不顾官职卑微，继陈耽之后再次上书切谏，谴责公卿举奏专门回避贵戚。灵帝这次大概因迫于灾祸频仍，有所畏惧，于是将曹操的奏章发给三府，责备许戫张济失职，被错纠的官员得到平反，许戫还在稍后的十月被免职。曹操由于抓准了时机，在这一个回合取得了胜利。
此后，朝政越来越混乱，不法之徒越来越猖狂。曹操知道很难改变这种状况，就不再上书，慢慢沉默下来。
三一个敢作敢为的济南相
中平元年（184）二月，黄巾大起义爆发。起义军的主力集中在冀州、颍川和南阳三个地区，冀州地区由张角兄弟直接指挥，颍川地区由波才指挥，南阳地区由张曼成指挥，将矛头指向东汉的都城洛阳。东汉朝廷急忙调兵遣将，加强洛阳周围的防卫，并派北中郎将卢植去冀州镇压张角，左中郎将皇甫嵩、右中郎将朱俊去颍川镇压波才。为调动统治阶级内部各方面的力量共同对付起义军，在党锢事件中遭受禁锢的党人被宣布赦免，曹操也在这个时候得到重用，由六百石的议郎升任为比二千石的骑都尉，同皇甫嵩、朱俊一起带兵前往颍川镇压黄巾。
各地起义军顽强奋战，先后将卢植、朱俊和皇甫嵩打败，并把皇甫嵩包围在长社城内。但起义军缺乏作战经验，包围长社的部队竟依草结营，结果在一个刮风的夜里被皇甫嵩放火突袭，造成惊乱。这时曹操恰好赶到，皇甫嵩、朱俊乘势与曹操合兵夹击，起义军大败，几万人被杀。颍川地近洛阳，这一路起义军对东汉朝廷威胁最大，结果最先被镇压，对全局影响很大。此后，形势开始逆转，南阳、冀州的黄巾军在敌人优势兵力的围剿下，越来越被动，最后力量不支，被各个击破。
黄巾军主力被镇压后，其他各地的黄巾军继续坚持战斗了很长时间，曹操后来还曾多次与黄巾军对垒。参与镇压黄巾军，这是曹操一生行迹的一个严重污点。虽然这是当时统治阶级内部各派各阶层所共同采取的立场，许多政治人物、包括许多比较开明的政治人物都曾参与此事，但曹操无论如何难辞其咎。曹操毕竟是一个地主阶级的政治家，他考虑问题的出发点，只能是全力维护地主阶级的根本利益和统治地位。
由于镇压黄巾起义有功，皇甫嵩被封为都乡侯，朱俊被封为西乡侯，曹操也被提升为济南国相。汉代沿袭秦朝的郡县制，但同时以一部分郡县分封王侯，当时人称为“郡国”。东汉时，王国封地相当于一个郡。按制度，被分封的王只能享受封区内的赋税收入，没有行政权力。国相就是中央政府派到王国处理政事的官吏，职位与二千石的郡太守相等。曹操由于出身在地位不高的宦官家庭，又不是隐居岩穴、可以自高身价以吸引当政者前来礼聘的名士，因此他在被举为孝廉后常常担心被人们看成是平庸无能的人，非常渴望得到郡太守的职位，以便以振兴政治和教化的实绩来树立起个人的声誉。他在洛阳北部尉、顿丘令以及议郎任上之所以力图有所作为，这种心理不能说没有起相当作用。如今，他真正得到了相当于郡太守的职位，于是便大刀阔斧地干了起来，以图实现心中的宿愿。
第二章仕途初试（4）
济南国所属十县，令、长大都对上交通朝廷贵戚或宦官，对下勾结地方豪强，依仗权势，狼狈为奸，贪赃枉法，鱼肉百姓，弄得声名狼藉，而历任国相却都不敢加以干涉。曹操到任不久，即上奏朝廷一鼓作气罢免了其中的八个。这样一来，上下无不为之震恐，犯法作乱的人纷纷逃往外郡，辖境内一时间变得异常平静，社会治安大为好转。
西汉初年，齐悼惠王之子刘章因同周勃、陈平诛除诸吕有功，在文帝前元二年（前178）被封为城阳王，死后城阳国为其立庙祭扫。青州诸郡转相仿效，祠庙越来越多，其中以济南国为最，达到600余所，淫祀之风为此越刮越烈。一些有钱的商人在祭祀时，排场搞得很大，坐上二千石官员才能乘坐的车子，穿上二千石官员才能穿的衣服，有歌舞艺人唱唱跳跳，吹吹打打，就象后世的迎神赛会一般。他们利用淫祀标榜祖宗的所谓“功德”，抬高自己的社会地位，同时欺诈人民，骗取钱财，因而祭祖之风越奢侈，老百姓也就变得越贫穷，而历来的官员却没有人敢于加以禁绝。曹操到任后，一举将祠庙全部摧毁，并严禁官民再搞祭祀活动，一时间没有人敢再提奸邪鬼神之事。
此外，曹操还比较公平地选用官吏，力图使政治变得较为清明。这些，都表现了曹操决心廊清吏治的精神，同时进一步显示了他不同凡响的政治才干和胆识魄力。
但是，曹操的行动却得罪了朝中当权的宦官，地方豪强也对他恨之入骨。曹操一方面不愿意违背自己的志向去迎合权贵，一方面又考虑到已经多次触犯权贵，再这样干下去，担心会使全家受到连累。为了避免发生不测之祸，曹操在当年辞去了济南相的职务，请求回到宫中值宿，担任警卫，实际是要求赋闲。朝廷再次任命他为议郎，曹操表面上虽然接受了，但却常常装病，不去上班。第二年，即中平二年（185），朝廷让曹操去做东郡太守，曹操不仅没有答应，相反连议郎也不肯再做，推托有病，辞官回到家乡谯县去了。
