菲律宾作为向日本本土进攻的主要根据地，尼米兹则强调应绕过菲律宾。
这场争论中交织着种种情绪。麦克阿瑟念念不忘巴丹半岛，渴望履行他留别的诺言：“我将回来。”对菲律宾人的民族责任感也是争论中一个真正的因素。况且，菲律宾战役，必须是大规模的，需要相当强大的地面部队，最好通过西南太平洋来进行，这样，陆军和麦克阿瑟就将担任显要的角色。相反，尼米兹的计划含有把中太平洋的基地作为中间集结区的意思。有些海军人士认为，只要夺取几个靠近日本海岸的小岛，便能通过海军封锁和空军攻击的办法把日本扼死，因此不必采取任何大规模地面作战的方法。当然，在这种战役中，海军将担任主要角色，尼米兹将负责指挥。
1944年3月11日，这个争端上报给罗斯福，但是总统无意插手。他声称，参谋长联席会议成员应当自己解决有关马努斯岛的争论，而且他们都是专家，应有能力选择最好的战略。翌日，即3月12日，参谋长联席会议的成员达成了一项妥协办法。他们决定，当麦克阿瑟的军队从南面进攻菲律宾时，尼米兹的海军继续横越中太平洋前进，向吕宋岛（菲律宾群岛最北面的岛）或者向台湾方向进军。此外，关于马努斯岛的争端，则是偏袒了海军而解决的。
麦克阿瑟和尼米兹在太平洋地区发生龃龉，这也许促使罗斯福认为应该到那个战区去视察一下，亲自与两位意见对立的司令官进行商谈。1944年7月21日，他乘船去夏威夷。一星期后（7月28…29日），罗斯福同尼米兹和麦克阿瑟举行了一系列会议，这次商讨时大家都心平气和。尼米兹同意，光复菲律宾将是值得做的事情，并且答应派遣他的一部分舰艇去支援和运送麦克阿瑟的进攻部队。麦克阿瑟也向海军作了一点让步：他表示同意；或许没有必要使用地面部队向日本本土发动全面进攻。事实上，对日本本土进攻的方案早已拟定就绪。华盛顿的美国陆军当局曾坚持认为，在日本的溃败还不能确定之前，进攻日本几乎是完全必要的。这次在夏威夷，陆军的方案暂时被搁置起来，且待海军的封锁和空军的攻击证明不足以迫使日本投降时，再予采用。剩下的一个主要问题是，究竟是先由麦克阿瑟去进攻菲律宾，还是先由尼米兹去进攻台湾。这个问题留待以后决定，因为从当时看来，在1945年以前要进行这两个战役中的任何一个都是不可能的。
太平洋未来的作战计划已经拟定，但是英国如何参加对日作战的最后阶段问题仍然没有解决。麦克阿瑟和尼米兹都不要英国的帮助。他们向罗斯福说明，已经具备了原定作战计划所需要的一切东西。麦克阿瑟表示担心，一旦英军在荷属东印度群岛登陆以后，他们将会设法控制那些岛屿。麦克阿瑟又声称，既然美国承担了菲律宾和其他地方的作战任务，荷属东印度群岛将会瓜熟蒂落，不应当让英国人去享受由于解放这些岛屿而带来的荣誉和物质利益。但是，美国人并不确切知道，英国人在今后对日作战中承担什么义务的问题上将提出怎样的建议，因此关于这件事，没有作出任何决定。罗斯福总统在访问了阿拉斯加之后，于1944年8月12日返回美国。
美国的太平洋作战计划现在是确定不移的了。美国人已经向俄国人和中国人讲明他们两个国家应承担的任务：两国应共同对付亚洲大陆上的日本军队。正如英国在对日作战最后阶段的任务需要予以澄清那样，俄国和中国之间的未来关系也需要予以澄清。这些问题后来在第二次魁北克会议（1944年9月）和雅尔塔会议（1945年2月）上获得解决。
这些问题都不是无关宏旨的。可是实际上，从严格的军事观点看来，对日作战的最后战略方案已于1944年7月底在华盛顿和夏威夷拟定就绪。对日战争的未来进程将同德黑兰会议以后对德战争的进程一样明确。如果说在对日作战的计划中联盟的因素几乎是微不足道的，那不过反映出盟国之间先后参加对日作战的兵力没有真正均衡地调配。自从珍珠港事件发生以后，对日战争被认为是美国专门关心的事。美国某些显要人士也希望把它视作本国的事情。美国人倾向于这种看法：他们同日本有私仇要报，在解决时不要外国干预。中国和缅甸战场上的失败和失望情绪更加强了这种心情。但有一点是奇怪的、不合情理的，美国人一面不要第三国干预，一面又责备其他国家（尤其是英国）没有能象麦克阿瑟、史迪威与李海这些人所认为的那样，在作战中尽它们应尽的一份力量。如果同对德作战中盟国的紧密合作相比，对日作战中盟国的合作则被地理环境、人物性格和美国的这种态度搞得脆弱无力，很不圆满。
