最后，一共有大约3 名男女儿童在斯特凡的带领下，来到了马赛港口，准备横渡大海前往耶路撒冷，因为孩子们相信，就像当初摩西带领以色列人出埃及的时候红海会给出一条路来一样，这一次他们面前的地中海也会立即干涸，为他们铺设出一条通往圣地耶路撒冷的大路来。可是，这样的海中之路并没有出现，失望之余的孩子们一些人回家了，另一些人被狡滑的奴隶贩子骗上了海船，说是保证将他们送到耶路撒冷，实际上却是运往北非的奴隶市场。结果，在半路上遇到了海上风暴，许多孩子葬身海底，而侥幸活下来的孩子则被卖到埃及为奴。
就在法国的儿童十字军来到马赛向耶路撒冷进军的同时，在德国科隆有一个名叫尼古拉斯的10岁小男孩，在莱茵兰组织儿童十字军，成员共有2 多名，他们越过阿尔卑斯山向地中海海岸进发。可是，那些孩子在进入意大利境内以后失散了，尼古拉斯也下落不明，有一些孩子抵达了热那亚，企图航海去耶路撒冷，结果被骗卖到东方做了奴隶；有一些孩子来到了罗马，见到了教皇，英诺森三世看到这些可爱而又不幸的孩子们，不由得触动了怜悯之心，终于解除了孩子的十字军誓约，劝说孩子们尽快回家。
也许正是儿童十字军的悲剧性结局，促使英诺森三世在拉特兰召开了第十二次基督教普世主教会议，与会者多达1200人以上，会议要求各国国王之间立即休战4年，以便再次组成十字军进行圣战，于是就有了1217年的第五次十字军东征。然而，这次会议的真正意义却在于：强调了教皇从宗教到政治的专制地位，“教皇权力至高无上”；同时颁布《教皇敕令》，规定“凡参加镇压异端的公教徒享受同赴圣地的十字军骑士相等的特权和赦罪规定”，从而正式确立了教皇和教会对于世俗君主与异端分子进行制裁的最大权力，使教皇国的权势达到了颠峰，在显示出教皇专制权威无限膨胀的同时，又揭示出所谓中世纪的黑暗这一现象的神权政治根源。
事实上，在教皇国长达将近两个半世纪的鼎盛期之中，神权政治扩张的影响的确是无所不在的，而教皇英诺森三世使这一影响合法化，不仅与他本人的政治活动有关，而且直接促成了十字军由外战转向内战的严重后果，对异端教派的基督教信徒举起了带血的屠刀，进而形成对于神学思想异端进行迫害的热潮。所谓“异端”，在希腊语中的本意不过是“选择”的意思，只是用来描述思想派别的词语，并无贬义，后来，根据《圣经·新约》，异端演变为与正统相对的宗教思想，意指对于《圣经》的错误阐释。在基督教发展初期，异端被教会用来专指教义错误，以便于同故意分裂教会的所谓裂教、同背叛基督教信仰的所谓叛教，以及有意宣扬其他宗教的所谓异教这些概念相区别。
然而，在教皇权力的膨胀之中，异端的概念也随之扩张，不仅包括了裂教、叛教、异教这些内涵，而且还从宗教向政治渗透：在坚持君权神授的政治信条之下，英诺森三世对西欧各国国王施行加冕礼并拥有废黜权，甚至动用十字军进行讨伐，以达到控制各国内政的目的。公元1215年，英吉利国王被迫在限制王权、保障臣民权利的《自由大宪章》上签字，当英诺森三世了解到这一情况以后，便立即以教皇的名义宣布《自由大宪章》无效，否则从国王到臣民将一律受到开除教籍的惩罚，这是因为：“主交给彼得治理的不仅是整个教会，而且是整个世界！”Ⅸ。43 在信仰的天平上
即使是在教皇国的鼎盛时期，即使是如此具有魄力的教皇英诺森三世，也不可能做到既治理整个教会，又治理整个世界。这是因为其所面对的宗教是如此之多，世界是如此之大，实际上，就其有可能治理的基督教教会与西欧各国而言，除了东正教与天主教无法真正统一以外，西欧的国王们也不是个个都接受这一治理的。所以，这个关于治理的权力梦，甚至在收复圣地耶路撒冷上也不能实现，只好实现在对于天主教异端进行惩罚上了，这就是为什么十字军的长矛要对准异端分子的最大缘故。
1208年，英诺森三世决定对居住在意大利北部与法国南部富裕地区，以法国阿尔比城为中心的阿尔比派进行治理，因为阿尔比派只承认上帝，而把基督耶稣当做最高受造之物，圣灵做为受造之物是众灵之首，拒绝一切教阶与圣事，自认是“纯洁的”教会。于是，英诺森三世到法国北部煽动当地贫穷的贵族与骑士组成十字军，宣布凡是参加讨伐异端的十字军成员一律不受国家法律的约束，并且教会赦免他们的一切罪行，还免付债务的所有利息，实际上即鼓励十字军对阿尔比教派大开杀戒，大肆抢劫，以此来对异端进行惩罚。
