，主要搜集从国外回来的美国人的见闻。后者负责招募来访美国的外国人，说服他们为中央情报局工作。招募对象包括外交官、留学生、专家学者等等。它在美国各大城市都有设有办事处，但不公开自己的身份，而是打着商业公司的牌子。搞招募工作的外国资源科人员每人都有好几个假名字和身份。
6、 地区部门
按地域范围划分的11个部门，包括俄国及欧亚处、欧洲处、近东及南亚处、东亚处、非洲处、拉丁美洲处等，每个部门分别负责各自辖内区域的情报工作。
除这6个主要部门，行动部的人还遍布中情局在全世界的130多个工作站中。他们负责物色和招募代理人、搜集所在国的政治经济情报，以及策划和执行秘密行动。他们由兰利总部统一领导，但在一些具体或紧急问题上，由本地站长直接负责。
二、 科技部
詹姆斯·邦德的能耐在很大程度上离不开那些令人眼花缭乱的功能复杂的设备。科技部的任务就是提供这样的先进设备和技术服务。在这一点上，它做得很成功。从1992年起，科技部每年组织一次地区性中学生科技竞赛，向在物理、工程、计算机等领域表现优秀、有创新特质的学生颁发〃中央情报局特别奖〃。
1、研究开发办公室
科技部最重要的部门之一，负责研制各种大型复杂的设备，涉及通讯、卫星、人工智能、高效计算机等多个尖端领域。轰动一时的U…2飞机就是这个办公室发明的。
2、工程开发办公室
研制相对小型的项目，例如无人驾驶飞机、特制的汽车、船只等。1974年打捞苏联潜艇的格洛玛号船就是它研制的。
3、外国广播信息服务处
监听全世界所有的广播，包括近50个国家的电视节目，记录并翻译其内容。部分内容可以公开向外界提供。
4、技术服务办公室
为从事秘密行动的特工提供各种必需的间谍小设备，包括化装用具、监听工具、密码发射机、外形巧妙的手枪、摄像机等等。它有好几百名各个领域内的专家，几乎什么样的小东西都能制造出来。它伪造的假文件和证件完全可以达到以假乱真的地步。
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中央情报局的机构组织（2）
5、技术情报办公室
又叫信号监听行动办公室，主要负责对世界重要战略性信息的截获，但不从事对一般通信监听和分析，因为那是国家安全局的份内事。在冷战期间，专门负责对苏联军方进行监控。
6、国家图像译度中心
有2000多名雇员和最一流的电子设备，其任务是分析空中侦察获得的图像，包括飞机和卫星拍回来的照片。
三、 情报部
虽然行动部一直看不起情报部的工作，但它毋庸置疑地是美国情报系统的重要枢纽。它的主要任务是综合有关国家安全的某个问题的所有情报，整理分析，判断局势和走向，供总统和国家安全委员会等高层决策。它对行动部等信息收集部门的情报进行分析，更多时候对后者提出要求，即有高度目的性的收集。情报部的工作要求客观准确，不受政治的影响。但是要做到这一点往往不太容易。所有的总统都离不开情报部，但是从不完全相信它，他们更多时候根据自己的需要选择可利用的情报。
情报部的保密性相对不如行动部和科技部，近年来解密的文件很大部分是它在冷战时期的分析报告。它每年出台大量的报告，内容五花八门，但都要求做出精准的判断和估计，不允许出现含糊其辞和〃大概、可能、也许〃等字样。这需要相当深厚的专业知识和广博的知识面，因此情报部的分析人员从不敢懈怠，时刻从各种信息中寻找线索。
情报部有3000多名雇员，1/3是博士，许多是大学教授。他们可以公开承认自己是中情局雇员的身份。他们最大的特点就是多疑，对所有信息来源都要反复地考察和验证，力求分析报告准确无误。
1、 情报收集及评估办公室
情报部的〃大脑〃，负责汇总分析人员的信息需求并将其传达给情报收集部门，同时对现行收集系统进行评估，使分析人员掌握下达信息收集任务的程序，也明白收集能力的局限性，因为分析人员经常提出一些不可能达到的要求，招来行动部门的嘲笑和抗议。
2、 情报专业委员会
确保情报部获得它所需要的专业人才，考察需要的人才类型，制定有针对性的招募计划，并对相关人员进行培训。
3、 政策辅助办公室
包括总统分析服务处和行动中心。前者编纂专供总统阅读的《总统每日简报》和政府高级官员的《国家情报每日简报》和《经济情报简报》。后者24小时监视世界各地的动态，一旦有危机发生，它就是中央情报局的指挥中心。其他情报机构在这里有常驻代表，在非常情况下及时提供各自的支持。
4、 辅助服务办公室
负责开发和监控信息处理系统，维护和管理情报部内部共享的资料库，提供配套的技术服务。
5、 反犯罪和毒品中心
收集有关毒品走私的信息，供执法机关用作逮捕和指控的根据。
6、 环境中心
协调情报界与环境问题有关的所有活动，并从政治、经济和科学的角度评估涉及美国利益的环境问题。
7、 反武器扩散中心
汇总和分析所有有关核武器和生化武器扩散方面的情报，制定相关情报的收集计划和要求。
8、 高级分析工具办公室
采购、开发、研制和评估各种先进的技术硬件和软件，保障信息分析的质量。它同时隶属于科技部和情报部。
9、 地区性分析办公室
三个地区性分析办公室：亚太及拉美分析办公室，近东、南亚及非洲分析办公室，俄国及欧洲分析办公室。各自负责分析辖内地区的政治、经济、文化等各面的情况，撰写综合研究报告，并就重大变化向白宫和有关部门提出预警。
10、 跨国事务办公室
情报部最大的办公室，主持跨地区跨国界的情报分析，主要关注武器、科学技术、经济安全和社会冲突4方面的问题。
四、 行政管理部
中情局的行政管理部和一般企业、单位的管理部门没什么本质上的区别，都是处理一大摊子的琐碎事情。但是，由于中情局很多部门有严格的保密制度，部门之间事实上的隔离，有些任务执行起来不是很容易。
1、医疗服务办公室
为中情局的雇员提供医疗服务，既有常规的检查、体检、免疫，也包括心理咨询和帮助，这对长期从事秘密行动的特工人员来说，是极其必要的。医疗办公室下面有一个特殊的小组，专门研究外国领导人的健康状况和个性特点。
2、保安办公室
负责整个中情局机构的安全，包括兰利总部的警戒、局长和其他高级领导成员的人身安全、机密文件的控制、总部和国内外各办事处防窃听等。在联邦调查局的协助下，抵制外国间谍在美国对中央情报局的活动。
3、人事安全办公室
负责审查中情局的新雇员和合同雇员，包括对他们进行测谎试验，调查其家庭背景和可靠程度等。所有中情局的工作人员每5年都要接受一次测谎试验。它同时负责为在海外活动的特工提供伪造身份，包括假的雇主、薪金支付、银行信贷等配套档案，确保他们在官方记录上不出现任何与中情局有关的字样。
4、训练教育办公室
中央情报局的机构组织（3）
负责安排对雇员的职业训练课程。新招募来的人员一般要接受两类训练和考试，一是常识性的东西，另一类则和将要从事的具体工作有关。训练教育办公室有最优秀的老师，仅语言就有25门课程，供去不同地区的特工学习。
5、财务管理办公室
管理中情局日常财务，发放薪水，给驻外工作站拨款，也通过假公司和特殊渠道转移经费，配合行动部的秘密行动。它有全美国最大的几家会计事务所公认最严密出色的财务管理制度，很少发生盗窃、挪用和做假的事情。