德黑兰会议探讨了胜利后必将产生的许多政治问题，但并没有解决任何问题。会后的几个月里，这些问题变得越来越迫切。同时，由于主要盟国各自采取不同的政策，它们的分歧也越来越大。英国和俄国在波兰问题上意见不一，在巴尔干问题上也相互猜疑地留神提防。在这些问题上，美国通常总不沾边，对棘手的决定能拖则拖。关于法国、意大利、近东的石油和印度的未来等问题，英国和美国的意见也不一致。在这些问题上，苏联大都保持莫测高深的冷淡态度。
大同盟之所以能保持团结，首先是因为无论在对德作战期间或战后，都有必要继续进行军事合作。其次，战争给英国和美国带来一种普遍的看法，即希望并要求主要盟国在战后继续合作。有着这种亲密友好的背景，盟国之间在政策上反复出现的一些冲突，在1944年的头几个月中不过象针刺那样令人烦恼，有时几乎使人愤怒，但仅仅如此而已。大同盟已失去初期的某些光辉，但是完全失望的局面则要到1946年和1947年才出现。
除了影响盟国之间和睦的各种局部冲突外，还存在着一个总的问题：战后世界的政治地理和性质将会是怎样？美国和俄国对这个问题的答案几乎是截然相反的，英国则采取了中间的立场。
美国政府和大多数美国人民指望建立一个世界组织，其中的会员国将接受民主自治的原则，不干涉别国的内政。根据这个愿望，美国政府认为有理由在欧洲拒绝参加不合时代精神的争权夺利，而这种争夺看来已在英苏之间开始了。一般说来，美国政府试图把边界和政体等问题拖到战后再决定。罗斯福和赫尔希望，届时一个新的国际组织将起作用，从而大大改变国际关系，用法律和多数表决的办法来代替传统的强权政治那种无政府状态。在这种气氛中，他们希望并相信，波兰、意大利和其他地区的具体问题将会在满足了对国家安全、自由和正义的一切合理要求之后迎刃而解。
1944年上半年，有许多特殊因素影响了美国的政策，其中之一是罗斯福的健康问题。总统自1943年12月从德黑兰回国，到1944年5月间，患了慢性呼吸道感染，身体变得十分虚弱。4月里，他只得离开华盛顿，准备长期休养。在此期间，总统处理日常事务的进度放慢了，他的下属有时发现很难从他那里得到明确的指示。
1944年是大选年，这也妨碍了美国的外交活动。象美籍意大利人和美籍波兰人这些选民团体，在民主党和共和党的均势中是一个不可忽视的因素。罗斯福认为，他不能很冒昧地得罪他们。美国向英国施加压力，要求改组意大利政府，这一举动至少部分是想讨好意大利血统的美国选民。关于波兰问题，避免麻烦的最简单的办法是，在1944年11月大选结束之前，不采取任何行动，并设法缩小已产生的问题，推迟作出任何可能失去人心的决定。
这个问题的另一方面是：罗斯福坚信，美国舆论不会永远支持参与欧洲事务。他估计，战后会出现1918年以后产生的那种反应，并认为，如果美国政府想积极参与解决战后欧洲的政治问题，这种政策会在战后第一次大选中遭到反对，而且可能还会影响到美国参加任何新的国际组织的问题。因此，采取一个适中的政策，即把所有希望寄托于一个更有效的国际联盟式的组织，并与主要盟国继续保持合作，这似乎是比较明智的办法，更有利于美国继续参与国际事务，更不易引起公众的反感。波兰和巴尔干那样的地区距离美国毕竟似乎还是很远的。
最后一点，在战争年代里，美国的外交工作已在很大程度上不是由国务院来抓。罗斯福本人，在他的那些如霍普金斯那样的心腹以及参谋长联席会议成员的协助下，同美国的盟国进行主要谈判。德黑兰会议以后，霍普金斯患病，甚至在他恢复健康以后，大致有一年的时间，他失去了总统的信任。同时，参谋长联席会议把主要精力放在太平洋战略上，原则上避开战后的政治问题。国务卿赫尔也在生病，有很长一段时间住在医院里。他的下属不能日常同总统接触，因而根本无法使他听取他们的意见。由于没有来自政府最高领导的指示，他们很难推行任何积极的政策，即使他们想这样做，也很难办到。但实际上，他们往往并不想这样做。美国外交人员在战前所怀有的那种想法基本上没有受到战争的影响。袖手旁观，批评其他国家的行为，以及在处理或建议一项行动时犹豫不决，这些都可以用不干涉别国的内政来加以辩解。一个大国执行积极的外交政策时，负有行政上的责任，而对那些完全不习惯于担负这种责任的人来说，最自然、最简便的办法就是保持消极，等待着实际上很少会下达的指示。
因此，在1944年的头几个月里，罗斯福周围执行美国战时外交政策的那些人，一般都对欧洲政治问题不感兴趣，或者由于人选不合适，或者因病不能全日工作，而且也没有一个机构或一套班子可以来接替他们。在第二次魁北克会议上，财政部长摩根索突