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至于保护国的特殊地位同其他各类占领区的地位的比较，上文已经叙述过了。那种特殊的性质也反映在赋予驻波希米亚和摩拉维亚的德国最高代表德国保护长官的地位与权力上。希特勒1939年3月16日颁发的关于建立保护国的法令和1939年3月22日颁发的补充法令都规定，牛赖特（象弗朗克、特博文、赛斯…英夸特和继他之后被委派的所有其他民政长官那样）将是希特勒的直接下属和“唯一代表”，并将直接“接受他的指示”。象所有其他德国代表那样，德国保护长官也被称为“德国利益的监护人”。可是，不仅某些行政部门，例如交通、邮政、电报和电话事业，都不归他管理，而且柏林的德国政府还有权在波希米亚和摩拉维亚设立行政办事处，不受他的管辖。这种情况在司法方面尤为突出，在那方面，行使最高权力的不是德国保护长官，而是德国司法部长。
因此，牛赖特的职权主要限于监督捷克的“自治”政府，而且就德国政府在保护国内设立的办事处而言，他的权力也受到严格的限制。根据1939年3月16日的法令，他可以向捷克政府“提出意见”，捷克政府须经他批准方可就职，他还可以对据他认为是“有害于德国”的措施表示异议。可是，牛赖特不能成立自己的监督机构，象其他地区里他的同事那样，尽管根据1942年5月7日希特勒颁布的一项法令，他终于有权可以“同德国内政部长磋商”后，根据战争的需要，采取简化波希米亚和摩拉维亚行政机构的种种措施。
至于丹麦，德国全权代表的地位是独特的，无法同任何其他占领区德国最高代表的地位相比拟。诚然，由于丹麦的安排十分特殊，所以它起初甚至在德国国家和党的机关内部全引起了很大的混乱。这些机关似乎发觉很难不把驻丹麦的德国全权代表看作一个德国专员，停止向他直接发出各种公文，它们甚至发觉很难停止对丹麦政府直接发出命令，并且很难停止把只发给其他占领区的通知送交给他们。由于这样不恰当地但也许是可以理解地违反了外交礼节，纳粹党办公厅于1941年3月20日认为有必要将德国外交部魏茨泽克的一封信予以传阅。信上指出，驻丹麦的德国全权代表的地位有一点不同于挪威和荷兰德国专员的地位，即：他“必须通过外交途径去执行同丹麦当局有关的各项工作”。因此，这封信坚决认为，“凡是德国国内当局”向丹麦发出的“各种指示和要求”，必须仍以德国外交部作为适当的中转机关。
然而，希特勒那样的人决不会允许任何这样比较开明的安排无限期地继续下去。1942年10月初，他作出决定，丹麦同德国之间的关系原来所依据的1940年4月9日的宣言已经“过时”了。他辩解说，“在德国领导下建立起来的新欧洲内部，不能容忍有这样一种国家存在：即一个民主政府，而且还在一个迄今只怀恶意的王室的统治之下”。因此，丹麦必须“成为德国的一个行省”。该地行政机构的目的必须是“尽可能迅速地成立一个”由丹麦国家社会主义者领导的“政权”，“任何反抗行动，即使是最最微小的，也必须用武力镇压下去”。因此，他将委派一个“强硬的国社党员”为全权代表，而“军事司令官和武装部队都应把自己看作是驻扎在一个敌对国家，而不是在一个友好国家内”。这是委派冯·汉内肯将军为军事司令官和委派维尔纳·贝斯特接替原来的德国全权代表冯·伦特…芬克的前奏曲。冯·汉内肯将军是一个狂热的纳粹分子，以前曾在俄国“奥尔登堡”经济部门的“W组”里工作过。
这也不是所谓“模范保护国”和德国之间的关系中所出现的最后一场变化。在1943年8月的“危机”过去后，德国全权代表的权力受到了很大的限制，这时大举开来的德国警察和保安处人员并不归他管辖，而归高级党卫队和警察头子潘克统领，后者又向希姆莱负责。因此，在德军占领的最后两年里，丹麦是由谁也管不了谁的三个不同的德国当局加以管制的：（1）德国全权代表维尔纳·贝斯特；（2）军事司令官汉内肯将军（后来是林德曼将军）；以及（3）潘克指挥下的德国党卫队和警察。因此，丹麦陷入了一种啼笑皆非的处境：就理论上讲，它继续保持它的“自治”，宪法也仍然生效，国外的外交代表在某些情况下也仍然在职，可是实际上，它的国务受到德国党卫队和警察的监视大概比西欧任何其他国家更甚。