当十字军开进阿尔比教派地区的时候，由于该派信徒众多，难以迅速地将天主教教徒从当地居民之中一一加以分辨，使惩罚异端的行动一时间不便展开。这时候，随军的教皇代表下令：“只管把他们通通杀光，让上帝去分辨谁是他的人民！”血腥的大屠杀开始了，于是发生了骇人听闻的屠城事件：
比埃塞给攻陷，我们的人对城中的居民不管其身份、年龄、性别，一律不饶，死于刀下的约有2 人。大量的敌人被杀死，整个城市被烧毁，这是上帝惩罚的最好说明。
然而，对于阿尔比教派进行如此灭绝性的镇压，反而激起了对方的顽强斗志，十字军的讨伐行动屡屡受阻，双方僵持不下，使这一次的十字军圣战一直延续到20年以后。在1229年，由于法兰西国王派出大量的精锐军队加入十字军的行列，才使得这一场圣战宣告结束。可以说，圣战的终于完结使罗马教皇意识到动用十字军来讨伐异端付出的代价实在太大，一方面是对基督教教徒使用武力进行镇压所造成的巨大生命损失将有害于天主教的声誉；一方面是必须将所有可能出现的异端思想与个人迅速地加以制裁，以免形成异端教派以后难于消除，从而直接促成了以所谓宗教法庭的形式来对异端行为进行惩罚。于是，以制造宗教恐怖而闻名的异端裁判所也就应运而生。
随后，正是在这阿尔比教派惨遭镇压的1229年，罗马教皇举行了土鲁斯会议，专门就十字军讨伐阿尔比教派的圣战进行经验总结：首先是鉴于阿尔比教派很善于运用对于《圣经》的文本阐释，以上帝的教义与罗马教皇相抗衡，并且攻击天主教，于是决定禁止任何平民信徒，也就是没有担任圣职的一般教徒购置《圣经》，同时，除非教皇允许，禁止使用民族语言译本的《圣经》；其次是成立异端裁判所，代表教皇对异端进行审判，任何人凡是知道异端分子活动以及发现违反教规行为，应该向地方主教报告，而地方主教必须上报异端裁判所，以便及时进行审判与惩罚，防止异端的出现。
异端裁判所作为向教皇直接负责的宗教法庭，裁判官具有极大的权力，除了教皇以外，裁判官不受任何一级教会的控制与约束，有权解释教会与国家的法规。如果被告在公布罪名的一个月内不自行认罪，裁判官将主要根据罗马习惯法来进行秘密审讯，在对原告姓名保密的情况下，拒不认罪的被告会遭到严刑拷打，并且在被定罪以后，处以佩戴黄色十字架、没收个人财产、监禁甚至处死的惩罚，因而挟私忿而告密的情况屡有发生，一时间使人人感到自危，特别是在教皇国处于鼎盛期的大半个世纪之中，西欧各国充斥着一派宗教恐怖的气氛，从而为所谓中世纪的黑暗抹上了一笔浓重的阴影。
随着教皇国鼎盛期的过去，对于异端的惩罚主要集中在异端神学家及其宗教改革之上。因为随着王权的逐渐崛起，罗马教皇已不得不从世俗政治事务之中退出，转而企图对教徒的灵魂进行全面的控制，以保住天主教教会在这一方面的最大权力。因此，正如教皇国鼎盛期具有代表性的正统神学家托马斯·阿奎那在他的《神学大全》之中所认为的那样：“凡犯有异端罪行的，不仅应该革除教籍，还应处死，从世上清除。伪造钱币是为了维持肉体生命，而异端活动腐蚀、毁灭灵魂，性质比伪造钱币远为严重。世俗君主对伪造钱币犯判处应得的死刑，对异端分子就有充足的理由判处死刑。”
这样的处死异端的逻辑推导来自经院哲学所独具的论辩方法：提出一个命题以后，再分成若干层次，于是就引经据典地进行讨论。在《神学大全》之中，托马斯·阿奎那运用亚里斯多德哲学来进行神学讨论，使神学在中世纪成为包容一切知识的“科学的皇后”。这一神学的意识形态性的无限扩张，适应了罗马教皇全面控制教徒灵魂的现实需要，罗马教皇不仅在其去世半个世纪以后的1323年宣布他为圣徒，并在1327年敕令编纂其著作来作为天主教神学的规范，更在1557年宣布其为“普世教会博士”，从而使之成为天主教正统神学的代表。
从哲学的层面上来对《圣经》之中的基本命题“上帝的存在”进行讨论，托马斯·阿奎那无疑达到了神学的最高水平：从宇宙存在的因果律来看，在事物运动的过程之中，一个事物的运动总是要受到另一个事物的推动，而必定有一个不受其他事物推动的推动者，这就是上帝；由此而推及现象世界，果因相连，必须有一个最初的动力因。这就是上帝；再推及从可能成为必然，以自身存在的必然性而赋予其他事物以必然出现的可能性的，这就是上帝；又推及事物是否真实存在的等级程度，必定有一个最高的真实存在，使一切事物得以真实地存在，这就是上帝。同时，托马斯·阿奎那最后还从宇宙存在的目的论出发，认为一切生命存在都为某一个目标而活着，而指导其达到目标的就是安排世界秩序的最高智慧，这就是上帝。
