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帝使吴兴沈桢说沈充，许以为司空。充曰：“三司具瞻之重，岂吾所任！币厚言甘，古人所畏也。且丈夫共事，终始当同，岂可中道改易，人谁容我乎！”遂举兵趣建康。宗正卿虞潭以疾归会稽，闻之，起兵余姚以讨充。帝以潭领会稽内史。前安东将军刘超、宣城内史钟雅皆起兵以讨充。义兴人周蹇杀王敦所署太守刘芳，平西将军祖约逐敦所署淮南太守任台。
明帝让吴兴人沈桢劝说沈充倒戈，许诺让他出任司空。沈充说：“三司是众人共同敬仰的要职，岂是我所能胜任的！礼重言甜，正是古人所畏惧的。况且大丈夫与人共事，便应始终同心，怎能中途改弦易辙，他人谁还能容我！”随即发兵奔赴建康。宗正卿虞潭因病回家乡会稽，听说此事，从余姚起兵讨伐沈充。明帝任命虞潭兼领会稽内史。前安东将军刘超、容城内史钟雅也都起兵征讨沈充。义兴人周蹇杀死王敦任命的太守刘芳，平西将军祖约赶走了王敦任命的淮南太守任台。
沈充帅众万余人与王含军合，司马顾说充曰：“今举大事，而天子已扼其咽喉，锋摧气沮，相持日久，必致祸败。今若决破栅塘，因湖水以灌京邑，乘水势，纵舟师以攻之，此上策也；藉初至之锐，并东、西军之力，十道俱进，众寡过倍，理必摧陷，中策也；转祸为福，召钱凤计事，因斩之以降，下策也。”充皆不能用，逃归于吴。
沈充率士卒一万多人与王含的军队会合，司马顾向沈充献策说：“现在开始起事，但天子已扼守住咽喉要地，锐气受挫，士气沮落，相持日久，必然招致失败。如果现在破栅栏、开决河塘，借湖水淹灌京城，乘着水势动用水军进攻，这是上策；倘若凭借大军刚刚到达的锐气，集中东、西两路军队的力量，诸路同时并进，我众敌寡，悬殊一倍以上，按情理必会摧毁敌军，这是中策；以召请钱凤议事为名，乘机将他斩首，归降朝廷，可以转祸为福，这是下策。”但沈充均不采用，顾便逃回吴郡。
丁亥，刘遐、苏峻等帅精卒万人至，帝夜见，劳之，赐将士各有差。沈充、钱凤欲因北军初到疲困，击之，乙未夜，充、凤从竹格渚渡淮。护军将军应詹、建威将军赵胤等拒战，不利，充、凤至宣阳门，拔栅，将战，刘遐、苏峻自南塘横击，大破之，赴水死者三千人。遐又破沈充于青溪。寻阳太守周光闻敦举兵，帅千余人来赴。既至，求见敦。王应辞以疾。光退曰：“今我远来而不得见，公其死乎！”遽见其兄抚曰：“王公已死，兄何为与钱凤作贼！”众皆愕然。
丁亥（十七日），刘遐、苏峻等率领精兵万人到达建康，明帝夜间召见并犒劳他们，将士们各按等秩均有赏赐。沈充、钱凤想乘着北方军队刚到疲困之机进行攻击，乙未（二十五日）夜，沈充、钱凤从竹格渚渡过秦淮河，护军将军应詹、建威将军赵胤等人抵抗失利，沈充和钱凤攻至宣阳门，拔除防御栅栏，正要攻战，刘遐、苏峻从南塘侧面攻击，重创沈充、钱凤军队，渡河溺死的达三千多人。刘遐后来又在青溪战败沈充。寻阳太守周光听说王敦起兵，率一千多人赶来，到达后求见王敦，被王应以病重为名拒绝。周光退下后说：“现在我远道而来却见不到王敦，他大概已经死了吧！”急忙会见其兄长周抚，说：“王公已经死了，你何必和钱凤同作叛贼！”众人都很惊愕。
丙申，王含等烧营夜遁。丁酉，帝还宫，大赦，惟敦党不原。命庾亮督苏峻等追沈充于吴兴，温峤督刘遐等追王含、钱凤于江宁，分命诸将追其党与。刘遐军人颇纵虏掠，峤责之曰：“天道助顺，故王含剿绝，岂可因乱为乱也！”遐惶恐拜谢。
丙申（二十六日），王含等人烧毁营帐，连夜遁逃。丁酉（二十七日），明帝回到皇宫，大赦天下罪犯，惟有王敦的党羽不在赦宥之列。命令庾亮督察苏峻等人追袭逃到吴兴的沈充，令温峤督察刘遐等人追击逃往江宁的王含、钱凤，又分别令各位将领追捕王敦死党。刘遐部下军人不少大肆虏掠，温峤斥责他说：“天理是赞助顺应天道的人，所以王含被剿灭，怎么能乘机作乱呢！”刘遐惊惶恐惧，下拜谢罪。
王含欲奔荆州，王应曰：“不如江州。”含曰：“大将军平素与江州云何，而欲归之？”应曰：“此乃所以宜归也。江州当人强盛时，能立同异，此非常人所及；今睹困厄，必有愍恻之心。荆州守文，岂能意外行事邪！”含不从，遂奔荆州。王舒遣军迎之，沈含父子于江。王彬闻应当来，密具舟以待之；不至，深以为恨。钱凤走至阖庐洲，周光斩之，诣阙自赎。沈充走失道，误入故将吴儒家。儒诱充内重壁中，因笑谓充曰：“三千户侯矣！”充曰：“尔以义存我，我家必厚报汝；若以利杀我，我死，汝族灭矣。”儒遂杀之，传首建康。敦党悉平。充子劲当坐诛，乡人钱举匿之，得免。其后，劲竟灭吴氏。