尽管某些德国机构有权为整个希特勒的欧洲制定法律，但是柏林的中央政府除了绝对必要外，一般总避免干预占领区的事务。理论上讲，占领区的事务是归“德国国外事务总署”（Reichsaussenverwaltung）负责的，这是“德国政府新设立的一个部门”，它尽管这时还刚成立不久，但最终希望可以“同内政机构和外交机构共同发挥作用”。然而，事实上，对德国代表及其工作人员说来，德国国外事务总署还不过是一个一般名称而已。它并没有一个可以协调本身活动的总机构。的确，由于占领区的所有德国代表都是由希特勒亲自任命的，而且也只对他负责（科赫和洛泽可能是例外），所以设立这样一个机构即使是可能的也是困难的。因此，遇到各个德国代表的活动需要有所联系时，就只得由“德国内政机构”来提供。但是希特勒对于德国政府当局干预占领区的行政工作一向十分猜忌，因此除了极少数的事例外，这种联系仍然仅仅是有名无实的。德国总理府在拉默斯的主持下，可以，也的确接受德国专员和军事司令官就国家和个人事务提出的建议，有一时期甚至还采取步骤，要求他们就他们管辖的地区按月呈递报告。但是，德国总理府的主要职责看来是在德国专员和军事司令官同希特勒之间起承上启下的作用，把他们的报告加以挑选后呈给元首审阅。只有在司法领域里，以及在其他纯技术性的事务上，“德国内政机构”才对德国国外事务总署产生一点明显的影响，而这是通过德国内政部来施行的。
德国内政部通常总在刚开始占领，占领区同德国的组织关系还有待具体规定下来时，便奉命参与其事。例如，拿保护国来说，内政部负起了同其他有关部门商定后发布“贯彻实行”1939年3月16日的法令所需要的“所有一般的和行政的规则与条例”的职责。根据希特勒1939年10月8日颁布的法令，内政部被指定为“改组”波兰合并区的“中央机关”，并负责推行德国法律、划定边界和使地名德意志化。同时，根据希特勒1940年5月18日和23日颁布的法令，内政部有责任从事使欧本、马尔梅迪和莫雷斯纳同德国“重新联合起来”的工作。名义上，内政部里有一个专门处理占领区事务的完备的组织，因为当一个地区并入德国或由德国占领时，通常总由内政部负责成立一个“总办事处”。战前，为奥地利、苏台德区以及波希米亚和摩拉维亚保护国都曾成立过这种总办事处。战争期间，最重要的总办事处是为挪威、阿尔萨斯…洛林和卢森堡，以及所谓东南占领区设立的那些。这些机构，即使不是全部，至少大部分是由施图卡尔特主持的。他后来成为内政部的国务秘书，并且主管I和IR两个司，前者掌管“宪法、立法、行政管理和合并区”的工作，后者掌管“德国和占领区的民防工作”。
就合并区而言，内政部是德国政府各部门中最有影响的，因为在涉及这些地区公民权的所有问题上，它的意见就是法律。然而，在其他方面，内政部能为德国代表所做的唯一重要的工作似乎就是，向这些代表提供指派给他们的德国文官并加以照料，同时还在公布法律和法令方面提供技术援助和意见。在弗里克的控制下，内政部逐渐陷入戈培尔所说的“官僚脑积水”的状态，这使它“完全不适宜于政治领导”。如果不是施图卡尔特“执掌大权，在日见扩大的范围内成为真正的内政部长”，那么内政部的作用无疑还会进一步受到限制。施图卡尔特是一个积极、干练、富有野心的党卫队军官，对大空间行政管理具有强烈的地理政治倾向和浓厚的兴趣。1943年8月，当希姆莱接管内政部以后，他力图改善这种情况，他定期召开德国行政官员会议，参加会议的有占领区行政机构的官员和德国中央政府的代表。然而，希姆莱在占领区主要是以党卫队头子兼德国警察总监和加强德意志民族委员会会长的身分，而不是以内政部长的身分行使职权的。因此，在接替弗里克以后，他的主要兴趣总的说来，仍然是加强党卫队和警察在这些地区的权力，而不是树立内政部的影响。
德国外交部拥有最多的欧洲各国问题专家，在正常情况下，原可以指望它在占领区的行政管理方面同德国国外事务总署保持密切的联系。可是，希特勒认为，外交部是“反动思想和失败主义的发源地”，因此“在成争结束以前”应“尽可能不让它出场”。所以，正如冯·施特恩格拉希特在作证时所说的那样：“当德军一越过国境，外交部就失去了对那个国家的权能”。因此就某些占领国家而言，“外交部甚至连派遣一个代表的权利”都遭到拒绝，而实际上“这些代表的职位仅仅是为了观察＇目的＇而已”。但是，对德国外交部职权的这种限制也有某些例外情况——譬如，法国和丹麦的被占领区的例子。
1940年8月3日，奥托·阿贝茨被任命为法国被占领区内外交部的全权代表。鉴于他对法国非占领区和维希政府能