十分敬佩尊重的，但关羽却对士大夫始终心存芥蒂，盛气凌人，诸葛亮作为刘备集团中的头号士大夫，当然也在其中。诸葛亮对关羽目空一切、不把他放在眼里的情况是十分清楚的，然而考虑其与主公“恩若兄弟”的特殊关系，加之自己投奔刘备的时间要比关羽晚得多，官职也比关羽低，故不得不虚与委蛇，巧为周旋。诸葛亮考虑的不是如何惩罚关羽，而是要从根本上解决问题，等待时机除去关羽。
建安二十四年，关羽发动襄樊战役，虽然水淹七军，威震华夏，但最终却导致荆州失守，自身也为孙权所杀。这其中有很多隐情至今令人费解。襄樊战役前后，吴、魏使者往来不绝，密谋夹击关羽，可谓紧锣密鼓，配合默契，而刘备、诸葛亮对此却一无所闻，对关羽未作任何具体的军事、后勤与外交的部署和支援。更使人困惑的是，曹操亲统大军屯驻摩陂，并不断调遣于禁、庞德、徐晃率兵增援樊城，如此规模巨大的军事行动，蜀汉方面也丝毫没有采取任何对策，最后当关羽败走麦城，将全军覆没之际，蜀中援军还是迟迟不至。这就引发后人的纷纷猜议。国学大师章太炎有他独特的见解。他说：“临沮（关羽被擒杀之地）之败，葛氏不以一卒往援，昧者讥其无远略，而或解以败问之未通。苟罗骑斥侯之疏如是，则政令愈慢矣！”对“无远略”、“败问之未通”、“政令愈慢”之解，章氏俱予以否定，他推论：关羽乃世之虎臣，功多而无罪状，除之则不足以厌人心，不除则易世所不能御，席益厚而将掣挠吾大政，故不惜以荆州之全土，假手于吴人，以陨关羽之命。非媢之也。一国之柄，无出于二孔；出于二孔，其所举虽是，而宰相因以不能齐人心，一法令，则国已分裂矣。虽杀之而疆易侵削，终不以易内讧。其故事则有萧何之戮韩信。何公用之于韩信，而葛氏阴用之于关羽。《章太炎全集》第三卷，263页，上海人民出版社，1984。
关羽镇守荆州，手握重兵，骄狂不可一世，不但易代（刘备死后）之后将难以对付，即使刘备健在之时，诸葛亮也很难越过关羽这道障碍，而攫取更大的权力。故“葛氏”宁可丢失荆州，也要借吴人之手除掉关羽。章氏的这个见解很大胆，当然这仅仅是猜测。也许章氏觉得此说理由不够充分，故不久又补充曰：“当是时，政在先主，武侯徒以抚民划策见任，未能一切领录。其任武侯又不如关羽旧人保信，荆州之败，始于娆吴，终于失援，则先主之褊迫疏慢为之。”《章太炎全集》第三卷，611页。将“荆州之败”归咎于刘备的“疏慢”轻敌。但章氏此说亦颇牵强。是时诸葛亮虽不能“一切领录”，执掌军政大权，但他明知关羽攻取襄樊条件并未成熟，且完全违背了《隆中对》提出的待“天下有变”，两路北伐曹魏的战略决策。然《三国志》正文及裴注中均未见诸葛亮劝谏的记载。退一步而言，即使刘备宠信、纵容关羽，不把《隆中对》放在心上，但襄樊战役打响后，刘备、诸葛亮不可能不全力关注战役进展的一举一动。尽管川、鄂之间山路阻隔，交通不便，信息传播不甚畅通，但整个襄樊战役从建安二十四年七月开始，至翌年一月结束，首尾长达半年之久，蜀汉作为一个完整的新兴政权，不可能没有任何信息传播渠道。
关羽攻襄樊，守荆州兵力不足，加之此时孙刘联盟已呈破裂之势。“螳螂捕蝉，黄雀在后”，孙吴随时可用奇兵偷袭荆州，诸葛亮深谙兵法，难道他会掉以轻心？众所周知，诸葛一生唯谨慎，从不肯弄险。他为何不提醒“疏慢”的刘备？方诗铭先生在《三国人物散论》（62）《刘备与关羽》一文中认为，不是诸葛亮要除去关羽，而是刘备要剪除关羽。兹节录方诗铭先生在《刘备与关羽》一节中的部分原文：“关羽斥骂黄忠为‘老兵’，这是愤怒至极的表现，是谁将自己与这个‘老兵’同列，当然是刘备，因而关羽的愤怒不是指向黄忠，而是指向刘备。由此可知，关羽对刘备的不满已经到了何等程度，对此，刘备不可能不有所知晓。但是，关羽手握重兵，镇守荆州，不但易代（即刘备死后）之后将难于控制，即刘备健在之时也感到没有把握。怎么办？如何处理这个问题，这时必然提上刘备思考的日程。……《隆中对》的破灭，荆州的失守，关羽不能辞其责。但是，由于刘备与关羽的矛盾，一方面派糜芳、士仁各据荆州政治军事重地，以监视关羽，终于矛盾激化……更为重要的是，听任关羽破坏《隆中对》策划，挑起对曹操的战争。对此，刘备似皆若无其事。”并不惜歪曲章太炎的原意，将诸葛亮“不除（关羽）则易世所不能御”篡改为刘备“不除（关羽）则易世所不能御”。还说：“章太炎在《訄书》中的看法是大胆的，更是有见地的。”方诗铭：《刘备与关羽》，见《三国人物散论》（62），上海古籍出版社，2000。方先生这种移花接木的方法实不可取。我以为，只要诸葛亮负起自己作为“军师”的职责，随时将荆州的“险情”提醒刘备，与关羽“自少结契”赵翼：《廿二史劄记》卷七“三国之主用人各不同”条。、情同手足的刘备绝不会“疏慢”到只作壁上观，对兵败临沮的关羽不以一卒相救的。所以把关羽送上断头台的除了孙权、吕蒙之外，诸葛亮也要承担一部分责任。
