“飞行员上机！飞行员上机！”从扬声器里传出急促刺耳的声音。不一会，发动机的轰鸣声，怒海狂涛的撞击声与撕裂声，官兵的欢呼声汇合在一起，致使庞大的航空母舰也不停地抖动起来。后来一位生还的驾驶员回忆说
上午8时15分，杜立特第一个起飞。起飞相当困难，“大黄蜂”号在汹涌的狂涛里沉下去又升上来，就在航空母舰甲板抬起头来的一刹那，杜立特的座机迎着狂风，满载着两吨重的炸弹腾空而起。随后美机一架接一架地飞离航空母舰，分成几个编队，直奔日本本土而去。哈尔西的舰队则掉头向东撤去。
18日中午2时3O分，杜立特率领他的飞机到达目标上空。一场史无前例的空袭战开始了。杜立特回忆说
机组人员打开了机腹弹舱门，投弹指示灯红光闪烁，一枚枚225公斤重的炸弹呼啸着纷纷直坠而下，美机迅速地向预定目标超低空飞行，机翼几乎触及树梢。一位当年亲自参加过空袭东京的驾驶员回忆说
在东京上空，从第1枚炸弹投下去，一直到俯冲完毕为止，整个轰炸过程所用时间不超过30秒，美机几乎没有遇到日本战斗机和高射炮火的有效抵抗。当从幻梦中被炸弹惊醒的日本人组织反击时，美机已安然飞远了。
在海上，山本对东京发生的这一切还一无所知。此时他正忙着调动他那强大的海军舰只对付已发现的美特混舰队。在从印度洋返归途中的南云舰队的旗舰“赤城”号上，战斗机随时准备起飞。渊田美津雄中住在《中途岛海战》中写道，飞机“从东京附近的木更津航空基地起飞，向东飞到太平洋上规定航程的尽头，仍未能与敌接触。看来敌特混舰队知道自己已被发现，因此放弃攻击而撤走了。”
“但是，到13点整，‘赤城’号收到报告说东京被炸。紧接着又收到二个接着一个的报告，说横滨、川崎和横须贺也被轰炸。稍后不久，又有一连串的报告，说敌机还轰炸了更南面的名古屋、四日市、和歌山以及神户。敌人的攻击面这样广，给我们震动很大。我们南云部队简直不知怎样办才好。联合舰队司令部也同样不知所措。”
空袭后，杜立特机队从正南方撤走，然后向西飞往中国的南昌机场和丽水机场，由于燃料不足，部分美机在浙赣上空或沿海一带丢机跳伞或迫降。在飞抵东京上空的80名飞行员中，有1人在跳伞时殒命，2人失踪，8人被日军俘虏，其中3名被枪决，1人死于狱中，另4名战后得以生还。
空袭东京！这条新闻对开战以来一直沉醉于胜利中的日本人来说，无疑是一记当头棒喝。此后一连几天都惶恐不安，4月20日再度发布空袭警报。21日内阁举行会议，将负责日本本土防空的有关人员按军法处置，陆军省人员也有更动。尽管这次空袭本身给日本造成的损失并不大，甚至大本营发言人还借用杜立特的名字讥讽说
这次空袭敲了一下山本的傲气。他对天皇和皇族的安全忧心忡仲，进攻的劲头也小了下来。现在他比以往任何时候都更加坚持要在阿留申群岛和中途岛之间建立警戒线。5月2日，山本五十六在写给古贺峰一的信中写道
他的参谋三和义勇在4月20日的日记中这样归纳了山本的意图
不仅如此，原先反对山本五十六提议的攻击中途岛的计划而拒绝派遣部队的陆军参谋本部，由于这次空袭也改变初衷，转而支持海军毫不迟延地把防御圈向东推进到中途岛和阿留申群岛西部，愿意提供一支有力部队支援海军占领中途岛，那些曾经反对中途岛作战方案叫得最响亮的人，噤若寒蝉，反对意见顿时烟消云散。
4月22日，南云的航空母舰部队返回日本。经过长达3个月的远征，刚刚回到日本的南云舰队，已经很疲劳了，非常需要必要的休整。但山本没有时间给他们休整，南云和他的参谋马上被叫到“大和”号，向他们传达进击中途岛的作战计划，并要求他们尽快做好出发准备。
刚刚从南方战场归来的近藤信竹中将指挥的以“爱宕”等重巡洋舰所组成的第2舰队，也同样接受了进击中途岛的作战任务。他们很快就发现，出发的日期已经决定，邀他们来是听取指示而不是发表意见的。除了南云的参谋长草鹿龙之介少将等个别人对这项计划表示怀疑外，大部分人都赞成这一计划。开战以来，联合舰队一直凯歌高奏，但作为真正大规模的军舰较量还没发生过，他们都一直渴望大打一场，把美国的舰队彻底清除出太平洋。在这种情绪支配下，他们既忽视了联合舰队仓促决定的过失，也没有周密地考虑如何进行这场事关重大的作战，更不会想到失败的问题。他们所想的只有一个，即消灭美国舰队。
4月28日，山本在“大和”号上召开会议，探讨战争第一阶段的经验教训。三和讥消说 ——
第二十章 浪涌珊瑚海
航母决斗百里外，海战史上添新彩；
南下锋芒首遭挫，珊瑚海怒浪澎湃。