王含想逃奔荆州，王应说：“不如去江州。”王含说：“大将军王敦以往与江州王彬的关系怎样，你想到那儿去？”王应说：“这是因为到那里合适。江州的王彬在他人强盛的时候，敢于坚持不同立场，这不是一般人能比得上的；现在看到他人遭受困厄，也必定会有恻隐之心。荆州的王舒循规蹈距，哪能超出常规行事呢！”王含不听，于是逃奔荆州。王舒派军队相迎，将王含、王应父子沉入江中溺死。王彬听说王应要来，秘密准备小船等候。王应没来，王彬为此深感遗憾。钱凤逃到阖庐州，周光将他斩首，自己赴朝廷请求赎罪。沈充逃跑时迷路，错误地来到自己旧部将吴儒家，吴儒诱使沈充进入墙中夹层，于是笑着对沈充说：“我可以被封为三千户侯了！”沈充说：“你如果顾及往日情义保全我，我家必定会从厚报答你。你如果为了私利杀我，我死以后，你的家族也将灭绝。”吴儒于是杀死沈充，把首级传送到建康。王敦的党徒至此全部平定。沈充的儿子沈劲应当连坐受诛，同乡钱举把他藏匿起来，因此幸免。后来，沈劲终于灭绝了吴氏全族。
有司发王敦瘗，出尸，焚其衣冠，跽而斩之，与沈充首同悬于南桁。郗鉴言于帝曰：“前朝诛杨骏等，皆先极官刑，后听私殡。臣以为王诛加于上，私义行于下，宜听敦家收葬，于义为弘。”帝许之。司徒导等皆以讨敦功受封赏。
朝廷官吏挖开王敦瘗埋地，拉出尸体，焚毁身上所穿衣寇，摆成跪姿斩首，和沈充的首级一同悬挂在南桁。郗鉴对明帝说：“以往朝廷诛戮杨骏等人，都是先施加官方的刑罚，然后听任私人殡葬。我认为王法诛戮表现公理，私人情义则体现私交，应该听任王敦的家属收葬，在道义上更为弘大。”明帝同意。司徒王导等人都因征讨王敦有功，各自受到封赏。
周抚与邓岳俱亡，周光欲资给其兄而取岳。抚怒曰：“我与伯山同亡，何不先斩我！”会岳至，抚出门遥谓之曰：“何不速去！今骨肉尚欲相危，况他人乎！”岳回舟而走，与抚共入西阳蛮中。明年，诏原敦党，抚、岳出首，得免死禁锢。
周抚和邓岳一同逃亡，周光想资助自己的兄长，只将邓岳抓获。周抚发怒说：“我和邓伯山一同逃亡，你为什么不先杀我！”恰巧邓岳到来，周抚出门远远地对他说：“你还不赶快离开！现在连亲骨肉都将加害，何况他人呢！”邓岳掉转船头而逃，与周抚共同隐匿于西阳蛮中。第二年，明帝下诏赦免王敦的门党，周抚、邓岳出来自首，得以免去一死，但被禁锢。
故吴内史张茂妻陆氏，倾家产，帅茂部曲为先登以讨沈充，报其夫仇。充败，陆氏诣阙上书，为茂谢不克之责；诏赠茂太仆。
原吴内史张茂的妻子陆氏，倾其家财，率领张茂的部曲充当先锋，讨伐沈充，以报夫仇。沈充失败后，陆氏到朝廷上书，为张茂剖辩临敌不胜的罪责，明帝下诏赠给张茂太仆的官衔。
有司奏：“王彬等敦之亲族，皆当除名。”诏曰：“司徒导以大义灭亲，犹将百世宥之，况彬等皆公之近亲乎！”悉无所问。
有关部门奏报说：“王敦的亲族王彬等人，都应当去职除名。”明帝下诏说：“司徒王导大义灭亲，尚且将世代宽宥他与王敦的兄弟身份，何况王彬等都是王导的近亲呢！”于是全部不加查问。
有诏：“王敦纲纪除名，参佐禁锢。”温峤上疏曰：“王敦刚愎不仁，忍行杀戮，朝廷所不能制，骨肉所不能谏；处其朝者，恒惧危亡，故人士结舌，道路以目，诚贤人君子道穷数尽，遵养时晦之辰也；原其私心，岂遑晏处！如陆玩、刘胤、郭璞之徒常与臣言，备知之矣。必其赞导凶悖，自当正以典刑；如其枉陷奸党，谓宜施之宽贷。臣以玩等之诚，闻于圣听，当受同贼之责；苟默而不言，实负其心。惟陛下仁圣裁之！”郗鉴以为先王立君臣之教，贵于伏节死义。王敦佐吏，虽多逼迫，然进不能止其逆谋，退不能脱身远遁，准之前训，宜加义责。帝卒从峤议。
明帝下诏说：“王敦的重要党羽革职除名，其余僚属禁锢不用。”温峤上疏说：“王敦刚愎自负，不讲仁义，残暴杀戮，朝廷无法制约，亲朋不能谏止。在他幕府中的人，长期畏惧危亡，所以人人闭口不言，行路侧目，实在是贤人君子道义终结、时运乖背，只能静待其恶贯满盈的时候，推究他们的内心，怎么可能安然处之！诸如陆玩、刘胤、郭璞等人经常和我交谈，所以我所知甚详。确实是助纣为虐或诱导作乱的人，自然应当依据典刑严惩不贷；如果是迫不得已，沦为奸党的人，我认为应该加以宽宥。我将陆玩等人的真实情况，禀报圣上听闻，或许应当承受与贼党