初号机是莉莉斯的复制体这个事实，于是一口就把卵化亚当给吞了，结果现在想起来又是后悔万分…不过此刻他只能硬着头皮上了，毕竟被初号机排斥事小，玛丽以及丽的安危更加地重要！
——“不行！已经完全没有反应了！”外面的战斗进行得如火如荼，实验机库里的初号机却是依旧没有启动的希望，一个工作人员将情况反应给了碇源堂…“替身插…入栓完全被拒绝…傀儡系统无法启动…”碇源堂脸色阴沉地看着屏幕中的信息，沉声命令道：“继续试，从108号程序开始，再来一次！”咻咻~替身插…入栓再次启动，可是很快又传来了失败的消息…“可恶！”碇源堂终于暂时性地失去了往日的冷静，一拳砸在了控制台上~
碇源堂内心的冷静已经被初号机消耗殆尽，他知道碇唯的灵魂肯定存在于初号机之中，可是十几年来却从来没有任何的异常出现，直到真嗣来到第三新东京市以后，初号机才出现了种种异常和暴走！此刻碇源堂内心的妒火已经让他的冷静完全消失，那火烧得快让他发疯了…现在已经不仅仅是碇唯百般维护真嗣，即使只剩下了灵魂，也无怨无悔地保护着他…
而妻子碇唯对真嗣的百般维护还可以用母爱来解释，但是现在连接触不到一年的凌波丽，也是百般地照顾真嗣，因为真嗣的出现而愈发地疏远抗拒自己…一直以来的关心照顾，竟然还比不过与真嗣的一次牵手……
对于丽产生的变化，碇源堂既痛恨又悔恨，他原本以为丽是不可能对人类产生感情，不可能产生人类该有的“心”的，所以此前他才会放心地让真嗣去接触一下丽！谁知道…在与真嗣的接触过程中，凌波丽这个原本比傀儡好不了多少的女孩，竟然产生了一颗人类女孩的“心”！这一个事实出现后，现在的这个凌波丽已经如同脱轨的火车、脱缰的野马，完全地失去了人为的控制，完全不受碇源堂的掌握了…
在意识到这一点后，碇源堂早已经开始处心积虑地筹划着除掉现在这个丽，准备让丽的记忆完全被抹去，然后重新掌握丽这张最关键的底牌！暗中杀掉丽显然不行，这会让另一个计划重要人物碇真嗣完全与自己翻脸，导致自己的计划失败…所以碇源堂最终确定的办法就是借使徒之手来除掉现在的丽，无论是对真嗣的处罚，还是对傀儡系统的坚持使用，都是碇源堂早就想好的事情！
没有了真嗣操纵的初号机，就没有人有机会去保护现在的丽，那么只要零号机与使徒遭遇的话…只要零号机这台可有可无的实验机以及里面的驾驶员被消灭，碇源堂就会以最快速度出动初号机，以暴走状态的初号机去对付使徒！目前来说，碇源堂的计划很顺利，唯一出现意外的就是眼前的事情了：初号机完全不接受傀儡系统的启动…
碇源堂内心已经很清楚初号机此刻的情况，所以也没想过让明日香来驾驶初号机…因为他知道，现在的初号机就算是丽来驾驶也不一定能够启动~“为什么！？为什么你不接受傀儡系统！？一直都在抗拒我！你到底在想什么……唯！！”碇源堂自认为伪装得很好，表情诚恳地乞求着初号机中的某个女人…
沙沙…沙！碇源堂听到了周围的沙沙声，顿时一阵冷汗地抬起头，长大了嘴巴，目光惊异地看着前方墙面上的一个个屏幕…沙沙~只见一个屏幕中出现了一个模糊的身影，紧接着实验室里墙面上、操作台上的所有屏幕全部出现了一模一样的模糊身影，渐渐地身影逐渐地清晰起来，屏幕像素构成了一个身穿白色短袖衬衫的少年影像…屏幕图像中的少年，正是此刻正往NERV本部基地赶来的碇真嗣！
“怎…怎么可能！？”碇源堂满脸惊骇地看着眼前众多屏幕里出现的少年影像，紧接着又慌忙将视线转向其他墙面的屏幕，最后环顾四周，发现所有的屏幕都是少年的影像后，终于脸色铁青、头冒冷汗、目光呆滞地喃喃自语着，下一刻又有些歇斯底里地怒吼了起来：“啊哈哈…哈哈！这…这就是…他就是你的答案吗？”实验室周围很多职员看着碇源堂有些失态的言语表情，以及周围屏幕上突然出现的异常现象，都不敢大声地说话，毕竟碇源堂的积威很剩…
嘟嘟~突然间实验室里的一个通讯器诡异地响了起来，同时眨眼间就接通了，然后从里面传出一道令碇源堂恨得咬牙切齿的声音：“啊嘞！？我号码拨错了么…还没嘟一声呢，怎么就通了…喂喂！那边有人在吗？是NERV的哪个科室啊，能帮我转接碇司令吗？”
“我是碇源堂~什么事？”在听到真嗣的声音之后，碇源堂先是一阵怒气上涌，不过很快他就将自己的怒气彻底的压制了下去，使得自己的语气中完全听不出任何的愤怒情绪…“呃~原来是碇司令啊…赫赫赫！能拜托你发射一下初号机吗？看起来已经来不及等我进入到机库了，所以能把初号机弹射出来吗，我在外面直接上去驾驶~”真嗣态度很好地说道。
