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7月22日，把日本带进了侵华战争的近卫文磨，在国内一片“不要误了公共汽车”的叫嚣中第二次上台组阁。内阁中的两个要职由两位锋芒毕露的人充任。一位是傲慢无礼、野心勃勃的松冈洋右外相，另一位是号称“剃刀将军”的东条英机中将，任陆相。东条英机心狠手辣，曾任关东军的宪兵队司令，在侵略中国的战争中屡建功勋，深得天皇和日本统治集团的赏识，后来他在担任首相时，还直接把日本带入太平洋战争。与东条英机相比，松冈洋右却是一位反复无常的人物。这位在美国俄勒冈州波特兰市长大和受过教育的外相，在一些人看来简直就是个疯子，他自诩为美国通，曾大言不惭地声称
松冈在担任南满铁路总裁时，在沈阳与东条英机结为同好。现在，两人又联手与阁，准备大干一场了。
近卫文磨是一位身材高大、面容倦怠而毫无主见的人，他出身于贵族之家。虽然软弱、愚笨，每次组阁却总想别出心裁。在他第一次组阁时，他发动了侵华战争，这一次他又作出了惊人之举，在组阁前将3位即将上任的至关重要的大臣——一陆相东条英机、外相松冈洋右和海相吉田善吾召到其私邸获洼山庄，举行“获洼会谈”。吉田善吾是上届内阁继任下来的，虽然与山本是同期同学，但不如山本性格刚烈，因而在内阁中受到东条与松冈的左右。会谈的结果，4人一致同意下述目标作为新内阁的行动方针
在此基础上，近卫内阁在成立后的第四天正式通过了它的行动纲领——《基本国策纲要》。这份由文官们在近卫指导下草拟的文件，以大量动听的辞藻和夸张的调子宣告，日本的意图是“适应世界形势变动，改善内外形势，在迅速结束中国事变的同时，捕捉良机，解决南方问题”。三国同盟又作为首要问题列为新内阁急于要解决的问题。
正在海上的山本五十六，此时虽然正加紧针对美国的作战训练，但在决策上却仍极力反对将日本带入日美战争的三国同盟，不断上书吉田海军大臣，阐述自己的观点。在一份意见书中，他写道
“日美战争乃世界一大不幸，对帝国来说，则在圣战数年之后再添新的强敌，诚为国家之危机。在日美两国两败俱伤之后，苏联或德国乘机扩张欲争霸世界，其时何国得以制衡？如德国获得胜利，我帝国以友邦而示其好意，然则德国未必将疲困的日本放在眼里。因为真正的友邦只有拥有雄厚的实力才能维持。帝国之受尊重而不断有讨好者，无非是因为我海军有强劲的阵容。是故，为避免日美冲突，两国应寻求万般之策，对帝国来说绝不可缔结日德同盟。”
海军大臣吉田善吾虽然同意山本五十六的观点，无奈内阁中陆相、外相和近卫的压力太大，而辅佐吉田的海军次官住山德太郎中将又温厚老实，被人讥称为“海军女子学习院院长”。在这种两难的处境中，吉田终于不堪巨大的压力而病倒，并在三国同盟问题于内阁中正式通过之前三周，即9月4日辞去了海军大臣的职务。吉田中途退出内阁，松冈和东条入阁，是第二次近卫内阁引人注目、影响极大的三大人事变动。
为了使继任的海军大臣与陆军协调，海军军令部部长伏见宫博恭亲王动用了皇族的威信，举荐惯于息事宁人的及川古志郎大将接替吉田出任海军大臣。
9月15日傍晚，及川海相为统一海军意见在东京召开了海军首脑会议。会议集中了日本海军所有将领，包括各军事参议官、各舰队司令长官，各镇守府司令官。
海军次官丰田真次郎主持会议，海军省军务局长阿部胜雄少将首先介绍说明了有关缔结三国同盟的经过。海军大臣及川接着就对自己同意三国同盟作了辩解，说
随后军令部总长伏见宫博恭亲王为了给会议确定基调，首先发言附和及川海相的观点
“我绝对服从海军大臣，所以对大臣的处置绝无异议。只是有一件令人担心的事想请教你。8个月前，我任次官的时候，按照政府的物资动员计划，其中80％是仰赖英美势力范围以内的物资供应。然而在缔结了三国同盟后的今天，势必失去这一来源。为了弥补不足要如何改变物资动员计划呢？对于这一点我希望得到明确的答复，以便能安心执行联合舰队司令长官的职务。”
可是，及川海相召开此会的目的，不是来听取意见的，而是要强行通过。因此他没有正面回答山本的问题，只是说
对这一决定的利害有清醒认识的山本五十六，以其“武士”特有的“忠诚”，在与自己意见不合的情况下，再次服从了政府的意旨。散会之后，首相近卫文磨亲自接见了山本，听取他的意见。近卫问他，如果日美开战，海军的看法如何？