四以曲求伸的策略
曹操托病辞官，固然由于他在担任济南相时的所作所为得罪了当权的宦官，怕遭到打击报复，但这还不是唯一的原因。曹操早在做洛阳北部尉时就敢于棒杀小黄门蹇硕的叔父，这时虽有遭受打击报复的危险，但毕竟还没有遭到打击报复，如果就急急忙忙地退却，那是不大说得过去的。何况，这时他的父亲曹嵩还大权在握，中平四年（187）甚至还花一亿钱买了个太尉的官做，算得是一个有钱有势、有头有脑的人物，朝中有这样的人撑腰，曹操自然也不必有太多的顾忌。他之所以托病辞官，还有另一层更重要的考虑。
东汉末年，岩穴隐居在名士中是十分盛行的风尚。由于隐居被人们认为是有才能而又清高的人才干的事情，因此隐居可以抬高身价，成为当政者注目和礼聘的对象，不失为一条做官的捷径。曹操常为自己不曾是岩穴隐居之士而感到遗憾，他正可以利用这一机会来弥补这一遗憾。他还作了一个横向比较：和他一同被推为孝廉的人中，有的人已经五十岁了还不称做年老，他现在不过才三十岁，即使隐居二十年再出来做官，也才同这些人刚被举为孝廉时的年纪相同，有什么可怕的呢？于是，他毅然回到了家乡，在谯县以东五十里的地方盖了一座幽雅的书房，打算一年中秋夏读书，冬春射猎，文武并进，积蓄力量，以图将来的发展。这个地方比较低洼，曹操打算利用沼泽中的泥水把自己同外界隔绝开来，断绝宾客的来往。
但曹操并未能在谯县赋闲多久，就因形势的需要而被征召出山了。中平元年（184）黄巾主力被镇压后不久，金城人边章、韩遂起兵反叛。第二年春天，率军数万进攻长安附近地区，侵逼刘氏皇陵。朝廷派车骑将军皇甫嵩征讨，无功而还。复以司空张温为车骑将军，董卓为破虏将军，与荡寇将军周慎等率步骑十余万进讨，先败后胜，边章、韩遂败回金城。中平三年（186）冬，韩遂杀边章等人，拥兵十余万，进围陇西。太守李相如反，与韩遂联合，共杀凉州刺史耿鄙。耿鄙司马扶风人马腾也拥兵反叛，汉阳王国则自号“合众将军”，起兵响应韩遂。一时间天下骚动，朝廷震恐，于是赶忙网罗人才，企图加固根基。曹操便在这时被召为都尉，成为带兵的武官。
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第二章仕途初试（5）
曹操手中有了兵权，成为一些人瞩目、拉拢的对象。中平五年（188）五月，术士襄楷对冀州刺史王芬说：“天象的变化不利于宦官，黄门、常侍真是到了灭族的时候了。”王芬信以为真，于是勾结南阳许攸、沛国周旌等人，同时联络了一些地方豪强，以黄巾余部黑山义军攻掠郡县需要起兵镇压为借口，给灵帝上书，请求灵帝北巡河间，企图利用灵帝北巡的机会发动政变，废除灵帝，诛杀宦官，另立合肥侯为帝。他们也来约结曹操，曹操冷静地分析了形势和条件，认为这个计划必然失败而加以拒绝。其辞云：
夫废立之事，天下之至不祥也。古人有权成败、计轻重而行之者，伊尹、霍光是也。伊尹怀至忠之诚，据宰臣之势，处官司之上，故进退废置，计从事立。及至霍光受托国之任，藉宗臣之位，内因太后秉政之重，外有群卿同欲之势；昌邑王即位日浅，未有贵宠，朝乏谠臣，议出密近：故计行如转圜，事成如摧朽。今诸君徒见囊者之易，未睹当今之难。诸君自度：结众连党，何若七国？合肥之贵，孰若吴、楚？而造作非常，欲望必克，不亦危乎？
从语意看，曹操似乎并不反对废掉灵帝，只是觉得时机还不成熟。他认为伊尹、霍光行废立帝王之事之所以能够成功，是因为伊尹怀着对国家最大的忠诚，有辅相的权势和在百官之上的地位；霍光也是凭藉了有声望的大臣的地位，同时利用了一些有利的客观条件。这些，似乎反映了曹操内心的一些朦胧的追求和向往，他后来正是沿着伊尹、霍光的道路一步一步地走下去的。文章从古今形势和欲行废立者的主客观条件两方面条分缕析，言之凿凿，头脑清醒，谋虑深远。不久，王芬等的阴谋果然败露，王芬畏罪，弃官逃走，在途中自杀。
黄巾起义之后，灵帝认识到军队的重要，日益留心军事。在###四起、天下扰攘的情况下，决定组织西园新军，来加强拱卫首都的力量。中平五年（188）八月，在西园成立统帅部，即所谓“西园八校尉”。宦官蹇硕最得灵帝宠信，被任命为上军校尉，连大将军何进也得听他指挥，成为实际的全国最高统帅。虎