“已经不需要你驾驶了，DummySystem正在做最后的调试，等一下就会出击！而且第三适格者，你已经违反了对你的处罚条例，擅自接近NERV本部并且还进入到基地市之中~仅仅这些触犯就足以让保安部去控制你了…虽然现在是使徒入侵的非常时期，但是没有总司令的命令，你是无权进入此地的！”碇源堂心中的恶魔终于还是让他做出了决定，在众多的职员前众目睽睽之下，对真嗣说出了这番话~
“呃…这样啊？那随便你了，发射权在你手里嘛~”通讯器里的真嗣不再跟碇源堂废话，直接挂断了电话…而真嗣不知道的是，通讯器另一边的碇源堂，早已经露出了计划得逞的渗人寒笑！…啪嗒~碇源堂在真嗣挂断电话后，将通讯切到了中央指挥室，很快就接通了那边的通话：“我是碇源堂~赤木博士在不在？”…“嗯~您稍等~”里面传出的是青叶茂的声音。
“有什么事吗碇司令？初号机的启动出现了问题，我在想是不是该把真嗣叫…”通讯中传出律子的声音，结果还没等律子的话说完，碇源堂就立刻打断了她：“现在先不用等第三适格者了，让丽马上驾驶零号机迎击使徒，不需要等在那里浪费时间！一定要给我拖住使徒！”…“是…明白了~”律子虽然有些疑惑碇源堂突然出现的要求，不过丽和零号机本来就要出击了，现在遵循一下总司令的意见也没什么……
通讯器的另一头，关掉通讯后的碇源堂，终于露出了一丝病态的诡笑！在他看来，没有初号机的协助，丽驾驶着零号机单机去对抗第十四使徒，肯定是必死无疑的事情！而且丽和二号机里的驾驶员有很大的不同，那个驾驶员是普通人类，在EVA二号机失去反抗力量之后，使徒并不会浪费时间专门去杀她…可是零号机若是战败，那么处在里面的驾驶员凌波丽，就不一定会那么好运了，毕竟她可是莉莉斯的…使徒眼中的第一击杀目标，说的就是丽和初号机这种“东西”！
——“那个白痴…他在搞什么呢？明明使徒已经快攻到他眼前了，结果依然坚持用傀儡系统…一个会暴走的破系统就想战胜最强的力天使，简直就是白日做梦！”真嗣将手机揣进兜里，便准备直接前往初号机机库，强行进入初号机启动迎战！
嘟嘟~嘟嘟！就在真嗣准备钻进前往地下机库的隧道时，突然NERV金字塔基地的不远处，一个紧急出击舱门突然间打开了，而从中出现的EVA机体，却是让真嗣忍不住骂街！“哈！？零号机！”真嗣目瞪口呆地看着从地底冒出头的零号机，不用怀疑里面的驾驶员就是丽了！真嗣看看远处被切成残废的二号机，再看看眼前不远处出现的零号机，顿时脸色铁青：“该…该死的碇源堂！明明知道单机EVA是不可能对战力天使的，竟然只派零号机单独出战！他不会是想让残废的二号机和零号机配合着与使徒作战吧！？这不是坑人么…呃，坑人！？他不会是想借此机会……”
在臭骂了碇源堂一句后，真嗣脑中瞬间闪过了无数个应该可以连成一条线的念头：处罚…傀儡系统…远离NERV本部…禁止驾驶初号机…力天使来袭…零号机单机出击…碇源堂阻拦初号机出击…零号机被击败…零号机驾驶员是莉莉斯的…使徒最痛恨的…必杀！
“呵~呵呵呵！我说呢~你干嘛要千方百计阻挠我驾驶初号机出击，原来最终是这个原因啊…哈哈！果然够狠，果然够辣！丽拥有了人类的意志，不再适合被你掌控，所以你就千方百计想要…哼！上次准备用九百多枚N2爆雷炸我的旧恨还没了结呢，现在就想添加点新仇了啊，碇源堂！？”真嗣看了看一边通往地下机库的深邃通道，再看看乘坐大型升降装置出现，已经有半个身体露出地面的零号机，脸上的冷笑越来越盛…
“嘿嘿~以为限制我接触初号机，禁止我进入机库，就可以禁止我驾驶初号机吗？还真是好了伤疤忘了疼了，他难道不知道上次机体交换实验发生的事了？”真嗣淡淡地摸着下巴，一点都不着急…“唔，有可能是律子帮忙瞒过他了…不过还真是不幸啊碇源堂，相信不久之后你就可以尝到极端自私自我之后的众叛亲离滋味了！”
“哈！吃了那么多的S2引擎，一直在那里藏着掖着，相信莉莉斯和妈妈都已经不耐烦了！肯定嘲笑过我是个废物…”啪啪啪！啪啪~真嗣冷笑着将拳头互相捏了捏，筋骨里发出一阵阵噼噼啪啪的声音…“到手了恐怖的神器，也不敢拿出来试试威力…明明拥有着超越EVA和使徒的恐怖战斗力，却一直无法发挥出来！哼哼~看来这次出现的力天使，还是有着一个不错的作用嘛，至少可以让我和初号机真正地同步战斗一次！从另一个角度来说，这个使徒绝对是初号机最好的陪练、最好的对手和最好的踏脚石！力天使塞路儿…你的S2引擎，我就提前预定了！”
轰~一阵钢铁的闭合声响起…看着零号机已经完全升出地面的巨大身影，以及他怀中抱着的那枚巨大的N2导弹，真嗣不禁苦