上章说到随着日本联合舰队在开战初期连战连捷，官兵开始骄傲自大，盲目乐观，使日本败象已呈。但山本怎么也没有想到会来得这么快，在5月8日的珊瑚海海战中，他的联合舰队第一次受到挫折，没有实现战略目标。
在第一阶段作战中，日军顺利地实现了占领南方资源地区的目标，但如何保护这些对日本至关重要的资源地区却是很费思量的事情。在军令部攻占澳大利亚的计划被否决以后，军令部为征得陆军同意，又制定了一个谨慎的作战计划，即从腊包尔发动攻势，夺取新几内亚岛东部，攻占所罗门群岛和新赫布里底，尔后进占新喀里多尼亚、斐济群岛和萨摩亚群岛，以便孤立澳大利亚，扼制美英对日反攻的企图。而要实现这—目标，就必须完全控制珊瑚海。
3月8日，日军在攻占了新几内亚东部的莱城和萨拉摩亚之后，控制珊瑚海的最后基地就只剩下了位于新几内亚东南岸的莫尔兹比港和所罗门群岛南端的图拉吉了。只要占领了莫尔兹比港，退可保障腊包尔的安全，进可袭击澳大利亚北部的机场，为以后进犯新喀里多尼亚、斐济和萨摩亚奠定基础。这正是日军所梦寐以求的。于是山本接受了幕僚们的建议，决定进攻莫尔兹比，并将这次作战定名为“MO”作战，指挥官由特鲁克岛的第4舰队司令官井上成美中将担任。由于从2月份起，美航空母舰“约克城”号就一直在澳大利亚东南海域游戈，山本又给井上的第4舰队加派了第1航空舰队的第5航空母舰战队（“瑞鹤”号、“翔鹤”号）和第5巡洋舰战队以及若干艘驱逐舰，“祥风”号轻型航空母舰也临时拨给了第4舰队。
然而，美国此时已从开战初期的败战中站了起来。珍珠港事件后，新任太平洋舰队司令尼米兹海军上将以他特有的智慧，决心给日本人以当头棒喝。在他的手上，有一张山本无论如何也意料不到的王牌。原来在1942年1月ZO日傍晚，美海军成功地从被击沉的日“伊一124”号潜艇中打捞到日军密码本，加上“魔术”神奇的破译能力，使尼米兹在4月17日以前就弄清并证实了日军南下作战的企图
恶战迫在眉睫，可是尼米兹手中可调动的兵力有限，“萨拉托加”号航空母舰在1月11日被日本“伊一6”号潜艇击伤，正在美国西海岸修理：“企业”号和“大黄蜂”号航空母舰在4月18日空袭东京后正在返航途中，预定4月25日才能返回珍珠港；唯一可调派的只有奥布里·菲奇海军少将率领的以“列克星顿”号航空母舰为中心的特混编队。为了不失战机，他命令菲奇少将率舰队紧急驶出珍珠港，赶赴珊瑚海，以便与弗莱彻海军少将指挥的以航空母舰“约克城”号为首的另一支特混舰队会合。另外，英海军少将格赖斯指挥的“芝加哥”号、“澳大利亚”号和“霍巴特”号重巡洋舰受命，从新喀里多尼亚的美海军基地努美阿和澳大利亚火速赶去增援。5月5日，这些海上兵力合编成美第17特混舰队，由弗莱彻少将担任总指挥，编队进入作战状态。
对目前所发生的这一切全然不知的日本第4舰队仍按原计划进行。由于井上中将的2支舰队都要参加即将展开的中途岛战役，山本命令井上要尽速完成对莫尔兹比港的占领。井上中将按照计划，以第6战队的重巡洋舰“青叶”、“加古”、“衣笠”、“古鹰”和改装航空母舰“祥风”号，掩护搭载着陆军南海支队的运输船从腊包尔出发，以第5航空战队、第5战队（重巡洋舰2艘）为主力的机动部队从特鲁克岛出发，支援莫尔兹比港登陆作战。
5月1日，机动部队从特鲁克岛、攻击部队从腊包尔分别出发，5月3日，攻击部队顺利占领了图拉吉。但日军还未来得及庆贺，5月4日，便遭到自“约克城”起飞的40架飞机的两次轰炸，致使1艘驱逐舰、3艘登陆驳船和几架飞机被摧毁。由于“瑞鹤”和“翔鹤”两舰在腊包尔等待补充飞机和加油而耽误了1天时间，结果错失了与美舰“约克城”号交锋的时机。
就在这一天，由海军特别陆战队和工兵共约4000人组成的莫尔兹比港攻击部队，按计划分乘14艘运输船，在1艘轻巡洋舰、6艘驱逐舰、4艘扫雷艇和2艘猎潜艇护卫下，驶往莫尔兹比港。世界海战史上第1次航空母舰之间的大战终于拉开了战幕。
5月6日，高木海军中将指挥日本机动部队从所罗门群岛东南驶入了珊瑚海。与此同时，美国特混舰队也一直向西北急驶。是夜，由于天气恶劣，尽管两支敌对的特混舰队都在彼此搜索，但两支舰队擦身而过，谁也没有发现对方。
7日上午7时30分，从“瑞鹤”号航空母舰起飞的侦察机传来报告
刹那间，在充满轰鸣声的日航空母舰甲板上，一片忙碌。由岛崎少佐指挥的轰炸机36架、攻击机24架，在18架零式战斗机的护航下立即起飞，直扑美特混编