关羽死后，诸葛亮的地位和权势有所提高，但仍未能上升至“一人之下”。入蜀后，刘备对法正的信任程度远远超过了诸葛亮。对此，诸葛亮自己也十分清楚。刘备东征，“以复关羽之耻”，群臣纷纷劝谏，刘备一概不听，“章武二年，大军败绩，还住白帝，亮叹曰：”法孝直若在，则能制主上，令不东行，就复东行，必不倾危矣。‘“《三国志》卷三十七《法正传》。对刘备发动的夷陵之战，诸葛亮是否谏阻，因史无记载，无从得知。但从诸葛亮这番言语中，即可知法正在刘备心目中的特殊地位，是诸葛亮难以企及的。
刘备入川主要倚靠法正的规划，法正不仅助刘备取益州、定汉中，建立了卓越功勋，且“智术有余，能回人主之意”。“先主与曹公争，势有不便，宜退，而先主大怒不肯退，无敢谏者。矢下如雨，正乃往当先主前，先主云：”孝直避箭。‘正曰：“明公亲当矢石，况小人乎？’先主乃曰：”孝直，吾与汝俱去。‘遂退。“《三国志》卷三十七《法正传》裴松之注。由此足见，法正对于刘备可谓以身相助，事事取信于备。攻取成都后，备”以（法）正为蜀郡太守、扬武将军，外统都畿，内为谋主“，法正一身兼内外要职，这是刘备对其绝对信任的充分体现。法正对”一餐之德，睚眦之怨，无不报复“。有人对诸葛亮说：法正于蜀郡太纵横，将军宜启主公，抑其威福。亮答曰：”主公之在公安也，北畏曹公之强，东惮孙权之逼，近则惧孙夫人生变于肘腋之下，当斯之时，进退狼跋，法孝直为之辅翼，令翻然翱翔，不可复制，如何禁止法正使不得行其意邪。“《三国志》卷三十七《法正传》。
诸葛亮所云反映了当时的实情。但也不难看出，这是诸葛亮在自我解嘲，一方面是法正自以为凌驾于诸葛亮之上，不再把他放在眼里，另一方面则是诸葛亮对法正的“纵横”、“威福”，也深感无可奈何。
法正的骄横跋扈，诸葛亮当然是不快的。但如何在适当时机削弱其权势，诸葛亮心中自有打算。刘备与曹操争夺汉中，因兵力不足，“急书发兵，军师将军诸葛亮以问杨洪，洪曰：”汉中则益州咽喉，存亡之机会，若无汉中则无蜀矣，此家门之祸也。方今之事，男子当战，女子当运，发兵何疑？‘时蜀郡太守法正从先主北行，亮于是表洪领蜀郡太守，众事皆办，遂使即真“。《三国志》卷四十一《杨洪传》。汉中是”益州咽喉“，得失关系蜀汉政权的”存亡“，对此诸葛亮焉有不知之理？至于”急书发兵“，这是主公刘备的命令，岂能违抗。诸葛亮之所以询问杨洪，目的只有一个，就是借机推荐杨洪兴办蜀郡发兵之事，从而以杨洪取代法正蜀郡太守的职位。在法正”缺岗“的情况下，刘备也无可奈何。杨洪将军队、粮草等物资及时运送到汉中前线，以”众事皆办“之功继法正之后，”即真“为蜀郡太守。
法正失去“外统都畿”的重任，权势大为削弱。然而，诸葛亮与法正之间的矛盾并未缓和。“诸葛亮与正，虽好尚不同，以公义相取。”所谓“公义相取”其实是表面的，而“好尚不同”才是实质性的。对法正的聪明才智，诸葛亮内心是十分钦佩的，“亮每奇正智术”《三国志》卷三十七《法正传》。，更重要的是，法正又是当时唯一能使刘备言听计从的谋臣，这一点连诸葛亮也自叹弗如。因此，如果法正长寿，其与诸葛亮矛盾必然加剧。使诸葛亮感到幸运的是，刘备称汉中王的第二年，法正病故。刘备称帝时，关羽、庞统、法正、黄忠皆亡。张飞虽然与刘备“恩若兄弟”，但毕竟只是一员武将，马超“羁旅归国，常怀危惧”《三国志》卷四十《彭羕传》。，更不足信任，太傅许靖仅是“清谈”之客。刘备环顾左右，除诸葛亮外，竟无一人可赋予重任。故其即位伊始，就封诸葛亮“以丞相录尚书事、假节，张飞卒后，领司隶校尉”《三国志》卷三十五《诸葛亮传》……诸葛亮奋斗了整整十五年，才爬上了他梦寐以求的丞相高位。
2。“政由葛氏，祭则寡人”
刘备白帝托孤，对诸葛亮曰，若其子刘禅“不才”，“君可自取”，古人论此，多赞其君臣肝胆相照，并取鱼水之喻相印证。但也有人认为此乃刘备“诡伪之辞”《三国志》卷三十五《诸葛亮传》注引孙盛曰。，对诸葛亮心存猜忌，故以“自取”试探之。田余庆先生对这两种