山本回答说
据说，山本憋了一肚子气回到联合舰队的旗舰“长门”号上。这一次他又成了一个被利用的工具。不仅如此，在和美国为敌已成定论的形势下，作为联合舰队司令的山本不得不反复地思考，一旦日美开战，如何去打赢这一仗。他本来就认为日本不可能战胜美国，即使取得一定胜利然后求和也不可能，如要达到目的，显然只有采取特殊的方法来求得出路、此时已经做了过河卒子的山本，只有拼命向前了。山本隐约中感到自己似乎注定要扮演这种悲剧角色。但不管怎么说，由于山本比那些被他称为“马粪”、“禽兽”的军部头子具有更多的知识和才能，他在尔后的侵略战争中所起的作用也就比他所憎恨的那些人更加恶劣、更加危险。
就在及川海军大臣虚伪地就三国同盟问题在海军内征求意见时，内阁已着手进行与德国的谈判了。1940年9月7日，松冈外相邀请的德国特使海因里·斯塔玛到达东京，就签订三国同盟条约进行谈判。9月10日，松冈费尽心机，掺杂着无数谎言和诺言达成了与德国的协议。9月27日，松冈外相带着他的微笑参加了在柏林帝国总理府举行的盛大签字仪式。这一条约规定
三国同盟紧锣密鼓，日本业已开始南进。9月23日，日军分三路开进了印度支那北部，迈出了南进的第一步。
美国将日本与德国缔结同盟条约视为对其利益的直接威胁，同时更无法容忍日本南下印度支那。因此，三国同盟条约的签订和日军进驻法属印度支那北部，使日美矛盾骤然加剧。1940年9月，美国宣布禁止向日本出口废钢铁，并实施美国石油输往日本需凭许可证的制度，勒紧了美国国务卿赫尔所说的“手中的缰绳”。
局势已经无可挽回。对日本的前途引以为忧的山本，在三国同盟条约签订后不久，在同他的间谍秘书原田一起进餐时，忧郁地说道
既然日本早已使自身走向一条既定的道路，山本也没有多少选择的余地。更何况山本本人毫无疑问也是一名深入骨髓的军国主义者。他的好战心理源于他根深蒂固的武士道传统，他像当时大多数的日本人一样，相信只有日本人才完全符合逻辑地充当亚洲国家的“救世主”，将亚洲从白种人的统治之下解放出来。
他陷入了两种磨难之间
山本认为，依靠海军历来对美作战的正统的战略思想，是不可能完成上述任务的。长期以来，日本海军奉行的是以日俄对马海战为依据的大炮巨舰主义的舰队决战战略，坚持以战列舰为核心的传统作战方式。自从1905年日本海军大将东乡平八郎在日本海大海战中大胜沙俄舰队以来，日本海军就充满着海上争霸思想，并把美国视为其在西太平洋争夺海上霸权的主要敌人。日俄战争以后，日本在1907年制订的《帝国国防方针》和《帝国用兵纲要》就提出了建设“八八舰队”、确定对美采取截击作战的战略方针。所谓截击作战，就是基本原封不动地采用在对马海战中截击歼灭沙俄波罗的海舰队的东乡战略，即以战列舰为主力的联合舰队利用地理条件以逸待劳，伺机同美国海军主力进行决战并加以歼灭。以后虽几经修改，但其基本方针未变。在1936年修订的《帝国用兵纲要》中规定
日本的海军将领们把未来事件的进程看成是这样
在山本看来，这种战略思想是一厢情愿的，不过是军令部的那些年轻参谋脱离实际的纸上谈兵而已。战争一旦爆发，除侥幸外，谁也不会相信战争会按着这个模式发展下去。山本的好友掘涕吉在战后整理的《五峰录》中总结山本的看法时说
1940年3月，联合舰队举行演习。山本站在当作靶舰的战列舰上观看航空部队在统一指挥下进行白天鱼雷攻击演习。
长机率领着成群飞机，越过战舰的密集炮火，向下俯冲，鱼雷从战舰的桅杆掠过，划出一道白光，接连向舰腹冲去。演习用的鱼雷是不会爆炸的，当撞上舰体后，鱼雷即浮上水面冒出白烟，演习完毕后可再收回。山本看到这一情景，心里十分高兴，他情不自禁地向站在身旁的参谋长福留繁少将问道
福留中等身材，结实，有着肥厚的胸膛和健壮的肩膀。这位海军大学的优等生，是一名不折不扣的舰炮专家。美作家高尔登·普朗格在他的名著《我们沉睡在黎明》中这样描写他
的确，夏威夷距离日本有3000海里之遥，若要击溃夏威夷的美国太平洋舰队，就得牺牲大量的机动舰队，在袭击之前，如被对方巡逻机发现，反有被歼灭的危险。把仅有的航空母舰投入具有赌博性的战争，值得吗？
两个月后，5月7日，在东太平洋举行大规模演习的美国太平洋舰队，没有像往年那样演习后返